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Imputação de marcadores moleculares em bovinos da raça Canchim

Processo: 13/02175-2
Linha de fomento:Bolsas no Exterior - Estágio de Pesquisa - Mestrado
Vigência (Início): 01 de abril de 2013
Vigência (Término): 30 de setembro de 2013
Área do conhecimento:Ciências Agrárias - Zootecnia - Genética e Melhoramento dos Animais Domésticos
Pesquisador responsável:Danísio Prado Munari
Beneficiário:Tatiane Cristina Seleguim Chud
Supervisor no Exterior: Flavio S. Schenkel
Instituição-sede: Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias (FCAV). Universidade Estadual Paulista (UNESP). Campus de Jaboticabal. Jaboticabal , SP, Brasil
Local de pesquisa : University of Guelph, Canadá  
Vinculado à bolsa:12/21891-8 - Imputação de Marcadores Moleculares em bovinos da raça Canchim, BP.MS
Assunto(s):Melhoramento genético animal   Seleção genética   Bovinos de corte

Resumo

Com o desenvolvimento de novos painéis para genotipagem em alta densidade, contendo dezenas de milhares de marcadores do tipo SNP (polimorfismos de nucleotídeo únicos), a seleção genômica tornou-se um método de seleção muito atrativo e promissor. Entretanto, o custo deste painel ainda é alto, o que dificulta a genotipagem de todos os animais candidatos à seleção. Uma das estratégias para reduzir esses custos seria a utilização de painéis de baixa densidade, aliada ao uso de métodos de imputação. O método de imputação consiste na predição de marcadores não contidos no painel de baixa densidade por meio de genótipos oriundos de animais genotipados utilizando painel de alta densidade (HD). Deste modo, o objetivo deste estudo é comparar metodologias para imputação de marcadores moleculares em bovinos da raça Canchim, visando futura aplicação dos marcadores imputados para seleção genômica. Serão utilizadas informações genômicas de 400 animais da raça Canchim, obtidas por meio do painel de alta densidade (777.962 marcadores moleculares). Os animais serão divididos em dois grupos distintos, denominados de população referência e imputação. Para a população de imputação serão simulados painéis de baixa densidade por meio de diferentes cenários. A imputação dos genótipos será realizada pelos softwares FImpute (versão 2) e BEAGLE. Para o cálculo da acurácia de imputação, os genótipos imputados serão comparados com os verdadeiros marcadores presentes nos painéis HD iniciais. (AU)