Caracterização do vírus da imunodeficiência humana (HIV-1) pela análise do genoma completo viral em amostras de doadores de sangue nos estados de Pernambuco, Minas Gerais, Rio de Janeiro e São Paulo

• Processo: 13/06978-2
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Programa Capacitação - Treinamento Técnico
• Data de Início da vigência: 01 de abril de 2013
• Data de Término da vigência: 30 de setembro de 2013
• Área de conhecimento: Ciências da Saúde - Medicina - Clínica Médica
• Pesquisador responsável: Sabri Saeed Mohammed Ahmed Al-Sanabani
• Beneficiário: Paula Andréia Lucas Calabria
• Instituição Sede: Instituto de Medicina Tropical de São Paulo (IMT). Universidade de São Paulo (USP). São Paulo , SP, Brasil
• Vinculado ao auxílio: 11/11090-5 - Caracterização do vírus da imunodeficiência humana (HIV-1) pela análise do genoma completo viral em amostras de doadores de sangue nos estados de Pernambuco, Minas Gerais, Rio de Janeiro e São Paulo, AP.R
• Assunto(s): Diversidade genética Doadores de sangue HIV-1
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: Diversidade Genética | Doadores de sangue | genoma completo | Hiv-1 | Doenças Infecciosas

Resumo

A variabilidade genética é uma das características mais importantes do HIV-1, sendo um dos fatores cruciais nas tentativas de controle da epidemia e no desenvolvimento de uma vacina eficaz. O entendimento da diversidade é fundamental não somente para o sucesso no desenvolvimento de vacinas e drogas, mas também para entender a epidemiologia e o diagnóstico genético. Realizaremos análises de genomas completos de HIV-1 de 300 amostras, isoladas de doadores de sangue infectados que residem nos Estados de São Paulo (n=70), Rio de Janeiro (n=90), Minas Gerais (n=50) e Pernambuco (n=90) para contribuir na otimização de estratégias de diagnósticos do HIV-1, procurar identificar assinaturas e polimorfismos no genoma viral e suas associações com a evolução biológica dos níveis de linfócitos T CD4 e carga viral plasmática, buscar interações em nível molecular entre aminoácidos no gene envelope do HIV-1 de variantes com o tetrâmero GWGR na alça V3 da população viral presente na infecção intra-paciente, analisar a variabilidade de aminoácidos nos Linfócitos T Citotóxicos e T-Helper baseado em epítopos conhecidos, caracterizar um possível padrão de recombinação entre amostras circulantes, verificando tendências evolutivas que podem estar ocorrendo na epidemia desta população, construir um painel de genomas completos de possíveis amostras recombinantes inter-subtipos do HIV-1 isolados de pacientes recém infectados para estimar a possível existência de CRFs e sua dispersão no Brasil, buscando-as e caracterizando-as, incrementar o número de sequências de HIV brasileiros caracterizados em mais de uma região do genoma, ainda pouco representado no mundo, descrever a estabilidade da classificação original de subtipos ao nível de genoma completo, avaliar a prevalência de resistência primária nas cinco classes de medicamentos disponíveis em pacientes infectados, visto que todos os estudos realizados até o momento relatam apenas a avaliação de "trechos" dos genomas. A extração do RNA viral será realizada a partir do plasma, depois de sintetizado o cDNA, será realizada PCR em duas etapas seguindo os protocolos do nosso laboratório com amplificação de 5 fragmentos em sobreposição que cobrem todo o genoma do HIV-1. Os produtos serão sequenciados em fragmentos menores. Todas as sequências serão analisadas através de análises filogenéticas. Informações sobre a evolução, estatísticas dos indivíduos, genética do hospedeiro, mapeamento de epítopos, dados clínicos, imunológicos e epidemiológicos serão cruzados com sequências virais para permitir estudos de associação subsequentes. (AU)