Identificação de CNVs no genoma de bovinos da raça Nelore e suas associações com m...
- Auxílios pontuais (curta duração)
| Processo: | 14/01438-2 |
| Linha de fomento: | Bolsas no Exterior - Estágio de Pesquisa - Mestrado |
| Vigência (Início): | 01 de abril de 2014 |
| Vigência (Término): | 30 de setembro de 2014 |
| Área do conhecimento: | Ciências Agrárias - Zootecnia - Genética e Melhoramento dos Animais Domésticos |
| Pesquisador responsável: | Luiz Lehmann Coutinho |
| Beneficiário: | Vinicius Henrique da Silva |
| Supervisor no Exterior: | Ralf Zimmer |
| Instituição-sede: | Escola Superior de Agricultura Luiz de Queiroz (ESALQ). Universidade de São Paulo (USP). Piracicaba , SP, Brasil |
| Local de pesquisa : | Ludwig Maximilian University of Munich (LMU Munich), Alemanha |
| Vinculado à bolsa: | 12/23717-5 - Identificação de CNVs no genoma de bovinos da raça Nelore e suas associações com maciez da carne, BP.MS |
| Assunto(s): | Biotecnologia Análise de sequência de RNA Bovinos Gado Bovinos de corte Qualidade da carne Variações do número de cópias de DNA |
Resumo O Brasil possui o maior rebanho bovino comercial do mundo ocupando a primeira posição na exportação de carne. Cerca de 80% do rebanho brasileiro é composto de raças zebuínas (Bos taurus indicus). No território brasileiro a raça Nelore representa 90% das raças zebuínas, mostrando grande representatividade e capacidade de adaptação. Esta grande capacidade de adaptação ao clima tropical brasileiro, no entanto, não está associada a uma elevada maciez da carne. Para investigar os parâmetros genéticos de influência o projeto "Bases moleculares da qualidade da carne em bovinos da raça Nelore" foi lançado pela Empresa Brasileira de pesquisa agropecuária (EMBRAPA - Pecuária Sudeste), em colaboração com a Universidade de São Paulo - Escola Superior de Agricultura Luiz de Queiroz (USP - ESALQ). Uma importante fonte genética de variação fenotípica investigada no projeto é denominada copy number variation (CNV), a qual representa o desvio do número normal de cópias em certos intervalos genômicos. Anteriormente, a genotipagem de uma população Nelore de aproximadamente 800 animais identificou mais de 2000 regiões de variação do número de cópia (CNVRs). Destas, dez CNVRs sobrepostas a SNPs (single nucleotide polymorphism) associados à maciez da carne foram também analisadas por qPCR. Paralelamente, 40 animais da população (800 genotipados) foram submetidos à análise do transcriptoma usando sequenciamento de última geração (RNA -seq). No presente trabalho, pretende-se combinar as CNVRs e os dados de expressão gênica para identificar genes diferencialmente expressos entre diferentes genótipos nas CNVRs. Além disso, objetiva-se analisar se os genes diferencialmente expressos que compartilham funções similares ou pertencem a vias metabólicas semelhantes usando o state-of- the-art das abordagens de enriquecimento. Este processo irá melhorar substancialmente a interpretação biológica das CNVRs permitindo a identificação de importante regiões candidatas à maciez da carne. (AU) | |