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RNA-seq de leucócitos de sangue periférico de bovinos: análise funcional do transcriptoma obtido frente à imunização com antígenos recombinantes do carrapato Rhipicephalus microplus e à infestação

Processo: 12/15464-0
Linha de fomento:Bolsas no Exterior - Estágio de Pesquisa - Pós-Doutorado
Vigência (Início): 01 de novembro de 2012
Vigência (Término): 31 de outubro de 2013
Área do conhecimento:Ciências Biológicas - Bioquímica - Biologia Molecular
Pesquisador responsável:Isabel Kinney Ferreira de Miranda Santos
Beneficiário:Sandra Regina Costa Maruyama
Supervisor no Exterior: Alvis Brazma
Instituição-sede: Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto (FMRP). Universidade de São Paulo (USP). Ribeirão Preto , SP, Brasil
Local de pesquisa : European Bioinformatics Institute (EBI), Inglaterra  
Vinculado à bolsa:12/04087-0 - RNA-seq de leucócitos de sangue periférico de bovinos: análise funcional do transcriptoma obtido frente à imunização com antígenos recombinantes do carrapato Rhipicephalus microplus e à infestação, BP.PD
Assunto(s):Transcriptoma   Vacinas

Resumo

O desenvolvimento racional de vacinas está atrelado à identificação e ao entendimento dos mecanismos protetores estimulados pela vacinação. O emergente campo da Vacinologia de Sistemas usa a análise de dados em larga escala (e.g. microarranjo e RNA-seq) na busca de assinaturas gênicas, preditivas da imunogenicidade das vacinas e consequentemente, a identificação dos mecanismos moleculares envolvidos na eficácia das mesmas. Devido à eficácia variável e pouco duradoura das vacinas anticarrapato comerciais, o grupo de pesquisa em carrapatos da FMRP-USP está triando novos antígenos candidatos. Até o momento, quatro antígenos salivares recombinantes foram testados como vacina anticarrapato multicomponente para bovinos, cuja eficácia foi de 73,2%. A fim de obter uma visão global dos processos moleculares envolvidos durante a imunização e a infestação dos bovinos, o RNA de leucócitos totais dos animais dos grupos controle e vacinado foi usado para obtenção de dados de RNA-seq na plataforma Illumina. No total, 24 bibliotecas de RNA-seq/Illumina foram obtidas. Os dados de RNA-seq precisam ser processados para identificação dos genes diferencialmente expressos, bem como das assinaturas gênicas associadas à imunidade protetora conferida pela vacina e associadas à infestação. Assim, essa proposta BEPE visa aprofundar a capacitação da bolsista na área de Bioinformática por meio de estágio no grupo de pesquisa em Genômica Funcional do European Bioinformatic Institute (EBI, Cambridge, Inglaterra). Esse estágio será ideal para explorar os dados de RNA-seq com as metodologias computacionais utilizadas pelo grupo de pesquisa do EBI. (AU)

Publicações científicas
(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)
MARUYAMA, SANDRA R.; CARVALHO, BENILTON; GONZALEZ-PORTA, MAR; RUNG, JOHAN; BRAZMA, ALVIS; GARDINASSI, LUIZ GUSTAVO; FERREIRA, BEATRIZ R.; BANIN, TAMY M.; VERISSIMO, CECILIA J.; KATIKI, LUCIANA M.; DE MIRANDA-SANTOS, ISABEL K. F. Blood transcriptome profile induced by an efficacious vaccine formulated with salivary antigens from cattle ticks. NPJ VACCINES, v. 4, n. 1 DEC 18 2019. Citações Web of Science: 0.
MARUYAMA, SANDRA R.; GARCIA, GUSTAVO R.; TEIXEIRA, FELIPE R.; BRANDAO, LUCINDA G.; ANDERSON, JENNIFER M.; RIBEIRO, JOSE M. C.; VALENZUELA, JESUS G.; HORACKOVA, JANA; VERISSIMO, CECLIA J.; KATIKI, LUCIANA M.; BANIN, TAMY M.; ZANGIROLAMO, AMANDA F.; GARDINASSI, LUIZ G.; FERREIRA, BEATRIZ R.; DE MIRANDA-SANTOS, ISABEL K. F. Mining a differential sialotranscriptome of Rhipicephalus microplus guides antigen discovery to formulate a vaccine that reduces tick infestations. PARASITES & VECTORS, v. 10, APR 26 2017. Citações Web of Science: 8.
GARCIA, GUSTAVO ROCHA; MARUYAMA, SANDRA REGINA; NELSON, KRISTINA T.; CHAVES RIBEIRO, JOSE MARCOS; GARDINASSI, LUIZ GUSTAVO; MENDES MAIA, ANTONIO AUGUSTO; FERREIRA, BEATRIZ ROSSETTI; KOOYMAN, FRANS N. J.; DE MIRANDA SANTOS, ISABEL K. F. Immune recognition of salivary proteins from the cattle tick Rhipicephalus microplus differs according to the genotype of the bovine host. PARASITES & VECTORS, v. 10, MAR 14 2017. Citações Web of Science: 2.

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