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Estudos sobre a organização do genoma de cana de açúcar e expressão gênica associada a presença de elementos de transposição

Processo: 09/09217-7
Linha de fomento:Bolsas no Brasil - Pós-Doutorado
Vigência (Início): 01 de setembro de 2009
Vigência (Término): 31 de agosto de 2014
Área do conhecimento:Ciências Biológicas - Genética - Genética Molecular e de Microorganismos
Pesquisador responsável:Marie-Anne van Sluys
Beneficiário:Cushla J Metcalfe
Instituição-sede: Instituto de Biociências (IB). Universidade de São Paulo (USP). São Paulo , SP, Brasil
Vinculado ao auxílio:08/52074-0 - Sugarcane genome sequence: plant transposable elements are active contributors to gene structure variation, regulation and function, AP.BIOEN.TEM
Bolsa(s) vinculada(s):13/09391-2 - Uso de Real Time PCR para quantificação polimorfismo derivados da inserção de retrotransposons em cultivares poliplóides modernas de cana de açúcar, BE.EP.PD
Assunto(s):Genomas   Expressão gênica   Análise de sequência de DNA   Cana-de-açúcar

Resumo

O projeto envolve o sequenciamento de 300 BACs usando as tecnologias de Sanger e de pirosequenciamento. Três perguntas serão abordadas: De que modo os elementos contribuem para a variação alélica e perfil de expressão de genes de interesse (BRIX, seca, RGAS e ambiente com alto CO2? Quais são os alvos na cromatina de transposases especificas? Como as linahgens evolutivas dos elementos estão diversificando no genoma de Saccharum comparado a outras espécies vegetais?

Publicações científicas
(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)
METCALFE, CUSHLA J.; OLIVEIRA, SARAH G.; GAIARSA, JONAS W.; AITKEN, KAREN S.; CARNEIRO, MONALISA S.; ZATTI, FERNANDA; VAN SLUYS, MARIE-ANNE. Using quantitative PCR with retrotransposon-based insertion polymorphisms as markers in sugarcane. Journal of Experimental Botany, v. 66, n. 14, SI, p. 4239-4250, JUL 2015. Citações Web of Science: 4.
DE SETTA, NATHALIA; MONTEIRO-VITORELLO, CLAUDIA BARROS; METCALFE, CUSHLA JANE; QUEIROGA CRUZ, GUILHERME MARCELO; DEL BEM, LUIZ EDUARDO; VICENTINI, RENATO; SILVEIRA NOGUEIRA, FABIO TEBALDI; CAMPOS, ROBERTA ALVARES; NUNES, SIDENY LIMA; GASPERAZZO TURRINI, PAULA CRISTINA; VIEIRA, ANDREIA PRATA; OCHOA CRUZ, EDGAR ANDRES; SILVEIRA CORREA, TATIANA CAROLINE; HOTTA, CARLOS TAKESHI; VARANI, ALESSANDRO DE MELLO; VAUTRIN, SONIA; DA TRINDADE, ADILSON SILVA; VILELA, MARIANE DE MENDONCA; LEMBKE, CAROLINA GIMILIANI; SATO, PALOMA MIEKO; DE ANDRADE, RODRIGO FANDINO; NISHIYAMA, JR., MILTON YUTAKA; CARDOSO-SILVA, CLAUDIO BENICIO; SCORTECCI, KATIA CASTANHO; FRANCO GARCIA, ANTONIO AUGUSTO; CARNEIRO, MONALISA SAMPAIO; KIM, CHANGSOO; PATERSON, ANDREW H.; BERGES, HELENE; D'HONT, ANGELIQUE; DE SOUZA, ANETE PEREIRA; SOUZA, GLAUCIA MENDES; VINCENTZ, MICHEL; KITAJIMA, JOAO PAULO; VAN SLUYS, MARIE-ANNE. Building the sugarcane genome for biotechnology and identifying evolutionary trends. BMC Genomics, v. 15, JUN 30 2014. Citações Web of Science: 54.
CRUZ, GUILHERME M. Q.; METCALFE, CUSHLA J.; DE SETTA, NATHALIA; CRUZ, EDGAR A. O.; VIEIRA, ANDREIA PRATA; MEDINA, ROSARIO; VAN SLUYS, MARIE-ANNE. Virus-Like Attachment Sites and Plastic CpG Islands: Landmarks of Diversity in Plant Del Retrotransposons. PLoS One, v. 9, n. 5 MAY 21 2014. Citações Web of Science: 2.

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