Análise da expressão de genes HLA e caracterização da base genética do controle de expressão gênica

• Processo: 13/22007-7
• Modalidade de apoio: Bolsas no Exterior - Pesquisa
• Vigência (Início): 21 de outubro de 2013
• Vigência (Término): 20 de fevereiro de 2014
• Área do conhecimento: Ciências Biológicas - Genética - Genética Humana e Médica
• Pesquisador responsável: Diogo Meyer
• Beneficiário: Diogo Meyer
• Pesquisador Anfitrião: Emmanouil Dermitzakis
• Instituição Sede: Instituto de Biociências (IB). Universidade de São Paulo (USP). São Paulo , SP, Brasil
• Local de pesquisa: Université de Genève, Suíça
• Assunto(s): Genética populacional Genômica funcional Genes classe I do complexo de histocompatibilidade (MHC) Expressão gênica Análise de sequência de RNA
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: genes HLA | Genômica Evolutiva | Genômica Funcional | RNAseq | Genética de Populações

Resumo

Genes clássicos de classe I e II do complexo principal de histcompatibilidade de humanos, os genes HLA, são altamente polimórficos e há um corpo substancial de resultados que documentam o fato deles terem sido alvos de seleção balanceadora. Estudos evolutivos sobre genes HLA tem focado no modo como a variação codificadora não sinônima, que altera a sua sequência de DNA e consequentemente a proteína, e alvo da seleção natural. Entretanto, há comparativamente menos compreensão sobre como os perfis de expressão desses genes variam entre indivíduos, populações ou tecidos. Além disso, os estudos evolutivos não incorporaram o efeito da expressão dos alelos em suas análises. No presente estudo proponho estabelecer uma metodologia de quantificação da expressão de genes HLA usando o método de RNAseq. Esse método constitui a forma mais confiável de estimar a abundância de transcritos obtidos de um tecido. A principal dificuldade metodológica na aplicação do RNAseq aos genes HLA consiste no mapeamento de transcritos ao genoma referência, uma vez que o alto nível de polimorfismo desses genes resulta em uma grande divergência entre os alelos que um indivíduo possui e a sequência do genoma referência. Proponho abordagens especificas para enfrentar essa dificuldade, viabilizando a estimativa da expressão desses genes. De posse de estimativas de expressão dos genes HLA, será viável mapear loci correlacionados com a sua expressão (expression quantitative trait loci, eQTLs), compreender melhor a arquitetura genética subjacente a regulação da expressão desses genes. (AU)

Publicações científicas

(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)

AGUIAR, VITOR R. C.; CESAR, JONATAS; DELANEAU, OLIVIER; DERMITZAKIS, EMMANOUIL T.; MEYER, DIOGO. Expression estimation and eQTL mapping for HLA genes with a personalized pipeline. PLOS GENETICS, v. 15, n. 4, APR 2019. (12/18010-0, 15/19990-6, 16/24734-1, 13/22007-7, 14/12123-2)