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Associação genômica ampla (GWAS) aplicada a características reprodutivas de novilhas da raça Nelore

Processo: 13/12097-9
Linha de fomento:Bolsas no Brasil - Doutorado
Vigência (Início): 01 de dezembro de 2013
Vigência (Término): 31 de março de 2017
Área do conhecimento:Ciências Agrárias - Zootecnia - Genética e Melhoramento dos Animais Domésticos
Pesquisador responsável:José Bento Sterman Ferraz
Beneficiário:Gerson Antônio de Oliveira Júnior
Instituição-sede: Faculdade de Zootecnia e Engenharia de Alimentos (FZEA). Universidade de São Paulo (USP). Pirassununga , SP, Brasil
Vinculado ao auxílio:12/50533-2 - GIFT: melhoramento genômico de características relacionadas com a fertilização em gado bovino dinamarquês e brasileiro, AP.TEM
Bolsa(s) vinculada(s):14/26354-6 - Associação genômica ampla (GWAS) aplicada a características reprodutivas de novilhas da raça Nelore, BE.EP.DR
Assunto(s):Melhoramento genético   Melhoramento genético animal   Polimorfismo de um único nucleotídeo   DNA   Bovinos

Resumo

Características reprodutivas são de extrema importância dentro do sistema de produção pecuária, por influenciar a quantidade de animais que serão destinados ao mercado e o intervalo de gerações da população, além do ganho genético/ano. No entanto, identificar esses animais mais precoces é, geralmente, um processo complicado, dado a complexidade que envolve essas características. Os avanços alcançados na área da genômica nos últimos anos possibilitam, hoje, estudos de identificação e caracterização de genes ou marcadores de genes que influenciam características poligênicas nos animais domésticos. A identificação de marcadores do tipo SNP, que apresentem associação importante com características reprodutivas traria importante contribuição para a seleção das mesmas. O objetivo do trabalho será desenvolver estudos de associação genômica ampla (GWAS) visando estudar efeitos de substituição alélica e também identificar regiões no genoma associadas com a precocidade sexual e a produtividade de vacas na raça Nelore. O experimento será conduzido junto ao Grupo de Melhoramento Genético Animal e Biotecnologia (GMAB) da Faculdade de Zootecnia e Engenharia de Alimentos da Universidade de São Paulo (FZEA/USP). O banco de dados será formado por 1.500 fêmeas da raça Nelore de, no mínimo, três diferentes populações. As análises de GWAS serão realizadas com auxilio das ferramentas bioestatísticas PLINK e GenABEL, sendo que os efeitos de substituição alélica serão preditos por diferentes métodos estatísticos (RRBLUP, GBLUP, Bayes A, B, R), visando verificar o método de melhor ajuste.

Publicações científicas
(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)
OLIVEIRA JUNIOR, GERSON A.; SANTOS, DANIEL J. A.; CESAR, ALINE S. M.; BOISON, SOLOMON A.; VENTURA, RICARDO V.; PEREZ, BRUNO C.; GARCIA, JOSE F.; FERRAZ, JOSE BENTO S.; GARRICK, DORIAN J. Fine mapping of genomic regions associated with female fertility in Nellore beef cattle based on sequence variants from segregating sires. JOURNAL OF ANIMAL SCIENCE AND BIOTECHNOLOGY, v. 10, n. 1 DEC 16 2019. Citações Web of Science: 0.
OLIVEIRA JUNIOR, GERSON A.; CHUD, TATIANE C. S.; VENTURA, RICARDO V.; GARRICK, DORIAN J.; COLE, JOHN B.; MUNARI, DANISIO P.; FERRAZ, JOSE B. S.; MULLART, ERIK; DENISE, SUE; SMITH, SHANNON; DA SILVA, MARCOS VINICIUS G. B. Genotype imputation in a tropical crossbred dairy cattle population. JOURNAL OF DAIRY SCIENCE, v. 100, n. 12, p. 9623-9634, DEC 2017. Citações Web of Science: 1.
OLIVEIRA JUNIOR, G. A.; PEREZ, B. C.; COLE, J. B.; SANTANA, M. H. A.; SILVEIRA, J.; MAZZONI, G.; VENTURA, R. V.; SANTANA JUNIOR, M. L.; KADARMIDEEN, H. N.; GARRICK, D. J.; FERRAZ, J. B. S. Genomic study and Medical Subject Headings enrichment analysis of early pregnancy rate and antral follicle numbers in Nelore heifers. JOURNAL OF ANIMAL SCIENCE, v. 95, n. 11, p. 4796-4812, NOV 2017. Citações Web of Science: 8.

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