Vias metabólicas e maciez da carne: de CNVs a expressão gênica em bovinos da raça Nelore

• Processo: 14/01438-2
• Linha de fomento: Bolsas no Exterior - Estágio de Pesquisa - Mestrado
• Vigência (Início): 01 de abril de 2014
• Vigência (Término): 30 de setembro de 2014
• Área do conhecimento: Ciências Agrárias - Zootecnia - Genética e Melhoramento dos Animais Domésticos
• Pesquisador responsável: Luiz Lehmann Coutinho
• Beneficiário: Vinicius Henrique da Silva
• Supervisor no Exterior: Ralf Zimmer
• Instituição-sede: Escola Superior de Agricultura Luiz de Queiroz (ESALQ). Universidade de São Paulo (USP). Piracicaba , SP, Brasil
• Local de pesquisa: Ludwig Maximilian University of Munich (LMU Munich), Alemanha
• Vinculado à bolsa: 12/23717-5 - Identificação de CNVs no genoma de bovinos da raça Nelore e suas associações com maciez da carne, BP.MS
• Assunto(s): Biotecnologia Gado Bovinos de corte Qualidade da carne Variações do número de cópias de DNA

Resumo

O Brasil possui o maior rebanho bovino comercial do mundo ocupando a primeira posição na exportação de carne. Cerca de 80% do rebanho brasileiro é composto de raças zebuínas (Bos taurus indicus). No território brasileiro a raça Nelore representa 90% das raças zebuínas, mostrando grande representatividade e capacidade de adaptação. Esta grande capacidade de adaptação ao clima tropical brasileiro, no entanto, não está associada a uma elevada maciez da carne. Para investigar os parâmetros genéticos de influência o projeto "Bases moleculares da qualidade da carne em bovinos da raça Nelore" foi lançado pela Empresa Brasileira de pesquisa agropecuária (EMBRAPA - Pecuária Sudeste), em colaboração com a Universidade de São Paulo - Escola Superior de Agricultura Luiz de Queiroz (USP - ESALQ). Uma importante fonte genética de variação fenotípica investigada no projeto é denominada copy number variation (CNV), a qual representa o desvio do número normal de cópias em certos intervalos genômicos. Anteriormente, a genotipagem de uma população Nelore de aproximadamente 800 animais identificou mais de 2000 regiões de variação do número de cópia (CNVRs). Destas, dez CNVRs sobrepostas a SNPs (single nucleotide polymorphism) associados à maciez da carne foram também analisadas por qPCR. Paralelamente, 40 animais da população (800 genotipados) foram submetidos à análise do transcriptoma usando sequenciamento de última geração (RNA -seq). No presente trabalho, pretende-se combinar as CNVRs e os dados de expressão gênica para identificar genes diferencialmente expressos entre diferentes genótipos nas CNVRs. Além disso, objetiva-se analisar se os genes diferencialmente expressos que compartilham funções similares ou pertencem a vias metabólicas semelhantes usando o state-of- the-art das abordagens de enriquecimento. Este processo irá melhorar substancialmente a interpretação biológica das CNVRs permitindo a identificação de importante regiões candidatas à maciez da carne. (AU)

Publicações científicas

(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)

GEISTLINGER, LUDWIG; DA SILVA, VINICIUS HENRIQUE; MELLO CESAR, ALINE SILVA; TIZIOTO, POLYANA CRISTINE; WALDRON, LEVI; ZIMMER, RALF; DE ALMEIDA REGITANO, LUCIANA CORREIA; COUTINHO, LUIZ LEHMANN. Widespread modulation of gene expression by copy number variation in skeletal muscle. SCIENTIFIC REPORTS, v. 8, JAN 23 2018. (16/11775-1, 14/01438-2, 12/23638-8)

DA SILVA, VINICIUS HENRIQUE; DE ALMEIDA REGITANO, LUCIANA CORREIA; GEISTLINGER, LUDWIG; PERTILLE, FABIO; GIACHETTO, POLIANA FERNANDA; BRASSALOTI, RICARDO AUGUSTO; MOROSINI, NATALIA SILVA; ZIMMER, RALF; COUTINHO, LUIZ LEHMANN. Genome-Wide Detection of CNVs and Their Association with Meat Tenderness in Nelore Cattle. PLoS One, v. 11, n. 6, JUN 27 2016. (12/23638-8, 14/01438-2, 12/23717-5)