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Imputação de Marcadores Moleculares em bovinos da raça Canchim

Processo: 12/21891-8
Linha de fomento:Bolsas no Brasil - Mestrado
Vigência (Início): 01 de janeiro de 2013
Vigência (Término): 28 de fevereiro de 2014
Área do conhecimento:Ciências Agrárias - Zootecnia - Genética e Melhoramento dos Animais Domésticos
Pesquisador responsável:Danísio Prado Munari
Beneficiário:Tatiane Cristina Seleguim Chud
Instituição-sede: Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias (FCAV). Universidade Estadual Paulista (UNESP). Campus de Jaboticabal. Jaboticabal , SP, Brasil
Bolsa(s) vinculada(s):13/02175-2 - Imputação de marcadores moleculares em bovinos da raça Canchim, BE.EP.MS
Assunto(s):Seleção genômica

Resumo

Com o desenvolvimento de novos painéis para genotipagem em alta densidade, contendo dezenas de milhares de marcadores do tipo SNP (polimorfismos de nucleotídeo únicos), a seleção genômica tornou-se um método de seleção muito atrativo e promissor. Entretanto, o custo deste painel ainda é alto, o que dificulta a genotipagem de todos os animais candidatos à seleção. Uma das estratégias para reduzir esses custos seria a utilização de painéis de baixa densidade, aliada ao uso de métodos de imputação. O método de imputação consiste na predição de marcadores não contidos no painel de baixa densidade por meio de genótipos oriundos de animais genotipados utilizando painel de alta densidade (HD). Deste modo, o objetivo deste estudo é comparar metodologias para imputação de marcadores moleculares em bovinos da raça Canchim, visando futura aplicação dos marcadores imputados para seleção genômica. Serão utilizadas informações genômicas de 400 animais da raça Canchim, obtidas por meio do painel de alta densidade (777.962 marcadores moleculares). Os animais serão divididos em dois grupos distintos, denominados de população referência e imputação. Para a população de imputação serão simulados painéis de baixa densidade por meio de diferentes cenários. A imputação dos genótipos será realizada pelos softwares FImpute (versão 2) e BEAGLE. Para o cálculo da acurácia de imputação, os genótipos imputados serão comparados com os verdadeiros marcadores presentes nos painéis HD iniciais.

Publicações científicas
(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)
CHUD, TATIANE C. S.; VENTURA, RICARDO V.; SCHENKEL, FLAVIO S.; CARVALHEIRO, ROBERTO; BUZANSKAS, MARCOS E.; ROSA, JAQUELINE O.; MUDADU, MAURICIO DE ALVARENGA; DA SILVA, MARCOS VINICIUS G. B.; MOKRY, FABIANA B.; MARCONDES, CINTIA R.; REGITANO, LUCIANA C. A.; MUNARI, DANISIO P. Strategies for genotype imputation in composite beef cattle. BMC GENETICS, v. 16, AUG 7 2015. Citações Web of Science: 7.
Publicações acadêmicas
(Referências obtidas automaticamente das Instituições de Ensino e Pesquisa do Estado de São Paulo)
CHUD, Tatiane Cristina Seleguim. Metodologias e estratégias de imputação de marcadores genéticos em bovinos da raça Cachim. 2014. Dissertação de Mestrado - Universidade Estadual Paulista "Júlio de Mesquita Filho" Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias..

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