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Análise integrativa de expressão diferencial de genes para elucidar mecanismos moleculares que controlam a maciez da carne no gado Nelore

Processo: 13/26121-9
Linha de fomento:Bolsas no Exterior - Estágio de Pesquisa - Mestrado
Vigência (Início): 01 de março de 2014
Vigência (Término): 30 de junho de 2014
Área do conhecimento:Ciências Agrárias - Zootecnia - Genética e Melhoramento dos Animais Domésticos
Pesquisador responsável:Luiz Lehmann Coutinho
Beneficiário:Tassia Mangetti Gonçalves
Supervisor no Exterior: James M. Reecy
Instituição-sede: Escola Superior de Agricultura Luiz de Queiroz (ESALQ). Universidade de São Paulo (USP). Piracicaba , SP, Brasil
Local de pesquisa : Iowa State University, Estados Unidos  
Vinculado à bolsa:12/23934-6 - Expressão diferencial de genes relacionados com maciez da carne em bovinos da raça nelore., BP.MS
Assunto(s):Biologia computacional   Biologia de sistemas   Conectividade   Expressão gênica diferencial   Maciez da carne   Gado Nelore

Resumo

Estudos de biologia de sistemas têm sido realizados em conjunto com a análise da expressão gênica para o aprofundamento das interações dinâmicas que ocorrem entre genes. O grande número de diferentes processos celulares pode estar recebendo uma abordagem reducionista por ter deficiências em análises que dificultam a interpretação de muitos genes e sua diferença na conectividade. Muitos pesquisadores têm desenvolvido programas que analisam redes complexas para uma melhor compreensão da biologia de sistemas. Para entender o processo biológico de maciez da carne, a análise integrativa é vantajosa para ajudar a desvendar a utilidade de todos os genes identificados na pesquisa. A proposta deste projeto é fazer uma abordagem de integração de redes que geram uma série de possíveis modelos que explicam a atividade de regulação da transcrição. Portanto, um dos métodos que serão utilizados é baseado no estudo de fatores de transcrição (FT), que desempenham um papel regulador importante no controle da expressão do genica, mostram a média absoluta da correlação da co-expressão de todos os genes. O algoritmo de fator de impacto regulatório (RIF) será utilizado para o estudo da ativação funcional dos FT. Outro método mais sensível que vai mostrar a diferença no comportamento ou co-expressão específica entre pares de genes e fará a quantificação de conectividade da expressão diferencial é o PCIT (Teoria da informação da correlação parcial). Também será analisada a importância de cada gene diferencialmente expresso no fenótipo na mudança do fator de impacto fenotípico (PIF). Todos estes estudos nos ajudará a elucidar o processo de maciez da carne. (AU)

Publicações científicas
(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)
GONCALVES, TASSIA MANGETTI; DE ALMEIDA REGITANO, LUCIANA CORREIA; KOLTES, JAMES E.; MELLO CESAR, ALINE SILVA; DA SILVA ANDRADE, SONIA CRISTINA; MOURAO, GERSON BARRETO; GASPARIN, GUSTAVO; MONTEIRO MOREIRA, GABRIEL COSTA; FRITZ-WATERS, ELYN; REECY, JAMES M.; COUTINHO, LUIZ LEHMANN. Gene Co-expression Analysis Indicates Potential Pathways and Regulators of Beef Tenderness in Nellore Cattle. FRONTIERS IN GENETICS, v. 9, OCT 5 2018. Citações Web of Science: 4.

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