Estratégias de imputação de genótipos de marcadores SNP para estudos de associação genética ampla e seleção genômica com animais da raça Nelore

• Processo: 12/03508-2
• Modalidade de apoio: Bolsas no Exterior - Estágio de Pesquisa - Doutorado
• Vigência (Início): 01 de junho de 2012
• Vigência (Término): 31 de maio de 2013
• Área do conhecimento: Ciências Agrárias - Zootecnia - Genética e Melhoramento dos Animais Domésticos
• Pesquisador responsável: Gerson Barreto Mourão
• Beneficiário: Fabiane de Lima Silva
• Supervisor: Guilherme J. M. Rosa
• Instituição Sede: Escola Superior de Agricultura Luiz de Queiroz (ESALQ). Universidade de São Paulo (USP). Piracicaba , SP, Brasil
• Local de pesquisa: University of Wisconsin-Madison (UW-Madison), Estados Unidos
• Vinculado à bolsa: 10/20432-4 - Estratégias de imputação de genótipos de marcadores SNPs para estudos de associação com animais da raça Nelore, BP.DR
• Assunto(s): Inferência bayesiana
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: Gado De Corte | Genotipagem | Imputação de dados | Inferência Bayesiana | Métodos Quantitativos e Biologia Molecular

Resumo

Com a disponibilidade das tecnologias de genotipagem em alta densidade de SNPs disponíveis para bovinos,observou-se um aumentou de pesquisas voltadas na área de seleção genômica e estudos de associação,entretanto, devido ao alto custo que a genotipagem em larga escala apresenta, em geral é inviável a genotipagempara todos os candidatos à seleção, porém existe a possibilidade de combinar painéis de baixa densidade demarcadores SNPs e inferir sobre os genótipos para painéis de alta densidade. Em virtude disso, o presente projetotem por objetivo averiguar a eficiência de diferentes métodos de imputação de genótipos dos marcadores SNPs apartir de painéis de baixa densidade em animais da raça Nelore, e posteriormente utilizar estes genótiposimputados em estudos de associação genética e seleção genômica. Serão utilizados aproximadamente 800novilhos machos, produzidos em três estações de monta, nascidos em 2007, 2008 e 2009, descendentes de 32touros PO registrados da raça Nelore, que compõem famílias de meio - irmãos produzidos através de inseminaçãoartificial em tempo fixo. Os animais estão sendo criados na base física da Embrapa Pecuária Sudeste, localizadana cidade de São Carlos, na Embrapa Gado de Corte, situada no município de Campo Grande e em propriedadesparticulares dos estados de Mato Grosso do Sul e Mato Grosso do Sul. Os animais serão genotipados no IlluminaBovineHD Genotyping BeadChip, no qual serão obtidos dados de aproximadamente 770 mil SNPs distribuídoshomogeneamente ao longo do genoma. Para realizar a imputação será simulada uma situação em que agenotipagem de alguns animais foram realizados em painéis de baixa densidade e outros com painel de altadensidade. O estudo de associação será realizado entre os genótipos dos marcadores SNPs com característica dealta e baixa herdabilidade através de análise de regressão, usando o Software ASReml, e as análises para estimaros valores genômicos serão realizados através de Lasso Bayesino. As análises de associação genética e seleçãogenômica serão realizadas na Universidade de Wisconsin, Estados Unidos, em colaboração com o professor Dr.Guilherme Jordão de Magalhães Rosa. (AU)