Sequenciamento do genoma da serpente Bothrops jararaca para caracterização da estrutura gênica de toxinas e seus elementos regulatórios

• Processo: 13/07974-0
• Linha de fomento: Bolsas no Brasil - Doutorado
• Vigência (Início): 01 de novembro de 2013
• Vigência (Término): 31 de agosto de 2016
• Área do conhecimento: Ciências Biológicas - Bioquímica - Biologia Molecular
• Pesquisador responsável: Inácio de Loiola Meirelles Junqueira de Azevedo
• Beneficiário: Diego Dantas Almeida
• Instituição-sede: Instituto Butantan. Secretaria da Saúde (São Paulo - Estado). São Paulo , SP, Brasil
• Vinculado ao auxílio: 13/07467-1 - CeTICS - Centro de Toxinas, Imuno-Resposta e Sinalização Celular, AP.CEPID
• Assunto(s): Bothrops jararaca Genomas Análise de sequência de DNA Venenos de serpentes

Resumo

A maioria dos estudos envolvendo venenos de serpentes baseou-se em abordagens como a Bioquímica tradicional e a Biologia Molecular, contribuindo para diversos campos das ciências biológicas. As técnicas de caracterização global, como a proteômica e a transcriptômica, enriqueceram este conhecimento ao indicar a complexa organização gênica das famílias de toxina e a presença de processos evolutivos moleculares importantes, como evolução acelerada, exon shuffling, convergência funcional, retrotransposição, etc. Surpreendentemente, apesar de todo o conhecimento adquirido, a base molecular dos genomas das serpentes é pouquíssimo conhecida. Mesmo na Era do Sequenciamento de Nova Geração (NGS), nenhum genoma de serpente venenosa, brasileira ou não, foi resolvido. Além disso, o grupo "Squamata" (cobras e lagartos) mantém-se particularmente pouco explorado quando comparado aos diversos outros grupos de vertebrados. Este projeto tem como objetivo realizar o sequenciamento com alta cobertura do genoma da serpente Bothrops jararaca - a espécie de maior importância médica no Brasil. Para tanto, devemos primeiro construir bibliotecas tipo shotgun e mate-pair para realizar corridas de Sequenciamento de Nova Geração (NGS) usando a tecnologia Illumina. As bibliotecas mate-pair serão construídas usando fragmentos de diferentes tamanhos visando um melhor mapeamento, conforme demonstrado para a resolução de genomas de outros vertebrados. Sequências complementares mais longas (> 400pb) serão obtidas pela tecnologia 454 em equipamento Roche-GSFLX. Bibliotecas em BAC também serão construídas e sequenciadas em um equipamento 454-GSJunior, a fim de se obter segmentos mais longos e contínuos do genoma. Esses BACs poderão ser escolhidos de forma aleatória ou selecionados com sondas contra cDNAs de toxinas de interesse. Todas as sequências geradas serão montadas para produzir contigs e scaffolds do genoma. Esses permitirão que obtenhamos um grande conjunto de segmentos genômicos que poderão ser selecionados in silico. Com isso, esperamos identificar e caracterizar genes de toxinas, genes envolvidos na produção e secreção do veneno, elementos retrotransponíveis e outros elementos relevantes para a evolução do sistema venenífero. (AU)

Publicações científicas

(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)

ALMEIDA, DIEGO DANTAS; KITAJIMA, JOAO PAULO; NISHIYAMA, JR., MILTON YUTAKA; CONDOMITTI, GEORGE WILLIAN; DE OLIVEIRA, URSULA CASTRO; SETUBAL, JOAO CARLOS; JUNQUEIRA-DE-AZEVEDO, INACIO L. M. The complete mitochondrial genome of Bothrops jararaca (Reptilia, Serpentes, Viperidae). MITOCHONDRIAL DNA PART B-RESOURCES, v. 1, p. 907-908, 2016. Citações Web of Science: 0.

Publicações acadêmicas

(Referências obtidas automaticamente das Instituições de Ensino e Pesquisa do Estado de São Paulo)

ALMEIDA, Diego Dantas. Sequenciamento do genoma da serpente Bothrops jararaca para caracterização da estrutura gênica de toxinas.. 2016. Tese de Doutorado - Universidade de São Paulo (USP). Instituto de Ciências Biomédicas (ICB/SDI) São Paulo.