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Análise exploratória em larga escala de miRNAs expressos em Tilápia do Nilo utilizando ferramentas de bioinformática

Processo: 12/13450-1
Linha de fomento:Bolsas no Brasil - Doutorado
Vigência (Início): 01 de outubro de 2012
Vigência (Término): 31 de dezembro de 2016
Área do conhecimento:Ciências Biológicas - Genética - Genética Animal
Pesquisador responsável:Ney Lemke
Beneficiário:Luiz Augusto Bovolenta
Instituição-sede: Instituto de Biociências (IBB). Universidade Estadual Paulista (UNESP). Campus de Botucatu. Botucatu , SP, Brasil
Bolsa(s) vinculada(s):15/19176-7 - Investigando variações e funções de pequenos RNAs não-codificantes em Oreochromis niloticus, BE.EP.DR
Assunto(s):Oreochromis niloticus   Biologia computacional   Banco de dados   Expressão gênica

Resumo

Micro-RNAs (miRNAs) são pequenas moléculas de RNA (~22 nucleotídeos) que regulam pós-transcricionalmente a expressão de genes endógenos, modelando o transcriptoma e a produção de proteínas. Em geral, os miRNAs são altamente conservados no genoma de eucariotos sendo considerados elementos vitais em diversos processos biológicos durante o desenvolvimento, tais como crescimento, diferenciação e morte celular. A grande diversidade de miRNAs identificados está restrita a poucas espécies e apenas uma parte do total de alvos de miRNAs preditos foi caracterizada funcionalmente. Nesse sentido, o uso da tecnologia de sequenciamento de nova geração atrelada a análise de expressão gênica por RT-qPCR possibilitam a identificação do microRNoma e a validação experimental de genes alvo de miRNAs numa espécie. A tilápia do Nilo, Oreochromis niloticus, pode ser considerada um excelente modelo biológico para o estudo de miRNAs em vertebrados devido a sua importância econômica e genoma completo sequenciado. A presente proposta objetiva (I) organizar os dados do sequenciamento do miRNAs da tilapia do Nilo; (II) disponibilizá-los em forma de uma base de dados para a comunidade científica; (III) integrar as informações dos miRNAs com outros bancos de dados de miRNAs; (IV) analisar os dados através de estratégias bioinformáticas para determinação de clusters definidos pelo nível de expressão de cada miRNA nos diferentes tipos de tecido (músculo branco, músculo vermelho, gonadas, cérebro etc.) e nas diferentes fases do desenvolvimento, com a finalidade de criar hipóteses funcionais sobre os miRNAs; (V) predizer os RNAs mensageiros alvos desses miRNAs identificados; e por fim, (VI) determinar a disposição dos miRNAs conhecidos nos 22 cromossomos da tilápia com propósito de desenvolver mapas de localização.

Publicações científicas (4)
(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)
PINHAL, DANILLO; BOVOLENTA, LUIZ A.; MOXON, SIMON; OLIVEIRA, ARTHUR C.; NACHTIGALL, PEDRO G.; ACENCIO, MARCIO L.; PATTON, JAMES G.; HILSDORF, ALEXANDRE W. S.; LEMKE, NEY; MARTINS, CESAR. Genome-wide microRNA screening in Nile tilapia reveals pervasive isomiRs' transcription, sex-biased arm switching and increasing complexity of expression throughout development. SCIENTIFIC REPORTS, v. 8, MAY 29 2018. Citações Web of Science: 3.
OLIVEIRA, ARTHUR C.; BOVOLENTA, LUIZ A.; NACHTIGALL, PEDRO G.; HERKENHOFF, MARCOS E.; LEMKE, NEY; PINHAL, DANILLO. Combining Results from Distinct MicroRNA Target Prediction Tools Enhances the Performance of Analyses. FRONTIERS IN GENETICS, v. 8, MAY 16 2017. Citações Web of Science: 7.
ACENCIO, MARCIO LUIS; BOVOLENTA, LUIZ AUGUSTO; CAMILO, ESTHER; LEMKE, NEY. Prediction of Oncogenic Interactions and Cancer-Related Signaling Networks Based on Network Topology. PLoS One, v. 8, n. 10 OCT 25 2013. Citações Web of Science: 5.
CAMILO, ESTHER; BOVOLENTA, LUIZ A.; ACENCIO, MARCIO L.; RYBARCZYK-FILHO, JOSE L.; CASTRO, MAURO A. A.; MOREIRA, JOSE C. F.; LEMKE, NEY. GALANT: a Cytoscape plugin for visualizing data as functional landscapes projected onto biological networks. Bioinformatics, v. 29, n. 19, p. 2505-2506, OCT 1 2013. Citações Web of Science: 3.
Publicações acadêmicas
(Referências obtidas automaticamente das Instituições de Ensino e Pesquisa do Estado de São Paulo)
BOVOLENTA, Luiz Augusto. Análise exploratória em larga escala de microRNAs expressos em tilápia do Nilo utilizando ferramentas de bioinformática. 2016. Tese de Doutorado - Universidade Estadual Paulista "Júlio de Mesquita Filho" Instituto de Biociências (Campus de Botucatu)..

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