Determinação ab initio das estruturas das caudas globulares das miosinas de classe V e outras proteínas altamente helicoidais com resoluções abaixo de 2 Å com o ARCIMBOLDO

• Processo: 13/12370-7
• Modalidade de apoio: Bolsas no Exterior - Estágio de Pesquisa - Doutorado Direto
• Data de Início da vigência: 01 de setembro de 2013
• Data de Término da vigência: 30 de novembro de 2013
• Área de conhecimento: Ciências Biológicas - Biofísica - Biofísica Molecular
• Pesquisador responsável: Mário Tyago Murakami
• Beneficiário: Andrey Fabricio Ziem Nascimento
• Supervisor: Isabel Usón Finkenzeller
• Instituição Sede: Centro Nacional de Pesquisa em Energia e Materiais (CNPEM). Ministério da Ciência, Tecnologia e Inovação (Brasil). Campinas , SP, Brasil
• Instituição Anfitriã: Institut de Biologia Molecular de Barcelona (IBMB), Espanha
• Vinculado à bolsa: 09/14257-8 - Estudos estruturais do domínio globular da miosina Va humana responsável pelo transporte intracelular de organelas e vesículas, BP.DD
• Assunto(s): Cristalografia Miosina tipo V
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: Arcimboldo | cauda globular | Faseamento ab intio | Métodos cristalográficos | Miosina V | Cristalografia de Macomoléculas

Resumo

A cristalografia de macromoléculas constituí uma das ferramentas mais importantes da biologia estrutural e tem sido responsável por grande parte das estruturas de proteínas depositadas. Porém, a obtenção da estrutura cristalográfica passa por diversas etapas que limitam uma maior taxa de sucesso. Além das dificuldades observadas na cristalização, um problema intrínseco da cristalografia, o problema das fases, impede a obtenção da estrutura de forma direta. Classicamente para contornar este problema diversas técnicas podem ser utilizadas envolvendo átomos pesados (MIR, SAD, etc) ou estruturas homólogas (substituição molecular), porém a dificuldade de se obter cristais derivados com átomos pesados e/ou a ausência de proteínas similares com estrutura determinada muitas vezes impede a determinação da estrutura. Métodos ab initio, que derivam as fases diretamente do conjunto de dados nativo, são efetivos para pequenas moléculas, porém, geralmente, a ausência de resolução atômica (1,2Å ou melhor) e o grande número de átomos, impedem o uso desses métodos para proteínas. Com uma nova abordagem, aplicada no programa ARCIMBOLDO, que utiliza fragmentos de ±-hélices, o grupo da Profa. Isabel Usón resolveu estruturas de proteínas com até 222 resíduos e 2Å de resolução. Assim, pretendemos estender a utilização do ARCIMBOLDO para resoluções menores (2-3Å), utilizando para isso os dados das estruturas das hCGMio5, obtidas pelo nosso grupo recentemente, uma vez que estas estruturas são ricas em ±-hélices e se apresentam dentro da faixa de resolução de interesse, se adequando para este estudo. Além disso, a determinação das estruturas por outro método, validará os dados já obtidos. (AU)