Análise exploratória em larga escala de miRNAs expressos em tilápia do Nilo utilizando ferramentas de bioinformática.

• Processo: 12/13450-1
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Doutorado
• Vigência (Início): 01 de outubro de 2012
• Vigência (Término): 31 de dezembro de 2016
• Área do conhecimento: Ciências Biológicas - Genética - Genética Animal
• Pesquisador responsável: Ney Lemke
• Beneficiário: Luiz Augusto Bovolenta
• Instituição Sede: Instituto de Biociências (IBB). Universidade Estadual Paulista (UNESP). Campus de Botucatu. Botucatu , SP, Brasil
• Bolsa(s) vinculada(s): 15/19176-7 - Investigando variações e funções de pequenos RNAs não-codificantes em Oreochromis niloticus, BE.EP.DR
• Assunto(s): Oreochromis niloticus Biologia computacional Banco de dados Expressão gênica
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: análises de agrupamentos | Banco de dados | expressão gênica | Micro-RNAs | Oreochromis niloticus | Bioinformática

Resumo

Micro-RNAs (miRNAs) são pequenas moléculas de RNA (~22 nucleotídeos) que regulam pós-transcricionalmente a expressão de genes endógenos, modelando o transcriptoma e a produção de proteínas. Em geral, os miRNAs são altamente conservados no genoma de eucariotos sendo considerados elementos vitais em diversos processos biológicos durante o desenvolvimento, tais como crescimento, diferenciação e morte celular. A grande diversidade de miRNAs identificados está restrita a poucas espécies e apenas uma parte do total de alvos de miRNAs preditos foi caracterizada funcionalmente. Nesse sentido, o uso da tecnologia de sequenciamento de nova geração atrelada a análise de expressão gênica por RT-qPCR possibilitam a identificação do microRNoma e a validação experimental de genes alvo de miRNAs numa espécie. A tilápia do Nilo, Oreochromis niloticus, pode ser considerada um excelente modelo biológico para o estudo de miRNAs em vertebrados devido a sua importância econômica e genoma completo sequenciado. A presente proposta objetiva (I) organizar os dados do sequenciamento do miRNAs da tilapia do Nilo; (II) disponibilizá-los em forma de uma base de dados para a comunidade científica; (III) integrar as informações dos miRNAs com outros bancos de dados de miRNAs; (IV) analisar os dados através de estratégias bioinformáticas para determinação de clusters definidos pelo nível de expressão de cada miRNA nos diferentes tipos de tecido (músculo branco, músculo vermelho, gonadas, cérebro etc.) e nas diferentes fases do desenvolvimento, com a finalidade de criar hipóteses funcionais sobre os miRNAs; (V) predizer os RNAs mensageiros alvos desses miRNAs identificados; e por fim, (VI) determinar a disposição dos miRNAs conhecidos nos 22 cromossomos da tilápia com propósito de desenvolver mapas de localização.

Publicações científicas

(6)

(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)

OLIVEIRA, ARTHUR C.; BOVOLENTA, LUIZ A.; NACHTIGALL, PEDRO G.; HERKENHOFF, MARCOS E.; LEMKE, NEY; PINHAL, DANILLO. Combining Results from Distinct MicroRNA Target Prediction Tools Enhances the Performance of Analyses. FRONTIERS IN GENETICS, v. 8, MAY 16 2017. (14/03062-0, 13/06864-7, 12/13450-1, 15/19176-7)

OLIVEIRA, UR C.; BOVOLENTA, LUIZ A.; ALVES, LUCAS; FIGUEIREDO, LUCAS; RIBEIRO, AMANDA O.; CAMPOS, VINICIUS E.; LEMKE, NEY; PINHAL, DANILLO. Understanding the Modus Operandi of MicroRNA Regulatory Clusters. CELLS, v. 8, n. 9, SEP 2019. (18/05484-0, 18/26409-6, 12/13450-1, 12/15589-7, 15/19176-7, 17/17510-2)

PINHAL, DANILLO; BOVOLENTA, LUIZ A.; MOXON, SIMON; OLIVEIRA, ARTHUR C.; NACHTIGALL, PEDRO G.; ACENCIO, MARCIO L.; PATTON, JAMES G.; HILSDORF, ALEXANDRE W. S.; LEMKE, NEY; MARTINS, CESAR. Genome-wide microRNA screening in Nile tilapia reveals pervasive isomiRs' transcription, sex-biased arm switching and increasing complexity of expression throughout development. SCIENTIFIC REPORTS, v. 8, MAY 29 2018. (12/13450-1, 12/15589-7, 15/16661-1, 15/19176-7, 11/06465-0, 13/06864-7)

ACENCIO, MARCIO LUIS; BOVOLENTA, LUIZ AUGUSTO; CAMILO, ESTHER; LEMKE, NEY. Prediction of Oncogenic Interactions and Cancer-Related Signaling Networks Based on Network Topology. PLoS One, v. 8, n. 10, OCT 25 2013. (13/02018-4, 12/00741-8, 10/20684-3, 12/13450-1)

BOVOLENTA, LUIZ AUGUSTO; PINHAL, DANILLO; ACENCIO, MARCIO LUIS; DE OLIVEIRA, ARTHUR CASULLI; MOXON, SIMON; MARTINS, CESAR; LEMKE, NEY. miRTil: An Extensive Repository for Nile Tilapia microRNA Next Generation Sequencing Data. CELLS, v. 9, n. 8, AUG 2020. (10/20684-3, 12/13450-1, 12/15589-7, 14/08420-1, 15/19176-7, 11/06465-0, 13/03644-6)

CAMILO, ESTHER; BOVOLENTA, LUIZ A.; ACENCIO, MARCIO L.; RYBARCZYK-FILHO, JOSE L.; CASTRO, MAURO A. A.; MOREIRA, JOSE C. F.; LEMKE, NEY. GALANT: a Cytoscape plugin for visualizing data as functional landscapes projected onto biological networks. Bioinformatics, v. 29, n. 19, p. 2505-2506, OCT 1 2013. (13/02018-4, 12/00741-8, 10/20684-3, 12/13450-1)

Publicações acadêmicas

(Referências obtidas automaticamente das Instituições de Ensino e Pesquisa do Estado de São Paulo)

BOVOLENTA, Luiz Augusto. Análise exploratória em larga escala de microRNAs expressos em tilápia do Nilo utilizando ferramentas de bioinformática. 2016. Tese de Doutorado - Universidade Estadual Paulista (Unesp). Instituto de Biociências. Botucatu Botucatu.