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Análise das variações no número de cópias no genoma de bovinos Nelore e suas associações com o perfil de ácidos graxos da carne

Processo: 13/11853-4
Linha de fomento:Bolsas no Brasil - Doutorado
Vigência (Início): 01 de setembro de 2013
Vigência (Término): 31 de maio de 2017
Área do conhecimento:Ciências Agrárias - Zootecnia - Genética e Melhoramento dos Animais Domésticos
Pesquisador responsável:Fernando Sebastián Baldi Rey
Beneficiário:Marcos Vinícius Antunes de Lemos
Instituição-sede: Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias (FCAV). Universidade Estadual Paulista (UNESP). Campus de Jaboticabal. Jaboticabal , SP, Brasil
Vinculado ao auxílio:11/21241-0 - Estudo da variabilidade genética do perfil de ácidos graxos da carne de bovinos da raça Nelore terminados em confinamento, AP.JP
Bolsa(s) vinculada(s):15/08798-7 - Estudo das vias metabólicas de genes associados ao perfil de ácidos graxos da carne de bovinos Nelore, BE.EP.DR
Assunto(s):Marcadores genéticos   Reação em cadeia da polimerase via transcriptase reversa quantitativa (qRT-PCR)   Seleção genômica   Qualidade da carne   Bovinos de corte

Resumo

Os ácidos graxos da carne bovina podem contribuir de forma prejudicial para a saúde humana e têm recebido considerável atenção nos últimos anos. Vários estudos, utilizando raças taurinas, mostraram a existência de variabilidade genética e, portanto, a possibilidade de melhoramento genético na composição de ácidos graxos em bovinos de corte. Contudo, ainda são escassos trabalhos deste tipo em raças zebuínas. Para este tipo de características a utilização de informações genômicas, por meio da chamada seleção genômica, que é um tipo de seleção assistida por marcadores, é recomendada. Uma fonte recentemente reconhecida de variação genômica estrutural chamada variação no número de copias (CNV: do inglês Copy number variation), está ganhando o interesse em estudos genômicos. O CNV é definido como um segmento de DNA que tem 1 kb ou mais de comprimento e está presente em um número de cópias variáveis em comparação com o genoma de referência. As informações obtidas nos arranjos de SNPs permitem que os CNVs sejam investigados em estudos de larga escala. O conhecimento da abundância e distribuição dos CNVs e de sua associação com fenótipos são de grande interesse. No entanto, até agora, relativamente poucos estudos têm investigado CNVs em bovinos. Em função do limitado número de estudos, e da implicância do perfil de ácidos graxos sobre a palatabilidade da carne e sobre a saúde humana, é primordial desenvolver trabalhos que utilizam informações genômica visando melhorar a composição de ácidos graxos em bovinos da raça Nelore. O objetivo do presente projeto é identificar e validar regiões no genôma de bovinos da raça Nelore que apresentam variações no número de cópias (CNV: Copy Number Variation) e associar estes CNV com o perfil de ácidos graxos da carne. Os objetivos específicos são: 1. Identificar regiões do genôma que apresentam variações no número de cópias a partir das informações genômicas obtidas no BovineSNP BeadChip (High-Density Bovine BeadChip); 2. Quantificar a frequência e distribuição do número de cópias no genôma de bovinos da raça Nelore; 3. Utilizar PCR em tempo real quantitativa (qPCR) para validar 10 CNVs; 4. Estudar a associação genética entre os CNVs com a composição de ácidos graxos na carne. Serão utilizados aproximadamente, entre 900 a 1.000 animais machos da raça Nelore terminados em confinamento (mínimo 90 dias) com idade ao redor de dois anos de idade. A partir da concentração dos ácidos graxos individuais, será calculada a proporção de ácidos graxos saturados, ácidos graxos monoinsaturados, ácidos graxos poliinsaturados, relação entre ácidos graxos poliinsaturados e ácidos graxos saturados, ácidos graxos da serie n-6, ácidos graxos da serie n-3, e relação n-6/n-3. Além disto, os índices de dessaturação (ID) (adição de uma ligação dupla) e alongamento (IE) (conversão das cadeias de 16 para 18 átomos de carbono) serão calculados. Na genotipagem dos animais será utilizado um painel com mais de 777.000 SNP do BovineSNP BeadChip. O processo de identificação dos CNVs será realizado através dos dados gerados pela genotipagem dos animais através do software GenomeStidio 1.0, o qual analisará cada SNP em particular. O algorítimo utilizado para a detecção de CNVs será o PennCNV. Será utilizado PCR em tempo real quantitativa (qPCR) para validar 10 CNVs detectados no estudo. Serão escolhidos 10 CNVs com maior associação com concentração de CLA (ácido linolêico conjugado). As análises de associação serão realizadas considerando os valores fenotípicos e os valores genéticos para os ácidos graxos considerados. A análise de associação ampla utilizando os valores fenotípicos será realizada através de um modelo geral linear. O modelo a ser utilizado incluirá o efeito fixo de grupo de contemporâneos, efeito fixo do estado do CNV e idade do animal no abate como cováriavel (efeito linear e quadrático). Na análise de associação utilizando os valores genéticos, o modelo a ser utilizado incluirá o efeito fixo do estado do CNV.

Publicações científicas
(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)
DE LEMOS, MARCOS VINICIUS ANTUNES; PERIPOLLI, ELISA; BERTON, MARIANA PIATTO; BRAGA FEITOSA, FABIELE LOISE; OLIVIERI, BIANCA FERREIRA; STAFUZZA, NEDENIA BONVINO; TONUSSI, RAFAEL LARA; KLUSKA, SABRINA; JUSTINO CHIAIA, HERMENEGILDO LUCAS; MUELLER, LENISE; FERRINHO, ADRIELLI MATHIAS; CRAVO PREREIRA, ANGELICA SIMONE; DE OLIVEIRA, HENRIQUE NUNES; DE ALBUQUERQUE, LUCIA GALVO; BALDI, FERNANDO. Association study between copy number variation and beef fatty acid profile of Nellore cattle. JOURNAL OF APPLIED GENETICS, v. 59, n. 2, p. 203-223, MAY 2018. Citações Web of Science: 4.

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