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Identificação de CNVs no genoma de bovinos da raça Nelore e suas associações com maciez da carne

Processo: 12/23717-5
Linha de fomento:Bolsas no Brasil - Mestrado
Vigência (Início): 01 de abril de 2013
Vigência (Término): 31 de janeiro de 2015
Área do conhecimento:Ciências Agrárias - Zootecnia - Genética e Melhoramento dos Animais Domésticos
Pesquisador responsável:Luiz Lehmann Coutinho
Beneficiário:Vinicius Henrique da Silva
Instituição-sede: Escola Superior de Agricultura Luiz de Queiroz (ESALQ). Universidade de São Paulo (USP). Piracicaba , SP, Brasil
Bolsa(s) vinculada(s):14/01438-2 - Vias metabólicas e maciez da carne: de CNVs a expressão gênica em bovinos da raça Nelore, BE.EP.MS
Assunto(s):Biotecnologia   Reação em cadeia da polimerase via transcriptase reversa quantitativa (qRT-PCR)   Bovinos

Resumo

O Brasil possui o maior rebanho comercial bovino do mundo, ocupando também a primeira colocação na exportação de carne. Grande parte deste rebanho é composto por raças zebuínas, onde a de maior destaque é a Nelore. A grande adaptabilidade do Nelore ao clima tropical, contudo não vem acompanhada de uma carne de maciez elevada. A proposta do presente trabalho é construir um mapa de variação do número de cópias (copy number variations, CNV) para o Nelore, e descrever os que apresentam influência no fenótipo de maciez da carne. Este projeto deverá contribuir na construção de um melhor entendimento da arquitetura genética da principal raça da bovinocultura brasileira. Serão utilizados os dados de chips de SNP (Illumina Bovine High-Density Beadchip®) de aproximadamente 800 animais do projeto "Estratégias genéticas para melhoria da eficiência de produção e da qualidade da carne bovina no Brasil", conduzido pela EMBRAPA em colaboração com a ESALQ. A partir de parâmetros extraídos do chip, os CNVs presentes em cada animal serão estimados pelo programa PennCNV. Os dez CNVs estatísticamente mais significativos, serão validados pela metodologia qPCR (real-time, quantitative polymerase chain reaction) em trinta parentais da população estudada. Os CNVs serão alocados com os genes e QTLs que sobrepõem na literatura. Por fim, dos genes encontrados serão mostradas as rotas metabólicas que estão envolvidas.

Publicações científicas
(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)
DA SILVA, VINICIUS HENRIQUE; DE ALMEIDA REGITANO, LUCIANA CORREIA; GEISTLINGER, LUDWIG; PERTILLE, FABIO; GIACHETTO, POLIANA FERNANDA; BRASSALOTI, RICARDO AUGUSTO; MOROSINI, NATALIA SILVA; ZIMMER, RALF; COUTINHO, LUIZ LEHMANN. Genome-Wide Detection of CNVs and Their Association with Meat Tenderness in Nelore Cattle. PLoS One, v. 11, n. 6 JUN 27 2016. Citações Web of Science: 14.
Publicações acadêmicas
(Referências obtidas automaticamente das Instituições de Ensino e Pesquisa do Estado de São Paulo)
SILVA, Vinicius Henrique da. Identificação de CNVs no genoma de bovinos da raça Nelore e suas associações com maciez da carne. 2015. Dissertação de Mestrado - Universidade de São Paulo (USP). Escola Superior de Agricultura Luiz de Queiroz Piracicaba.

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