Análise de CNVs em pacientes com Lúpus Eritematoso Sistêmico

• Processo: 13/17062-9
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Doutorado
• Data de Início da vigência: 01 de fevereiro de 2014
• Data de Término da vigência: 20 de julho de 2017
• Área de conhecimento: Ciências Biológicas - Genética - Genética Humana e Médica
• Pesquisador responsável: Aguinaldo Luiz Simões
• Beneficiário: Fernanda Bueno Barbosa
• Instituição Sede: Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto (FMRP). Universidade de São Paulo (USP). Ribeirão Preto , SP, Brasil
• Bolsa(s) vinculada(s): 16/10306-8 - Impacto da variação do número de cópias do gene C4 na susceptibilidade ao lúpus eritematoso sistêmico, BE.EP.DR
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: Copy number variations | CytoScan HD array | Deleções | Duplicações | Les | Variação estrutural do DNA | Variação no número de cópias (CNVs)

Resumo

Os avanços nas técnicas moleculares de identificação do DNA permitiram a detecção de um importante tipo de variação genômica chamado copy number variations (CNVs). CNVs são definidas como segmentos genômicos, geralmente maiores do que 1 kb, que variam no número de cópias quando comparadas ao genoma de referência e podem contribuir para a variabilidade do risco entre indivíduos na etiologia de doenças complexas. O Lúpus Eritematoso Sistêmico (LES) é uma doença autoimune com forte componente genético, caracterizada por inflamação crônica e produção de autoanticorpos. Estudos de associação genômica em larga escala (GWAS) identificaram vários loci associados ao LES que contribuem para a susceptibilidade à patogênese, entretanto existem poucas pesquisas sobre CNVs em larga escala em pacientes com LES. Nesse sentido, concluímos recentemente projeto piloto destinado a avaliar a distribuição de CNVs em pacientes com LES, o que se constituiu, até então, no primeiro estudo de CNVs em larga escala em LES. O objetivo desta proposta consiste em dar seguimento ao estudo iniciado, incluindo grupo controle e ampliando adequadamente o número de pacientes. A detecção de CNVs será por hibridação genômica em arrays (aGH), plataforma Affymetrix® CytoScan" HD. As CNVs mais relevantes serão validadas em maior grupo amostral por PCR em tempo real. A infraestrutura laboratorial necessária encontra-se disponível na UNICAMP e no Laboratório Nacional de Luz Síncrotron (Campinas, SP) centros com os quais mantemos colaboração estabelecida. Os resultados esperados contribuirão para o entendimento da etiologia do LES e que permitirão conclusões aplicadas não só ao LES, mas com reflexos mais amplos sobre a compreensão das bases genéticas dos fenótipos autoimunes.

Publicações científicas

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(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)

BARBOSA, FERNANDA BUENO; SIMIONI, MILENA; VIEIRA WIEZEL, CLAUDIA EMILIA; TORRES, FABIO ROSSI; MOLCK, MIRIAM COELHO; BONILLA, MELVIN M.; DE ARAUJO, TABIA KAWASAKI; DONADI, EDUARDO ANTONIO; GIL-DA-SILVA-LOPES, VERA LUCIA; LEMOS, BERNARDO; et al. Copy number variation in the susceptibility to systemic lupus erythematosus. PLoS One, v. 13, n. 11, NOV 28 2018. (11/23794-7, 13/17062-9, 16/10306-8)

BARBOSA, FERNANDA B.; CAGNIN, NATALIA F.; SIMIONI, MILENA; FARIAS, ALLYSSON A.; TORRES, FABIO R.; MOLCK, MIRIAM C.; ARAUJO, TANIA K.; GIL-DA-SILVA-LOPES, VERA L.; DONADI, EDUARDO A.; SIMOES, AGUINALDO L.. Ancestry Informative Marker Panel to Estimate Population Stratification Using Genome-wide Human Array. ANNALS OF HUMAN GENETICS, v. 81, n. 6, p. 225-233, NOV 2017. (11/23794-7, 13/17062-9)

BARBOSA, FERNANDA BUENO; SIMIONI, MILENA; TORRES, FABIO ROSSI; DONADI, EDUARDO ANTONIO; GIL-DA-SILVA-LOPES, VERA LUCIA; SIMOES, AGUINALDO LUIZ. Copy-neutral loss of heterozygosity pattern in systemic lupus erythematosus. Chromosome Research, v. 23, p. 1-pg., 2015-06-01. (13/17062-9, 11/23794-7)

BARBOSA, F. B.; SIMIONI, M.; BONILLA, M. M.; TORRES, F. R.; MOLCK, M. C.; ARAUJO, T. K.; DONADI, E. A.; GIL-DA-SILVA-LOPES, V. L.; LEMOS, B.; SIMOES, A. L.. Rare copy number variations in patients with systemic lupus erythematosus. European Journal of Human Genetics, v. 26, p. 1-pg., 2018-10-01. (13/17062-9, 11/23794-7, 16/10306-8)

Publicações acadêmicas

(Referências obtidas automaticamente das Instituições de Ensino e Pesquisa do Estado de São Paulo)

BARBOSA, Fernanda Bueno. Perfil de variação no número de cópias do DNA e regiões de perda de heterozigose na susceptibilidade ao lúpus eritematoso sistêmico. 2017. Tese de Doutorado - Universidade de São Paulo (USP). Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto (PCARP/BC) Ribeirão Preto.