Análise computacional de genes codificantes de glicosil hidrolases em dados metagenômicos de compostagem

• Processo: 13/05325-5
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Mestrado
• Data de Início da vigência: 01 de julho de 2013
• Data de Término da vigência: 30 de junho de 2015
• Área de conhecimento: Ciências Biológicas - Microbiologia - Microbiologia Aplicada
• Pesquisador responsável: João Carlos Setubal
• Beneficiário: Leandro Nascimento Lemos
• Instituição Sede: Instituto de Química (IQ). Universidade de São Paulo (USP). São Paulo , SP, Brasil
• Vinculado ao auxílio: 11/50870-6 - Estudos da diversidade microbiana no Parque Zoológico do Estado de São Paulo, AP.BTA.TEM
• Assunto(s): Compostagem Biologia computacional Metagenômica
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: bioinformática | Compostagem | glicosil hidrolases | metagenômica

Resumo

Há um crescente interesse de setores da indústria em substituir catalisadores químicos por enzimas em diversos processos que ocorrem em condições de altas temperatura, pressão, salinidade ou de concentração de metais. Um dos setores mais críticos é a aplicação industrial dos processos de geração de biocombustíveis a partir da biomassa renovável. A compostagem é um nicho ecológico particularmente adequado para bioprospecção de produtos de origem microbiana relacionados à degradação de biomassa. O objetivo geral deste projeto é caracterizar a diversidade e abundância de genes codificadores de enzimas ligadas a hidrólise de carboidratos e glicoconjugados (glicosil-hidrolases ou GHs) em diferentes estágios do processamento de compostagem do Parque Zoológico de São Paulo, utilizando como dados básicos sequencias metagenômicas geradas no projeto temático processo 11/50870-6. Especificamente, iremos identificar os genes codificadores de GHs presentes em diversas amostras; analisar a diversidade e abundância das principais famílias de GHs; analisar a diversidade e abundância de micro-organismos codificadores das GHs identificadas; verificar quais das GHs identificadas são novas em relação às conhecidas; comparar os perfis de diversidade e abundância de GHs nas diversas amostras entre si e com outros metagenomas de ambientes onde também ocorre degradação de biomassa. Para alcançar esses objetivos iremos utilizar softwares de terceiros, desenvolver nosso próprio pipeline de análise computacional, e um banco de dados relacional.

Publicações científicas

(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)

PYLRO, VICTOR S.; MORAIS, DANIEL K.; DE OLIVEIRA, FRANCISLON S.; DOS SANTOS, FAUSTO G.; LEMOS, LEANDRO N.; OLIVEIRA, GUILHERME; ROESCH, LUIZ F. W.. BMPOS: a Flexible and User-Friendly Tool Sets for Microbiome Studies. MICROBIAL ECOLOGY, v. 72, n. 2, p. 443-447, AUG 2016. (13/05325-5)

LEMOS, LEANDRO N.; PEREIRA, ROBERTA V.; QUAGGIO, RONALDO B.; MARTINS, LAYLA F.; MOURA, LIVIA M. S.; DA SILVA, AMANDA R.; ANTUNES, LUCIANA P.; DA SILVA, ALINE M.; SETUBAL, JOAO C.. Genome-Centric Analysis of a Thermophilic and Cellulolytic Bacterial Consortium Derived from Composting. FRONTIERS IN MICROBIOLOGY, v. 8, APR 19 2017. (13/05325-5)

Publicações acadêmicas

(Referências obtidas automaticamente das Instituições de Ensino e Pesquisa do Estado de São Paulo)

LEMOS, Leandro Nascimento. Reconstrução e análise de genomas de bactérias de compostagem a partir de dados metagenômicos. 2015. Dissertação de Mestrado - Universidade de São Paulo (USP). Instituto de Matemática e Estatística (IME/SBI) São Paulo.