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INTER-RELAÇÕES EVOLUTIVAS ENTRE ncRNAS E GENES ÓRFÃOS DE Arabidopsis thaliana E Saccharum officinarum

Processo: 12/06539-6
Linha de fomento:Bolsas no Brasil - Mestrado
Vigência (Início): 01 de novembro de 2012
Vigência (Término): 28 de fevereiro de 2014
Área do conhecimento:Ciências Biológicas - Genética - Genética Vegetal
Pesquisador responsável:Renato Vicentini dos Santos
Beneficiário:Lucas Eduardo Costa Canesin
Instituição-sede: Centro de Biologia Molecular e Engenharia Genética (CBMEG). Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP). Campinas , SP, Brasil
Vinculado ao auxílio:08/58031-0 - Equilíbrio energético da cana-de-açúcar: uma abordagem de sistemas para compreender a regulação do metabolismo da sacarose e a sinalização de açúcar, AP.BIOEN.JP
Assunto(s):Biologia computacional

Resumo

Estudos genômicos tem revelado em detalhes o funcionamento e controle da expressão gênica em diversos organismos, permitindo a manipulação cada vez mais precisa da informação genética, sobretudo na agricultura. A primeira planta a ter seu genoma completamente senquenciado foi a planta-modelo Arabidopsis thaliana, devido as características intrínsecas a sua biologia. Subsequentemente, inúmeras outras espécies vegetais começaram a ser sequenciadas, como a cana-de-açúcar (Saccharum officinarum), uma espécie de grande interesse ao desenvolvimento de biocombustíveis. Neste contexto, o estudo de ncRNA e genes taxon-específicos "órfãos" podem auxiliar na elucidação da regulação fina do genoma e assim possibilitar a manipulação mais precisa do mesmo. Portanto, a compreensão do surgimento e evolução destas classes de transcritos é imprescindível. Neste trabalho, serão indentificados e caracterizados conjuntos de ncRNA e genes órfaos de A. thaliana e cana-de-açúcar, através da comparação de dados de transcriptoma e genoma, no caso de Arabidopsis thaliana. Será feito então a comparação entre os conjuntos obtidos a fim de se compreender a criação de novo de genes órfãos a partir de ncRNA e sua integração nas redes celulares, através da análise de co-expressão destas classes. Para isso serão construídas redes coding-non-coding de co-expressão, a partir de dados de RNA-Seq, o que fornecerá informações fundamentais na dinâmica envolvida na atuação e evolução de ncRNA e genes órfãos.

Publicações acadêmicas
(Referências obtidas automaticamente das Instituições de Ensino e Pesquisa do Estado de São Paulo)

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