Filogeografia comparada de plantas na Amazônia Central

• Processo: 13/12633-8
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Pós-Doutorado
• Vigência (Início): 01 de outubro de 2013
• Vigência (Término): 23 de março de 2018
• Área do conhecimento: Ciências Biológicas - Genética - Genética Vegetal
• Pesquisador responsável: Lúcia Garcez Lohmann
• Beneficiário: Alison Gonçalves Nazareno
• Instituição Sede: Instituto de Biociências (IB). Universidade de São Paulo (USP). São Paulo , SP, Brasil
• Vinculado ao auxílio: 12/50260-6 - Estruturação e evolução da biota amazônica e seu ambiente: uma abordagem integrativa, AP.BTA.TEM
• Bolsa(s) vinculada(s): 17/02302-5 - Cruzando os rios amazônicos: um estudo comparativo entre plantas com distintas histórias de vida, BE.EP.PD 15/07141-4 - Testando a hipótese dos rios como barreira biogeográfica para espécies de plantas da Amazônia, BE.EP.PD
• Assunto(s): Sequenciamento de nova geração Estruturas genéticas Filogeografia Polimorfismo de um único nucleotídeo Amazônia
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: Estrutura Genética | RAD-seq | sequenciamento de nova geração | SNPs | Filogeografia

Resumo

A Amazônia representa um dos Biomas mais diversos no Planeta. Apesar disso, pouco ainda se sabe sobre os processos ecológicos e evolutivos que levaram às altas taxas de diversificação, manutenção e distribuição das espécies nesta região. Dada a magnitude deste Bioma, estudos de caso, como o de organismos que apresentam padrões de distribuição fragmentada, formando ilhas na paisagem, são ideais para testar hipóteses sobre os mecanismos ecológicos e evolutivos envolvidos na origem de distribuições disjuntas. O gênero Pagamea (Rubiaceae), por exemplo, apresenta espécies que se distribuem em habitats específicos (campinas e campinaranas) representando um excelente modelo para estudos populacionais. Usando a técnica de sequenciamento massivo de sequências associadas a sítios de restrição (RAD-seq, Restriction site Associated DNA sequencing) para identificar marcadores SNPs (Single Nucleotide Polimorphism), determinaremos a história filogeográfica de P. coriacea. Para elucidá-la, serão testadas as hipóteses associadas a grandes rios como possíveis barreiras geográficas, bem como hipóteses associadas ao papel da distribuição espacial das campinaranas de diferentes tamanhos e padrões de isolamento geográfico na diferenciação genética entre as populações de P. coriacea. O padrão e o tempo de divergência filogenética entre populações de P. coriacea também serão inferidos, explorando o potencial de diferenciação adaptativa. Este projeto de pesquisa está vinculado ao projeto "Estruturação e Evolução da Biota Amazônica e seu ambiente: Uma abordagem integrativa" (FAPESP: 2012/50260-6). (AU)

Publicações científicas

(10)

(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)

NAZARENO, ALISON G.; DICK, CHRISTOPHER W.; LOHMANN, LUCIA G.. Tangled banks: A landscape genomic evaluation of Wallace's Riverine barrier hypothesis for three Amazon plant species. Molecular Ecology, v. 28, n. 5, p. 980-997, MAR 2019. (12/50260-6, 13/12633-8, 17/02302-5, 15/07141-4)

BEYER, MAILA; NAZARENO, ALISON G.; LOHMANN, LUIA G.. USING GENOMIC DATA TO DEVELOP CHLOROPLAST DNA SSRS FOR THE NEOTROPICAL LIANA STIZOPHYLLUM RIPARIUM (BIGNONIEAE, BIGNONIACEAE). APPLICATIONS IN PLANT SCIENCES, v. 5, n. 10, OCT 2017. (12/50260-6, 13/12633-8)

NAZARENO, ALISON G.; DICK, CHRISTOPHER W.; LOHMANN, LUCIA G.. Wide but not impermeable: Testing the riverine barrier hypothesis for an Amazonian plant species. Molecular Ecology, v. 26, n. 14, p. 3636-3648, JUL 2017. (15/07141-4, 13/12633-8, 12/50260-6)

NAZARENO, ALISON G.; BEMMELS, JORDAN B.; DICK, CHRISTOPHER W.; LOHMANN, LUCIA G.. Minimum sample sizes for population genomics: an empirical study from an Amazonian plant species. MOLECULAR ECOLOGY RESOURCES, v. 17, n. 6, p. 1136-1147, NOV 2017. (15/07141-4, 13/12633-8, 12/50260-6)

NAZARENO, ALISON GONCALVES; CARLSEN, MONICA; LOHMANN, LUCIA GARCEZ. Complete Chloroplast Genome of Tanaecium tetragonolobum: The First Bignoniaceae Plastome. PLoS One, v. 10, n. 6, JUN 23 2015. (13/12633-8, 11/50859-2, 12/50260-6)

FRANCISCO, JESSICA N. C.; NAZARENO, ALISON G.; LOHMANN, LUCIA G.. A GENOMIC APPROACH FOR ISOLATING CHLOROPLAST MICROSATELLITE MARKERS FOR PACHYPTERA KERERE (BIGNONIACEAE). APPLICATIONS IN PLANT SCIENCES, v. 4, n. 9, SEP 2016. (13/12633-8, 12/50260-6, 11/50859-2)

FONSECA, LUIZ HENRIQUE M.; NAZARENO, ALISON G.; THODE, VERONICA A.; ZUNTINI, ALEXANDRE R.; LOHMANN, LUCIA G.. Putting small and big pieces together: a genome assembly approach reveals the largest Lamiid plastome in a woody vine. PeerJ, v. 10, p. 21-pg., 2022-04-07. (12/50260-6, 11/09160-5, 13/12633-8, 13/11706-1)

NAZARENO, ALISON G.; KNOWLES, L. LACEY; DICK, CHRISTOPHER W.; LOHMANN, LUCIA G.. By Animal, Water, or Wind: Can Dispersal Mode Predict Genetic Connectivity in Riverine Plant Species?. FRONTIERS IN PLANT SCIENCE, v. 12, FEB 12 2021. (15/07141-4, 12/50260-6, 13/12633-8, 17/02302-5)

NAZARENO, ALISON G.; DICK, CHRISTOPHER W.; LOHMANN, LUCIA G.. A Biogeographic Barrier Test Reveals a Strong Genetic Structure for a Canopy-Emergent Amazon Tree Species. SCIENTIFIC REPORTS, v. 9, DEC 9 2019. (15/07141-4, 17/02302-5, 13/12633-8, 12/50260-6)

BEYER, MAILA; NAZARENO, ALISON GONCALVEZ; LOHMANN, LUCIA G.. Development of nuclear microsatellite markers in Stizophyllum (Bignoniaceae) using next-generation sequencing. PLANT GENETIC RESOURCES-CHARACTERIZATION AND UTILIZATION, v. 17, n. 4, p. 382-385, AUG 2019. (13/12633-8, 12/50260-6)