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Anotação genômica e validação populacional de SSR-EST e SNP-EST para identificação de genes candidatos no camarão marinho Litopenaeus vannamei (Penaeidae, Decapoda)

Processo: 12/13069-6
Linha de fomento:Bolsas no Brasil - Doutorado
Vigência (Início): 01 de novembro de 2012
Vigência (Término): 31 de maio de 2016
Área do conhecimento:Ciências Biológicas - Genética - Genética Animal
Pesquisador responsável:Patrícia Domingues de Freitas
Beneficiário:Camilla Alves Santos
Instituição-sede: Centro de Ciências Biológicas e da Saúde (CCBS). Universidade Federal de São Carlos (UFSCAR). São Carlos , SP, Brasil
Assunto(s):Aquicultura   Repetições de microssatélites   Melhoramento genético animal   Marcador molecular   Litopenaeus vannamei   Camarão

Resumo

Litopenaeus vannamei é conhecido como camarão branco do Pacífico, sendo a principal espécie de peneídeo comercializada no mundo. Apesar de seu excelente desempenho em cativeiro, há a preocupação de se manejar adequadamente os plantéis, devido à ausência da introdução de novos pools gênicos que resultam no aumento de endocruzamentos e na diminuição nos níveis de diversidade genética e consequente queda na adaptação destes frente às condições adversas. Neste contexto, marcadores moleculares contidos em regiões expressas do genoma (EST, Expressed Sequence Tags), como os microssatélites ou SSR (Simple Sequence Repeats) e os SNP (Single Nucleotide Polymorphisms), mostram-se úteis no acesso à variabilidade genética dos plantéis, na identificação de locos relacionados a traços de interesse e o no estabelecimento de programas de melhoramento genético baseados na Seleção Assistida por Marcadores (MAS). O desenvolvimento do Projeto Genoma EST do camarão L. vannamei (ShEST) possibilitou a caracterização de milhares de SSR e SNP, sendo grande que parte desses marcadores ainda não foi avaliada populacionalmente nem tampouco possui o com seu produto gênico elucidado. Assim, este trabalho objetiva a descrição dos produtos protéicos de locos SSR-EST e SNP-EST e de suas possíveis vias metabólicas, além da validação dessas marcas em linhagens geneticamente selecionadas para crescimento e resistência. Com base nos produtos descritos na anotação genômica, alguns destes locos que estiverem contidos em genes de interesse serão selecionados para verificação de uma possível associação fenótipo x genótipo. Todos os cruzamentos e mensurações das características de performance serão conduzidos pelas empresas Aquatec e Genearch Aquacultura Ltda (RN, Brasil). Após as análises de associação entre os genótipos e os fenótipos observados espera-se disponibilizar um conjunto de marcadores eficientes para auxiliar no manejo e monitoramento dos estoques desta espécie cultivados no Brasil.

Publicações científicas (4)
(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)
SANTOS, CAMILLA A.; ANDRADE, SONIA C. S.; FREITAS, PATRICIA D. Identification of SNPs potentially related to immune responses and growth performance in Litopenaeus vannamei by RNA-seq analyses. PeerJ, v. 6, JUL 4 2018. Citações Web of Science: 2.
SANTOS, CAMILLA A.; ANDRADE, SONIA C. S.; TEIXEIRA, ANA K.; FARIAS, FLAVIO; KURKJIAN, KARIN; GUERRELHAS, ANA C.; ROCHA, JOAO L.; GALETTI, JR., PEDRO M.; FREITAS, PATRICIA D. Litopenaeus vannamei Transcriptome Profile of Populations Evaluated for Growth Performance and Exposed to White Spot Syndrome Virus (WSSV). FRONTIERS IN GENETICS, v. 9, APR 10 2018. Citações Web of Science: 6.
CAMILLA ALVES SANTOS; FLAVIO FARIAS; ANA KARINA TEIXEIRA; JOÃO LUÍS ROCHA; ANA CAROLINA GUERRELHAS; PATRÍCIA DOMINGUES DE FREITAS. Polymorphism in Litopenaeus vannamei genes and cross-species amplification in other shrimp species. Pesquisa Agropecuária Brasileira, v. 53, n. 1, p. -, Jan. 2018.
SANTOS, CAMILLA ALVES; FARIAS, FLAVIO; TEIXEIRA, ANA KARINA; ROCHA, JOAO LUIS; GUERRELHAS, ANA CAROLINA; DE FREITAS, PATRICIA DOMINGUES. Polymorphism in Litopenaeus vannamei genes and cross-species amplification in other shrimp species. Pesquisa Agropecuária Brasileira, v. 53, n. 1, p. 121-124, JAN 2018. Citações Web of Science: 1.

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