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Análise funcional de microRNAs no desenvolvimento cardíaco de peixes por RNA-seq e genética reversa

Processo: 13/06864-7
Linha de fomento:Bolsas no Brasil - Doutorado
Vigência (Início): 01 de julho de 2013
Vigência (Término): 28 de fevereiro de 2017
Área do conhecimento:Ciências Biológicas - Genética - Genética Animal
Pesquisador responsável:Danillo Pinhal
Beneficiário:Pedro Gabriel Nachtigall
Instituição-sede: Instituto de Biociências (IBB). Universidade Estadual Paulista (UNESP). Campus de Botucatu. Botucatu , SP, Brasil
Assunto(s):MicroRNAs   Tilápia-do-Nilo   Peixe-zebra   Transcriptoma   Coração

Resumo

MicroRNAs (miRNAs) são pequenos RNAs não-codificadores que desempenham papel regulatório em plantas e animais. Essas moléculas atuam pós-transcricionalmente sobre o RNA mensageiro, inibindo a produção proteica. Nos vertebrados, a associação observada entre abundância e diversidade de miRNAs e complexidade do grupo taxonômico, tornaram os miRNAs elementos relevantes para investigações evolutivas. Além disso, miRNAs são reguladores-chave do desenvolvimento e manutenção de tecidos específicos, como o coração. Entretanto, a grande maioria de miRNAs avaliados funcionalmente no desenvolvimento cardíaco de vertebrados se restringe a aves e mamíferos. Em peixes, maior grupo de vertebrados viventes, apenas um pequeno número foi investigado quanto à composição e expressão de miRNAs no genoma. A utilização de espécies de peixes em estudos funcionais de miRNAs no desenvolvimento cardíaco é relevante, uma vez que as vias regulatórias do desenvolvimento cardíaco possuem um padrão ontogenético conservado em vertebrados. No presente projeto propõe-se o uso de RNA-seq para identificação e caracterização de miRNAs no desenvolvimento cardíaco das espécies de peixes zebrafish (Danio rerio) e tilápia do Nilo (Oreochromis niloticus). Ambas espécies tem sido amplamente utilizadas como modelo biológico e possuem o genoma completo sequenciado. Propõe-se também, a partir dos dados produzidos por RNA-seq, a realização de experimentos de genética reversa com a injeção de moléculas sintéticas que mimetizam ou bloqueiam a ação de miRNAs específicos para análise funcional no desenvolvimento cardíaco em peixes. A partir da integração dos dados funcionais gerados aos dados obtidos de outros vertebrados será possível identificar combinações de miRNAs e RNAs mensageiros alvo que estejam associados à evolução da complexidade cardíaca, bem como gerar subsídios para o uso de miRNAs como terapêuticos em doenças cardíacas. (AU)

Publicações científicas (5)
(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)
PINHAL, DANILLO; BOVOLENTA, LUIZ A.; MOXON, SIMON; OLIVEIRA, ARTHUR C.; NACHTIGALL, PEDRO G.; ACENCIO, MARCIO L.; PATTON, JAMES G.; HILSDORF, ALEXANDRE W. S.; LEMKE, NEY; MARTINS, CESAR. Genome-wide microRNA screening in Nile tilapia reveals pervasive isomiRs' transcription, sex-biased arm switching and increasing complexity of expression throughout development. SCIENTIFIC REPORTS, v. 8, MAY 29 2018. Citações Web of Science: 4.
HERKENHOFF, MARCOS E.; OLIVEIRA, ARTHUR C.; NACHTIGALL, PEDRO G.; COSTA, JULIANA M.; CAMPOS, VINICIUS F.; HILSDORF, ALEXANDRE W. S.; PINHAL, DANILLO. Fishing Into the MicroRNA Transcriptome. FRONTIERS IN GENETICS, v. 9, MAR 19 2018. Citações Web of Science: 6.
OLIVEIRA, ARTHUR C.; BOVOLENTA, LUIZ A.; NACHTIGALL, PEDRO G.; HERKENHOFF, MARCOS E.; LEMKE, NEY; PINHAL, DANILLO. Combining Results from Distinct MicroRNA Target Prediction Tools Enhances the Performance of Analyses. FRONTIERS IN GENETICS, v. 8, MAY 16 2017. Citações Web of Science: 8.
NACHTIGALL, PEDRO G.; RODRIGUES-FILHO, LUIS F. S.; SODRE, DAVIDSON C. A.; VALLINOTO, MARCELO; PINHAL, DANILLO. A multiplex PCR approach for the molecular identification and conservation of the Critically Endangered daggernose shark. ENDANGERED SPECIES RESEARCH, v. 32, p. 169-175, 2017. Citações Web of Science: 1.
NACHTIGALL, PEDRO G.; DIAS, MARCOS C.; CARVALHO, ROBSON F.; MARTINS, CESAR; PINHAL, DANILLO. MicroRNA-499 Expression Distinctively Correlates to Target Genes sox6 and rod1 Profiles to Resolve the Skeletal Muscle Phenotype in Nile Tilapia. PLoS One, v. 10, n. 3 MAR 20 2015. Citações Web of Science: 11.
Publicações acadêmicas
(Referências obtidas automaticamente das Instituições de Ensino e Pesquisa do Estado de São Paulo)
NACHTIGALL, Pedro Gabriel. Genômica funcional de micrornas no coração de vertebrados zebrafish como organismo modelo. 2017. Tese de Doutorado - Universidade Estadual Paulista "Júlio de Mesquita Filho" Instituto de Biociências (Campus de Botucatu)..

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