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Uso de Real Time PCR para quantificação polimorfismo derivados da inserção de retrotransposons em cultivares poliplóides modernas de cana de açúcar

Processo: 13/09391-2
Linha de fomento:Bolsas no Exterior - Estágio de Pesquisa - Pós-Doutorado
Vigência (Início): 12 de setembro de 2013
Vigência (Término): 11 de dezembro de 2013
Área do conhecimento:Ciências Biológicas - Genética - Genética Vegetal
Pesquisador responsável:Marie-Anne van Sluys
Beneficiário:Cushla J Metcalfe
Supervisor no Exterior: Karen Aitken
Instituição-sede: Instituto de Biociências (IB). Universidade de São Paulo (USP). São Paulo , SP, Brasil
Local de pesquisa : CSIRO Plant Industry, Austrália  
Vinculado à bolsa:09/09217-7 - Estudos sobre a organização do genoma de cana de açúcar e expressão gênica associada a presença de elementos de transposição, BP.PD
Assunto(s):Genética molecular   Reação em cadeia da polimerase em tempo real   Cana-de-açúcar

Resumo

A cana-de-açúcar é uma cultura importante tanto no Brasil quanto na Austrália. Cultivares modernas possuem genomas grandes e altamente poliplóides, estimando-se que eles possuem 8-10 alelos, dependendo do cultivar. Para a maioria dos cultivares, no entanto, o tamanho exato do genoma é desconhecido. Portanto, a cana-de-açúcar apresenta dificuldades particulares no desenvolvimento de marcadores para programas de melhoramento. O método de Polimorfismo de Inserção Baseado em Retrotransposição (RBIP) é um método baseado em PCR para determinar a presença de uma cópia específica de um retrotransposons-LTR (Repetição Terminal Longa) (um tipo de elemento transponível). Esta técnica tem sido utilizada com sucesso em outros genomas de gramíneas como um sistema de DNA marcador, mas, porque é baseado em PCR, podem ser utilizados somente em organismos diplóides. Nós temos desenvolvido um sistema baseado no método RBIP combinado com PCR quantitativa para estimar a proporção de alelos com os retrotransposons-LTR presente num determinado locus para criar um perfil de retrotransposon-LTR. Os estudos preliminares sugerem que os resultados são consistentes ao longo das 14-16 repetições, uma diferença de dez vezes no modelo, o que não dá resultados significativamente diferentes, e os padrões da razão entre o número de inserções em três loci é suficiente viável para distinguir diferentes cultivares. (AU)

Publicações científicas
(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)
METCALFE, CUSHLA J.; OLIVEIRA, SARAH G.; GAIARSA, JONAS W.; AITKEN, KAREN S.; CARNEIRO, MONALISA S.; ZATTI, FERNANDA; VAN SLUYS, MARIE-ANNE. Using quantitative PCR with retrotransposon-based insertion polymorphisms as markers in sugarcane. Journal of Experimental Botany, v. 66, n. 14, SI, p. 4239-4250, JUL 2015. Citações Web of Science: 4.

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