Identificação de polimorfismos e genotipagem de Candida orthopsilosis pela técnica de rad (restriction site associated DNA)

• Processo: 14/04811-6
• Modalidade de apoio: Bolsas no Exterior - Estágio de Pesquisa - Doutorado
• Data de Início da vigência: 01 de julho de 2014
• Data de Término da vigência: 31 de dezembro de 2014
• Área de conhecimento: Ciências Biológicas - Genética - Genética Molecular e de Microorganismos
• Pesquisador responsável: Eduardo Bagagli
• Beneficiário: Tâmara Heloísa Rocha Prandini
• Supervisor: Geraldine Butler
• Instituição Sede: Instituto de Biociências (IBB). Universidade Estadual Paulista (UNESP). Campus de Botucatu. Botucatu , SP, Brasil
• Instituição Anfitriã: University College Dublin, Irlanda
• Vinculado à bolsa: 12/04003-1 - Intein ThrRS em espécies do gênero Candida: filogenia, potencial marcador molecular e alvo terapêutico, BP.DR
• Assunto(s): Micologia
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: Candida orthopsilosis | Candida psilosis complex | Genotyping | Next-generation sequencing | RAD-seq | Single-Nucleotide Polymorphisms | Micologia

Resumo

A incidência de infecções por Candida do complexo psilosis (Candida orthopsilosis, C. metapsilosis e C. parapsilosis) tem aumentado consideravelmente nos últimos anos, e devido à estudos em genômica, tem sido possível observar que a história evolutiva destas espécies é mais complexa do que se pensava inicialmente. Vários estudos têm identificado heterogeneidade entre isolados de C. orthopsilosis, e nós recentemente descobrimos a existência de dois inteins idiomórfos, ThrRS-A (mini-intein) e ThrRS-B (full lentgh-intein), no mesmo sítio de inserção de indivíduos distintos da espécie C. orthopsilosis, o que alternativamente pode indicar a ocorrência de duas espécies distintas entre os isolados analisados. Para avaliar se os isolados de C. orthopsilosis que apresentam dois inteins idiomórfos são de fato duas espécies crípticas, propomos neste projeto a genotipagem destes isolados por RAD tag, (Restriction site Associated DNA) que são pequenos fragmentos de DNA que flanqueiam um determinado sítio de uma enzima de restrição, permitindo o mapeamento do genoma completo. A partir dos dados gerados por Next Generation Sequencing será possível explorar a diversidade genética, correlacionar os clusters com a ocorrência de dois tipos de inteins (CorThrRS-A e CorThrRS-B) e de outros marcadores que são conhecidamente polimórficos dentro da espécie C. orthopsilosis, como a ocorrência de padrões distintos de MTL (Mating Type Loci) e ITS. Assim, conhecendo melhor a filogenia de C. orthopsilosis, será possível saber se a ocorrência de dois perfis genéticos indica a existência de mais uma espécie dentro do complexo psilosis e se estes diferentes grupos genéticos também apresentam alguma diferença no que diz respeito à sua epidemiologia e resposta ao tratamento de candidemias. (AU)

Publicações científicas

(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)

SCHRODER, MARKUS S.; DE SAN VICENTE, KONTXI MARTINEZ; PRANDINI, TAMARA H. R.; HAMMEL, STEPHEN; HIGGINS, DESMOND G.; BAGAGLI, EDUARDO; WOLFE, KENNETH H.; BUTLER, GERALDINE. Multiple Origins of the Pathogenic Yeast Candida orthopsilosis by Separate Hybridizations between Two Parental Species. PLoS Genetics, v. 12, n. 11, NOV 2016. (14/04811-6)

SCHRODER, MARKUS S.; DE SAN VICENTE, KONTXI MARTINEZ; PRANDINI, TAMARA H. R.; HAMMEL, STEPHEN; HIGGINS, DESMOND G.; BAGAGLI, EDUARDO; WOLFE, KENNETH H.; BUTLER, GERALDINE. Multiple Origins of the Pathogenic Yeast Candida orthopsilosis by Separate Hybridizations between Two Parental Species. PLOS GENETICS, v. 12, n. 11, p. 25-pg., 2016-11-01. (14/04811-6)