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Novas ferramentas genéticas para Archaea: validação funcional e modelagem da rede regulatória de RNA não codificantes de Halobacterium salinarum

Processo: 13/04125-2
Linha de fomento:Bolsas no Brasil - Pós-Doutorado
Vigência (Início): 01 de junho de 2013
Vigência (Término): 02 de fevereiro de 2015
Área do conhecimento:Ciências Biológicas - Microbiologia - Biologia e Fisiologia dos Microorganismos
Pesquisador responsável:Tie Koide
Beneficiário:Rafael Silva Rocha
Instituição-sede: Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto (FMRP). Universidade de São Paulo (USP). Ribeirão Preto , SP, Brasil
Vinculado ao auxílio:09/09532-0 - Biologia sistêmica do extremófilo Halobacterium salinarum: contribuição dos RNAs não-codificantes ao modelo global de regulação gênica, AP.JP
Assunto(s):Biologia sistêmica   Biologia sintética

Resumo

Organismos do grupo Archaea são um excelente objeto de estudo para entender as diferentes estratégias utilizadas pelos seres vivos para colonizar habitats extremos. A presente proposta visa estudar a rede de regulação gênica da arqueia modelo Halobacterium salinarum NRC-1. Em primeiro lugar, se realizará o desenvolvimento e validações de novas ferramentas genéticas modulares para facilitar a manipulação genética desse organismo. Em segundo lugar, se procederá a caracterização funcional de RNAs não codificantes (ncRNAs) e seus mecanismos de controle da expresso gênica em H. salinarum. Finalmente, os dados gerados in vivo serão integrados com os existentes na literatura para implementar um modelo computacional da rede regulatória de H. salinarum contendo tanto fatores transcricionais gerais (GTFs) como ncRNAs, visando assim o entendimento dos mecanismos de adaptação desse organismo a sinais ambientais. Os dados resultantes dessas predições serão validados in vivo utilizando ferramentas moleculares clássicas e novas geradas nesse trabalho. Os resultados esperados para a presente proposta permitirão expandir o conhecimento sobre os mecanismos de adaptação a ambientes extremos nesse organismo modelo, e serão de alta relevância para futuras aplicações biotecnológicas.

Publicações científicas (7)
(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)
SILVA-ROCHA, RAFAEL; PONTELLI, MARJORIE CORNEJO; FURTADO, GILVAN PESSOA; ZARAMELA, LIVIA SOARES; KOIDE, TIE. Development of New Modular Genetic Tools for Engineering the Halophilic Archaeon Halobacterium salinarum. PLoS One, v. 10, n. 6 JUN 10 2015. Citações Web of Science: 1.
GUAZZARONI, MARIA-EUGENIA; SILVA-ROCHA, RAFAEL; WARD, RICHARD JOHN. Synthetic biology approaches to improve biocatalyst identification in metagenomic library screening. MICROBIAL BIOTECHNOLOGY, v. 8, n. 1, p. 52-64, JAN 2015. Citações Web of Science: 22.
CAMPOS ANTONIETO, AMANDA CRISTINA; CASTRO, LILIAN DOS SANTOS; SILVA-ROCHA, RAFAEL; PERSINOTI, GABRIELA FELIX; SILVA, ROBERTO NASCIMENTO. Defining the genome-wide role of CRE1 during carbon catabolite repression in Trichoderma reesei using RNA-Seq analysis. Fungal Genetics and Biology, v. 73, p. 93-103, DEC 2014. Citações Web of Science: 26.
GUAZZARONI, MARIA-EUGENIA; SILVA-ROCHA, RAFAEL. Expanding the Logic of Bacterial Promoters Using Engineered Overlapping Operators for Global Regulators. ACS SYNTHETIC BIOLOGY, v. 3, n. 9, p. 666-675, SEP 2014. Citações Web of Science: 9.
SILVA-ROCHA, RAFAEL; DE LORENZO, VICTOR. The pWW0 plasmid imposes a stochastic expression regime to the chromosomal ortho pathway for benzoate metabolism in Pseudomonas putida. FEMS Microbiology Letters, v. 356, n. 2, SI, p. 176-183, JUL 2014. Citações Web of Science: 4.
SILVA-ROCHA, RAFAEL; CASTRO, LILIAN DOS SANTOS; CAMPOS ANTONIERO, AMANDA CRISTINA; GUAZZARONI, MARIA-EUGENIA; PERSINOTI, GABRIELA FELIX; SILVA, ROBERTO NASCIMENTO. Deciphering the Cis-Regulatory Elements for XYR1 and CRE1 Regulators in Trichoderma reesei. PLoS One, v. 9, n. 6 JUN 18 2014. Citações Web of Science: 19.
NIKEL, PABLO IVAN; SILVA-ROCHA, RAFAEL; BENEDETTI, ILARIA; DE LORENZO, VICTOR. The private life of environmental bacteria: pollutant biodegradation at the single cell level. ENVIRONMENTAL MICROBIOLOGY, v. 16, n. 3, p. 628-642, MAR 2014. Citações Web of Science: 34.

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