Efeito da utilização de diferentes critérios de controle de qualidade dos genótipos em estudos de associação e seleção genômica ampla

• Processo: 13/26264-4
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Mestrado
• Vigência (Início): 01 de abril de 2014
• Vigência (Término): 31 de julho de 2015
• Área do conhecimento: Ciências Agrárias - Zootecnia - Genética e Melhoramento dos Animais Domésticos
• Pesquisador responsável: Lucia Galvão de Albuquerque
• Beneficiário: Tiago Bresolin
• Instituição Sede: Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias (FCAV). Universidade Estadual Paulista (UNESP). Campus de Jaboticabal. Jaboticabal , SP, Brasil
• Vinculado ao auxílio: 09/16118-5 - Ferramentas genômicas no melhoramento genético de características de importância econômica direta em bovinos da raça Nelore, AP.TEM
• Bolsa(s) vinculada(s): 14/14431-6 - Efeito dos diferentes critérios de controle de qualidade dos genótipos em estudos de associação genômica ampla, BE.EP.MS
• Assunto(s): Bovinos de corte Seleção genômica Marcador molecular Polimorfismo de um único nucleotídeo
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: Análise genômica | Bayes Cpi | Bovinos de corte | Gblup | marcadores moleculares | Snp | Seleção Genômica

Resumo

A partir do sequenciamento do genoma bovino, um grande número de ferramentas genômicas tornou-se disponível devido ao rápido avanço da tecnologia de marcadores de DNA. Com isso, foi proposta uma variação da seleção assistida por marcadores, chamada de seleção genômica, que utiliza informações de marcadores de polimorfismos de base única (SNPs) distribuídos por todo o genoma. Assim, chips de alta densidade foram desenvolvidos, onde os genótipos são lidos a partir da intensidade de sinal dos "spots". Porém, muitos fatores podem afetar a leitura dos genótipos e erros podem ocorrer na genotipagem de alguns SNPs e amostras, podendo levar a sub ou superestimação dos efeitos dos SNPs. No entanto, é possível remover esses erros de genotipagem utilizando alguns critérios de exclusão durante o controle de qualidade. Contudo, ainda existem divergências para os valores de limiares de exclusão atribuídos para cada um desses critérios e se existe ou não efeitos desses diferentes valores atribuídos sobre as análises genômicas. Objetiva-se com este projeto avaliar o efeito dos diferentes critérios de controle de qualidade dos genótipos, em estudos de associação e seleção genômica ampla, em bovinos da raça Nelore, buscando definir critérios de edição adequados. Para isso serão utilizadas informações fenotípicas, genotípicas e de pedigree provenientes de fazendas que integram os programas de melhoramento genético da DeltaGen, Nelore Qualitas e CRV Paint. Os animais foram genotipados com o painel Illumina Bovine HD, que contem aproximadamente 777.000 SNPs. Serão aplicados diferentes níveis de exclusão de SNP ou amostras para os diversos critérios. As análises de seleção genômica serão realizadas utilizando-se modelo linear, "Genomic Best Linear Unbiased Predictor" (GBLUP), e não linear sob abordagem Bayesiana (BAYES CÀ). Para as análises de associação genômica será utilizado modelo não linear sob abordagem Bayesiana (BAYES CÀ). Ao final espera-se definir critérios de edição adequados para os genótipos.

Publicações científicas

(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)

BRESOLIN, TIAGO; ROSA, GUILHERME JORDAO DE MAGALHAES; VALENTE, BRUNO DOURADO; ESPIGOLAN, RAFAEL; MANSAN GORDO, DANIEL GUSTAVO; BRAZ, CAMILA URBANO; FERNANDES JUNIOR, GERARDO ALVES; BRAGA MAGALHAES, ANA FABRICIA; GARCIA, DIOGO ANASTACIO; FREZARIM, GABRIELA BONFA; et al. Effect of quality control, density and allele frequency of markers on the accuracy of genomic prediction for complex traits in Nellore cattle. ANIMAL PRODUCTION SCIENCE, v. 59, n. 1, p. 48-54, 2018. (13/26264-4)

Publicações acadêmicas

(Referências obtidas automaticamente das Instituições de Ensino e Pesquisa do Estado de São Paulo)

BRESOLIN, Tiago. Efeito da utilização de diferentes critérios de controle de qualidade dos genótipos em estudos de associação e seleção genômica ampla. 2015. Dissertação de Mestrado - Universidade Estadual Paulista (Unesp). Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias. Jaboticabal Jaboticabal.