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Busca de polimorfismos e mutações em sequência de DNA proveniente de pacientes com deficiência em processos de reparo do genoma

Processo: 13/05106-1
Linha de fomento:Bolsas no Brasil - Mestrado
Vigência (Início): 01 de junho de 2013
Vigência (Término): 31 de maio de 2015
Área do conhecimento:Ciências Biológicas - Genética - Genética Humana e Médica
Pesquisador responsável:Carlos Frederico Martins Menck
Beneficiário:Livia Maria Silva Moura
Instituição-sede: Instituto de Ciências Biomédicas (ICB). Universidade de São Paulo (USP). São Paulo , SP, Brasil
Vinculado ao auxílio:09/52417-7 - Respostas celulares a lesões no genoma, AP.TEM
Assunto(s):Reparo do DNA   Polimorfismo genético   Biologia computacional   Sequenciamento de nova geração

Resumo

Apesar de altamente estável, o DNA sofre milhares de alterações em seu código genético diariamente, sejam essas espontâneas ou pela exposição a agentes mutagênicos. A maior parte dessas alterações é prontamente removida por um conjunto de eventos de reparo de DNA. A via de reparo por excisão de nucleotídeos (NER) é a mais versátil e flexível lidando com uma variedade de lesões que podem gerar distorções das hélices do DNA. Dentre os agentes que geram lesões que se tornam substratos para a via de NER, destaca-se a radiação ultravioleta (UV), subdividida em comprimento de ondas (UVC: 220-280 nm; UVB: 280-315 nm; UVA: 315-400 nm), sendo que as de maior comprimento (UVB e UVA) chegam à superfície da Terra e é capaz de atravessar as camadas da pele causando danos nos tecidos e à molécula de DNA. Esses danos resultam em alterações características que, caso não reparadas, podem gerar mutações desenvolvendo doenças como o câncer. Algumas síndromes, sensíveis à luz solar, estão relacionadas à deficiência no processo de NER, como a Xeroderma Pigmentosum (XP), síndrome de Cockayne (CS) e Tricotiodistrofia (TTD). Nosso grupo de pesquisa tem potencial interesse em estudar e entender as doenças correlacionadas a falhas do sistema de reparo do DNA, sobretudo ao NER, induzidas por raios UV. Para esse estudo, genes inteiros relacionados a reparo de DNA de amostras de pacientes XP brasileiros serão sequenciadas por uma plataforma de sequenciamento de segunda geração (ABI SOLiD 5500XL) e, posteriormente, analisadas através de ferramentas de bioinformática. Neste projeto pretendemos desenvolver uma plataforma de busca de substituições de nucleotídeos responsáveis pela síndrome desses pacientes na análise desses genes, além de criar uma interface de domínio público para a identificação de substituições/polimorfismos em dados gerados pela plataforma de sequenciamento SOLiD.