Análise funcional de microRNAs no desenvolvimento cardíaco de peixes por RNA-seq e genética reversa

• Processo: 13/06864-7
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Doutorado
• Vigência (Início): 01 de julho de 2013
• Vigência (Término): 28 de fevereiro de 2017
• Área do conhecimento: Ciências Biológicas - Genética - Genética Animal
• Pesquisador responsável: Danillo Pinhal
• Beneficiário: Pedro Gabriel Nachtigall
• Instituição Sede: Instituto de Biociências (IBB). Universidade Estadual Paulista (UNESP). Campus de Botucatu. Botucatu , SP, Brasil
• Assunto(s): MicroRNAs Tilápia-do-Nilo Peixe-zebra Transcriptoma Coração
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: Coração | pequenos RNAs | RNAs não-codificadores | tilápia do Nilo | Transcriptoma | Zebrafish | Genética estrutural e funcional

Resumo

MicroRNAs (miRNAs) são pequenos RNAs não-codificadores que desempenham papel regulatório em plantas e animais. Essas moléculas atuam pós-transcricionalmente sobre o RNA mensageiro, inibindo a produção proteica. Nos vertebrados, a associação observada entre abundância e diversidade de miRNAs e complexidade do grupo taxonômico, tornaram os miRNAs elementos relevantes para investigações evolutivas. Além disso, miRNAs são reguladores-chave do desenvolvimento e manutenção de tecidos específicos, como o coração. Entretanto, a grande maioria de miRNAs avaliados funcionalmente no desenvolvimento cardíaco de vertebrados se restringe a aves e mamíferos. Em peixes, maior grupo de vertebrados viventes, apenas um pequeno número foi investigado quanto à composição e expressão de miRNAs no genoma. A utilização de espécies de peixes em estudos funcionais de miRNAs no desenvolvimento cardíaco é relevante, uma vez que as vias regulatórias do desenvolvimento cardíaco possuem um padrão ontogenético conservado em vertebrados. No presente projeto propõe-se o uso de RNA-seq para identificação e caracterização de miRNAs no desenvolvimento cardíaco das espécies de peixes zebrafish (Danio rerio) e tilápia do Nilo (Oreochromis niloticus). Ambas espécies tem sido amplamente utilizadas como modelo biológico e possuem o genoma completo sequenciado. Propõe-se também, a partir dos dados produzidos por RNA-seq, a realização de experimentos de genética reversa com a injeção de moléculas sintéticas que mimetizam ou bloqueiam a ação de miRNAs específicos para análise funcional no desenvolvimento cardíaco em peixes. A partir da integração dos dados funcionais gerados aos dados obtidos de outros vertebrados será possível identificar combinações de miRNAs e RNAs mensageiros alvo que estejam associados à evolução da complexidade cardíaca, bem como gerar subsídios para o uso de miRNAs como terapêuticos em doenças cardíacas. (AU)

Publicações científicas

(8)

(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)

NACHTIGALL, PEDRO G.; RODRIGUES-FILHO, LUIS F. S.; SODRE, DAVIDSON C. A.; VALLINOTO, MARCELO; PINHAL, DANILLO. A multiplex PCR approach for the molecular identification and conservation of the Critically Endangered daggernose shark. ENDANGERED SPECIES RESEARCH, v. 32, p. 169-175, 2017. (13/06864-7)

RIBEIRO, AMANDA OLIVEIRA; DE OLIVEIRA, ARTHUR CASULLI; COSTA, JULIANA MARA; NACHTIGALL, PEDRO GABRIEL; HERKENHOFF, MARCOS EDGAR; CAMPOS, VINICIUS FARIAS; DELELLA, FLAVIA KARINA; PINHAL, DANILLO. MicroRNA roles in regeneration: Multiple lessons from zebrafish. DEVELOPMENTAL DYNAMICS, SEP 2021. (14/03062-0, 13/06864-7, 18/14348-2, 18/05484-0, 19/15494-5)

NACHTIGALL, P. G.; LOBODA, T. S.; PINHAL, D.. Signatures of positive selection in the mitochondrial genome of neotropical freshwater stingrays provide clues about the transition from saltwater to freshwater environment. Molecular Genetics and Genomics, v. 298, n. 1, p. 13-pg., 2022-11-15. (13/06864-7, 12/02540-0)

HERKENHOFF, MARCOS E.; OLIVEIRA, ARTHUR C.; NACHTIGALL, PEDRO G.; COSTA, JULIANA M.; CAMPOS, VINICIUS F.; HILSDORF, ALEXANDRE W. S.; PINHAL, DANILLO. Fishing Into the MicroRNA Transcriptome. FRONTIERS IN GENETICS, v. 9, MAR 19 2018. (14/03062-0, 13/06864-7, 12/15589-7)

OLIVEIRA, ARTHUR C.; BOVOLENTA, LUIZ A.; NACHTIGALL, PEDRO G.; HERKENHOFF, MARCOS E.; LEMKE, NEY; PINHAL, DANILLO. Combining Results from Distinct MicroRNA Target Prediction Tools Enhances the Performance of Analyses. FRONTIERS IN GENETICS, v. 8, MAY 16 2017. (14/03062-0, 13/06864-7, 12/13450-1, 15/19176-7)

PINHAL, DANILLO; BOVOLENTA, LUIZ A.; MOXON, SIMON; OLIVEIRA, ARTHUR C.; NACHTIGALL, PEDRO G.; ACENCIO, MARCIO L.; PATTON, JAMES G.; HILSDORF, ALEXANDRE W. S.; LEMKE, NEY; MARTINS, CESAR. Genome-wide microRNA screening in Nile tilapia reveals pervasive isomiRs' transcription, sex-biased arm switching and increasing complexity of expression throughout development. SCIENTIFIC REPORTS, v. 8, MAY 29 2018. (12/13450-1, 12/15589-7, 15/16661-1, 15/19176-7, 11/06465-0, 13/06864-7)

NACHTIGALL, PEDRO G.; DIAS, MARCOS C.; CARVALHO, ROBSON F.; MARTINS, CESAR; PINHAL, DANILLO. MicroRNA-499 Expression Distinctively Correlates to Target Genes sox6 and rod1 Profiles to Resolve the Skeletal Muscle Phenotype in Nile Tilapia. PLoS One, v. 10, n. 3, MAR 20 2015. (11/06465-0, 13/06864-7, 12/15589-7)

NACHTIGALL, PEDRO G.; BOVOLENTA, LUIZ A.; PATTON, JAMES G.; FROMM, BASTIAN; LEMKE, NEY; PINHAL, DANILLO. A comparative analysis of heart microRNAs in vertebrates brings novel insights into the evolution of genetic regulatory networks. BMC Genomics, v. 22, n. 1, MAR 4 2021. (13/06864-7, 12/15589-7)

Publicações acadêmicas

(Referências obtidas automaticamente das Instituições de Ensino e Pesquisa do Estado de São Paulo)

NACHTIGALL, Pedro Gabriel. Genômica funcional de micrornas no coração de vertebrados: zebrafish como organismo modelo. 2017. Tese de Doutorado - Universidade Estadual Paulista (Unesp). Instituto de Biociências. Botucatu Botucatu.