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Anotação metagenômica e análise de bioinformática aplicada à definição de bioindicadores microbianos para os efeitos do manejo agrícola do solo em sistemas de produção de cana-de-açúcar

Processo: 14/06077-8
Linha de fomento:Bolsas no Exterior - Estágio de Pesquisa - Pós-Doutorado
Vigência (Início): 01 de julho de 2014
Vigência (Término): 30 de setembro de 2014
Área do conhecimento:Ciências Agrárias - Agronomia - Ciência do Solo
Pesquisador responsável:Tsai Siu Mui
Beneficiário:Acacio Aparecido Navarrete
Supervisor no Exterior: Robert A. Edwards
Instituição-sede: Centro de Energia Nuclear na Agricultura (CENA). Universidade de São Paulo (USP). Piracicaba , SP, Brasil
Local de pesquisa : San Diego State University, Estados Unidos  
Vinculado à bolsa:12/13321-7 - Bio-indicadores microbianos taxonômicos e funcionais em solos sob sistemas de produção de cana-de-açúcar, BP.PD

Resumo

Apresentamos aqui uma proposta de estágio de pesquisa no exterior que visa atender um dos dois objetivos contidos no projeto de pesquisa principal 'Bioindicadores microbianos taxonômicos e funcionais em solos sob sistemas de produção de cana-de-açúcar' (FAPESP 2012/13321-7) em desenvolvimento. O principal objetivo deste estágio de pesquisa no exterior é a utilização de método analítico computacional recentemente devenvolvido e publicado pelo Dr. Robert A. Edwards do Department of Computer Science, San Diego State University, Estados Unidos, e colaboradores. Este método é capaz de fazer anotação taxonômica e funcional de metagenomas a partir de dados de sequenciamento shotgun. O resultado da anotação dos metagenomas será submetido a análise estatística utilizando um algoritmo denominado LEfSe para identificação de diferenças na abundância de membros da comunidade entre dois ou mais tratamentos experimentais. Isto é importante principalmente quando se busca por potenciais bioindicadores taxonômicos microbianos. O uso de bioindicadores não é restrito apenas a espécie única, mas processos e comunidades biológicas também podem indicar uma tolerância ambiental limitada. O plano de trabalho desta proposta é composto por duas atividades principais: (i) estimativa da abundância relativa de membros da comunidade bacteriana usando dados de sequenciamento shotgun obtidos a partir de solos sob sistemas de produção de cana-de-açúcar estabelecidos em escala de mesocosmo em casa-de-vegetação, e (ii) suplementação da busca por bioindicadores taxonômicos microbianos nestes solos utilizando conjunto de dados contendo informações sobre a fertilidade e disponibilidade de nutrientes, biomassa microbiana, atividade enzimática e medidas da emissão de CO2 e N2O a partir dos solos dispostos em mesocosmo no interior de casa-de-vegetação. (AU)

Publicações científicas
(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)
DE CHAVES, MIRIAM GONCALVES; SILVA, GENIVALDO GUEIROS Z.; ROSSETTO, RAFFAELLA; EDWARDS, ROBERT ALAN; TSAI, SIU MUI; NAVARRETE, ACACIO APARECIDO. Acidobacteria Subgroups and Their Metabolic Potential for Carbon Degradation in Sugarcane Soil Amended With Vinasse and Nitrogen Fertilizers. FRONTIERS IN MICROBIOLOGY, v. 10, JUL 30 2019. Citações Web of Science: 0.
MENDES, LUCAS W.; PEREZ BRAGA, LUCAS PALMA; NAVARRETE, ACACIO A.; DE SOUZA, DENNIS GOSS; SILVA, GENIVALDO G. Z.; TSAI, SIU M. Using. Metagenomics to Connect Microbial Community Biodiversity and Functions. CURRENT ISSUES IN MOLECULAR BIOLOGY, v. 24, p. 103-118, 2017. Citações Web of Science: 0.
NAVARRETE, ACACIO APARECIDO; DINIZ, TATIANA ROSA; PEREZ BRAGA, LUCAS PALMA; SILVA, GENIVALDO GUEIROS ZACARIAS; FRANCHINI, JULIO CEZAR; ROSSETTO, RAFFAELLA; EDWARDS, ROBERT ALAN; TSAI, SIU MUI. Multi-Analytical Approach Reveals Potential Microbial Indicators in Soil for Sugarcane Model Systems. PLoS One, v. 10, n. 6 JUN 9 2015. Citações Web of Science: 21.

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