Projeto Genoma da Xylella fastidiosa

• Processo: 98/02688-8
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Aperfeiçoamento
• Data de Início da vigência: 01 de abril de 1998
• Data de Término da vigência: 31 de julho de 1998
• Área de conhecimento: Ciências Biológicas - Bioquímica
• Pesquisador responsável: Sergio Verjovski Almeida
• Beneficiário: Adriana Yamaguti Matsukuma
• Instituição Sede: Instituto de Química (IQ). Universidade de São Paulo (USP). São Paulo , SP, Brasil
• Assunto(s): Genomas Xylella fastidiosa
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: Genoma | Xylella Fastidiosa

Resumo

Em 5 de Março de 1998 o equipamento de seqüenciamento automático ABI Perkin-Elmer de nosso laboratório foi instalado. O treinamento de uso pela empresa ocorreu logo na semana seguinte. A aluna de Aperfeiçoamento participou deste treinamento, juntamente com um técnico de nível superior e uma aluna de doutoramento do laboratório. As técnicas de preparo de DNA para seqüenciamento já usadas em nosso laboratório serão ajustadas para larga escala, preparando-se 36 clones por dia. Enquanto os clones de DNA de X. fastidiosa não estiverem disponíveis faremos seqüenciamento de DNA de S. mansoni, que é parte de nossos outros projetos no laboratório, para dar treinamento continuado ao pessoal. Os clones de X. fastidiosa para seqüenciamento serão distribuídos em maio pelo coordenador de DNA do projeto e o seqüenciamento iniciará imediatamente após. O trabalho de pesquisa se prolongará por todo o ano de 1999. A coordenação do projeto prevê a sua conclusão no final de maio de 2000. Etapas: Seqüenciamento de cosmídeo por técnica de "shotgun": Receberemos um cosmídeo contendo DNA de X. fastidiosa, preparado pelo coordenador de DNA do projeto. O DNA do cosmídeo será mecanicamente fragmentado e clonado. Os clones de plasmídeos serão seqüenciados e usados para construir a seqüência completa contida no cosmídeo. Espera-se obter uma seqüência entre 300 a 500 bp para cada leitura simples de um clone no seqüenciador. Espera-se fazer o seqüenciamento de 1000 a 1500 clones, gerando seqüências com 300.000 a 450.000 bp (6 a 9 vezes o tamanho do cosmídeo). Por análise de contigo estas seqüências deverão ser alinhadas, esperando-se que cubram todo o cosmideo com 3 a 5 leituras independentes por base. O nível de precisão da seqüência final é definido pelo coordenador de informática do projeto; o padrão acima referido está dentro dos limites definidos pelo coordenador. Fechamento do genoma: As lacunas no genoma completo, identificadas pelo coordenador de DNA, serão selecionadas por hibridização e seqüenciadas e o uso de bibliotecas de cosmídeos será a abordagem escolhida para o fechamento da estrutura genômica, representando a fase final deste projeto. Nesta fase será provável que nosso grupo venha a receber outro cosmídeo ou clones para seqüenciamento. (AU)