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Genotipagem do Paracoccidioides brasiliensis de diferentes amostras de pacientes atendidos no Hospital das Clínicas da Faculdade de Medicina de Botucatu

Processo: 13/24877-9
Linha de fomento:Bolsas no Brasil - Doutorado
Vigência (Início): 01 de março de 2014
Vigência (Término): 28 de fevereiro de 2018
Área do conhecimento:Ciências Biológicas - Genética - Genética Molecular e de Microorganismos
Pesquisador responsável:Luciane Alarcão Dias-Melicio
Beneficiário:Luciana Bonome Zeminian de Oliveira
Instituição-sede: Faculdade de Medicina (FMB). Universidade Estadual Paulista (UNESP). Campus de Botucatu. Botucatu , SP, Brasil
Assunto(s):Paracoccidioidomicose   Técnicas de genotipagem   Paracoccidioides brasiliensis

Resumo

A paracoccidioidomicose a é uma infecção fúngica sistêmica e seu agente etiológico é o Paracoccidioides brasiliensis (P. brasiliensis). Através da análise por concordância de genealogia de genes foi possível detectar essas três espécies crípticas: S1, PS2, e PS3. A partir de análises filogenéticas de multilocus, demonstraram a existência de um grupo geneticamente bastante divergente de isolados de P. brasiliensis do complexo S1, PS2 e PS3, o Pb01-like, proveniente da região centro-oeste do Brasil que constitui na verdade uma quarta espécie críptica, o Paracoccidioides lutzii. A genotipagem de amostras clínicas do gênero Paracoccidoides pode contribuir para estudos epidemiológicos e clínicos da Paracoccidioidomicose. Dessa forma, com todo conhecimento acumulado até agora, torna-se extremamente interessante a avaliação das diferentes espécies em amostras coletadas de pacientes atendidos no Hospital das Clínicas da Faculdade de Medicina de Botucatu. Este estudo tem como objetivo geral a avaliação da especiação do Paracoccidioides em amostras de tecidos incluídas em parafina de pacientes atendidos na Faculdade de Medicina de Botucatu, UNESP - Campus Botucatu. Para esse fim, propomos a extração de DNA das amostras incluídas em parafina e em seguida, uma reação de NESTED PCR e sequenciamento da região ITS do Paracoccidioides para diferenciar P. brasiliensis de P. lutzii. Então para a especiação dos isolados S1, PS2 e PS3 propomos uma reação de PCR Real Time pelo método Taqman dos genes gp43 e ARF e um posterior sequenciamento das mesmas regiões para confirmação dos dados. As sequências serão analisadas e alinhadas com o programa MEGA 5.2 (Kumar et al, 2012) usando o algoritmo de alinhamento MUSCLE (Edgar, 2004). As sequências serão comparadas com as sequências depositadas no GenBank. Será calculado o melhor modelo evolutivo para as sequências e construídas árvores filogenéticas pelos métodos de NeighborJoining, Máxima Parcimônia e Máxima verossimilhança, utilizando como método de suporte estatístico 1000 réplicas de bootstrap.

Publicações acadêmicas
(Referências obtidas automaticamente das Instituições de Ensino e Pesquisa do Estado de São Paulo)
OLIVEIRA, Luciana Bonome Zeminian de. Genotipagem do Paracoccidioides brasiliensis de diferentes amostras de pacientes atendidos no Hospital das Clínicas da Faculdade de Medicina de Botucatu. 2018. Tese de Doutorado - Universidade Estadual Paulista "Júlio de Mesquita Filho" Faculdade de Medicina..

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