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Expressão diferencial de genes relacionados com maciez da carne em bovinos da raça Nelore

Processo: 12/23934-6
Linha de fomento:Bolsas no Brasil - Mestrado
Vigência (Início): 01 de abril de 2013
Vigência (Término): 30 de novembro de 2014
Área do conhecimento:Ciências Agrárias - Zootecnia - Genética e Melhoramento dos Animais Domésticos
Pesquisador responsável:Luiz Lehmann Coutinho
Beneficiário:Tassia Mangetti Gonçalves
Instituição-sede: Escola Superior de Agricultura Luiz de Queiroz (ESALQ). Universidade de São Paulo (USP). Piracicaba , SP, Brasil
Bolsa(s) vinculada(s):13/26121-9 - Análise integrativa de expressão diferencial de genes para elucidar mecanismos moleculares que controlam a maciez da carne no gado Nelore, BE.EP.MS
Assunto(s):Biologia computacional   Análise de sequência de RNA   Reação em cadeia da polimerase via transcriptase reversa quantitativa (qRT-PCR)

Resumo

A qualidade da carne bovina no Brasil é importante tanto para o consumidor, como para a indústria alimentícia devido a alta competitividade e exigência do mercado nacional e internacional. Portanto, é necessário o desenvolvimento de pesquisas para melhorar a qualidade da carne bovina da raça Nelore (Bos indicus), principalmente a maciez, que é considerada uma das principais responsáveis por agregar valor a carne. O surgimento de tecnologias de nova geração proporcionam informações precisas, rápidas e baratas de todo genoma, mostrando grande vantagem em relação aos métodos convencionais de sequenciamento e de estudos de expressão gênica. Porém essas novas tecnologias geram um grande volume de dados, sendo necessário o uso de ferramentas de bioinformática para realizar as análises de sequenciamento e ter maior compreensão de mecanismos biológicos de regulação, controle celular, interações gênicas, entre outras aplicações. Em um estudo prévio, foram coletadas amostras do músculo Longissimus dorsi de 790 animais da raça Nelore e foram realizadas avaliações da força de cisalhamento 24 horas após abate, e com 7 e 14 dias de maturação. Com o objetivo de identificar genes diferencialmente expressos, foram selecionados 34 animais com valores extremos de maciez de carne da raça Nelore que estão sendo sequenciados pelo método de RNA-seq (Illumina HiScanSQ). Neste estudo, será realizado o processamento dos dados gerados pelo RNA-seq através de ferramentas de bioinformática. Para isso, serão utilizados os softwares Bowtie, TopHat, e o pacote Cufflinks. A análise estatística será realizada em ambiente R. Após a análise de expressão diferencial, serão feitas validações de cinco genes que forem significativos para maciez de carne pela técnica de RT-PCR quantitativo.

Publicações científicas
(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)
GONCALVES, TASSIA MANGETTI; DE ALMEIDA REGITANO, LUCIANA CORREIA; KOLTES, JAMES E.; MELLO CESAR, ALINE SILVA; DA SILVA ANDRADE, SONIA CRISTINA; MOURAO, GERSON BARRETO; GASPARIN, GUSTAVO; MONTEIRO MOREIRA, GABRIEL COSTA; FRITZ-WATERS, ELYN; REECY, JAMES M.; COUTINHO, LUIZ LEHMANN. Gene Co-expression Analysis Indicates Potential Pathways and Regulators of Beef Tenderness in Nellore Cattle. FRONTIERS IN GENETICS, v. 9, OCT 5 2018. Citações Web of Science: 4.
Publicações acadêmicas
(Referências obtidas automaticamente das Instituições de Ensino e Pesquisa do Estado de São Paulo)
GONÇALVES, Tassia Mangetti. Expressão diferencial de genes relacionados com maciez da carne em bovinos da raça Nelore. 2015. Dissertação de Mestrado - Universidade de São Paulo (USP). Escola Superior de Agricultura Luiz de Queiroz Piracicaba.

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