Proteômica Estrutural por Ligação Cruzada Acoplada a Espectrometria de Massas: Desenvolvimentos, Estudos Fundamentais e Aplicações.

• Processo: 12/10862-7
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Doutorado
• Data de Início da vigência: 01 de outubro de 2012
• Data de Término da vigência: 30 de setembro de 2016
• Área de conhecimento: Ciências Exatas e da Terra - Química
• Pesquisador responsável: Fabio Cesar Gozzo
• Beneficiário: Mariana Fioramonte
• Instituição Sede: Instituto de Química (IQ). Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP). Campinas , SP, Brasil
• Vinculado ao auxílio: 08/57805-2 - Instituto de Bioanalítica, AP.TEM
• Bolsa(s) vinculada(s): 15/01601-3 - Novas fronteiras em proteômica estrutural: avanços na realização de experimentos in vivo através de incorporação genética de aminoácidos não naturais, BE.EP.DR
• Assunto(s): Espectrometria de massas
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: Espectrometria de massas | Ligação cruzada | Proteômica Estrutural | Espectrometria de massas

Resumo

O estudo das estruturas e conformações de proteínas e complexos proteicos é de fundamental importância em bioquímica, uma vez que a maior parte dos processos bioquímicos é regulada por tais macromoléculas, interligadas por extensas redes de interação.A ligação cruzada acoplada à espectrometria de massas (MS) é uma técnica que permite a caracterização estrutural de proteínas e complexos proteicos, especialmente nos casos em que estes não são passíveis de serem analisadas por técnicas de alta resolução. O experimento baseia-se na reação de uma proteína ou complexo proteico com um reagente bifuncional (agente de ligação cruzada, ALC) seguido de análise proteômica shotgun por MS. Isso trás para a técnica todas as vantagens da MS, como alta sensibilidade, rapidez de análise e facilidade de uso.Embora a metodologia de ligação cruzada com análise por MS se mostre bastante promissora em fornecer informações estruturais de proteínas e complexos, há ainda várias limitações a serem vencidas para que ela se torne uma técnica de uso irrestrito tanto com relação ao tamanho do sistema quanto à variedade de proteínas. Dentre os desafios ainda a serem vencidos nesta técnica estão a dificuldade de detectar e identificar espécies modificadas pelos ALC's e a seletividade dos ALC's disponíveis frente as cadeias laterais de aminoácidos.O presente projeto visa especificamente desenvolver novos ALC que permitam uma detecção e identificação de peptídeos contendo ligação cruzada de forma mais sensível e seletiva, além de apresentarem diferentes seletividades dos ALC comercialmente disponíveis. Esses estudos possibilitarão que se expanda a aplicabilidade e aumente a qualidade dos dados estruturais advindos desses experimentos.

Publicações científicas

(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)

FIORAMONTE, MARIANA; RAMOS DE JESUS, HUGO CESAR; RAMOS FERRARI, ALLAN JHONATHAN; LIMA, DIOGO BORGES; DREKENER, ROBERTA LOPES; DUARTE CORREIA, CARLOS ROQUE; OLIVEIRA, LUCIANA GONZAGA; DA COSTA NEVES-FERREIRA, ANA GISELE; CARVALHO, PAULO COSTA; GOZZO, FABIO CESAR. XPlex: An Effective, Multiplex Cross-Linking Chemistry for Acidic Residues. Analytical Chemistry, v. 90, n. 10, p. 6043-6050, MAY 15 2018. (14/50249-8, 16/13195-2, 14/17264-3, 12/10862-7, 14/12727-5)

LIMA, DIOGO B.; MELCHIOR, JOHN T.; MORRIS, JAMIE; BARBOSA, VALMIR C.; CHAMOT-ROOKE, JULIA; FIORAMONTE, MARIANA; SOUZA, TATIANA A. C. B.; FISCHER, JULIANA S. G.; GOZZO, FABIO C.; CARVALHO, PAULO C.; et al. Characterization of homodimer interfaces with cross-linking mass spectrometry and isotopically labeled proteins. Nature Protocols, v. 13, n. 3, p. 431-458, MAR 2018. (14/17264-3, 12/10862-7)

Publicações acadêmicas

(Referências obtidas automaticamente das Instituições de Ensino e Pesquisa do Estado de São Paulo)

FIORAMONTE, Mariana. Novas abordagens para ligação cruzada em proteômica estrutural. 0000. Tese de Doutorado - Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP). Instituto de Química Campinas, SP.