| Processo: | 12/19563-2 |
| Modalidade de apoio: | Bolsas no Exterior - Estágio de Pesquisa - Doutorado |
| Data de Início da vigência: | 01 de fevereiro de 2013 |
| Data de Término da vigência: | 31 de janeiro de 2014 |
| Área de conhecimento: | Ciências Biológicas - Genética - Genética Humana e Médica |
| Pesquisador responsável: | Tatiana Teixeira Torres |
| Beneficiário: | Bárbara Domingues Bitarello |
| Supervisor: | Aida Andrés |
| Instituição Sede: | Instituto de Biociências (IB). Universidade de São Paulo (USP). São Paulo , SP, Brasil |
| Instituição Anfitriã: | Max Planck Society, Leipzig, Alemanha |
| Vinculado à bolsa: | 11/12500-2 - Má-adaptação como subproduto da adaptação: um estudo em escala genômica, BP.DR |
| Palavra(s)-Chave do Pesquisador: | adaptation | balancing selection | bioinformatics | molecular evolution | natural selection | scan | Evolução Molecular |
Resumo Embora aceita como um importante processo evolutivo, a seleção balanceadora tem sido explorada em poucos scans do genoma. Os estudos que buscaram sinais de seleção balanceadora no genoma humano utilizaram dados de SNP e abordagens de pouco poder ou dados de sequências limitados à porção codificadora do genoma de amostras de poucas populações. O nosso primeiro objetivo é o de identificar regiões codificadoras e não-codificadoras do genoma candidatas à ação da seleção balanceadora, buscando regiões com variação aumentada e espectro de frequências (SFS) alterado. Tendo definido esses alvos, vamos discutir as características biológicas desses genes compatíveis ação da seleção balanceadora. Até o momento, nenhum estudo examinou regiões não-codificadoras em busca de sinais de seleção balanceadora usando dados de resequenciamento e, portanto, um estudo em escala genômica usando genótipos resequenciados representa uma meta original. O nosso segundo objetivo consiste em tirar vantagem do fato de que dados completos de resequenciamento estão disponíveis para quatro populações humanas (Projeto dos 1000 genomas). Isto irá permitir-nos comparar se os genes sob seleção balanceadora são compartilhados entre as populações, e se este compartilhamento está relacionado à geografia. Vamos analisar os dados do Projeto dos 1000 genomas seqüenciados para 12 populações de baixa cobertura, usando abordagens outlier para SFS e HKA, como anteriormente implementado por Andres et. al (2009). Vamos avaliar o viés de averiguação introduzido pelo sequencimento de próxima geração (NGS), comparando nossos resultados com os obtidos com um conjunto de dados de alta cobertura. (AU) | |
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