Utilização de sequenciamento de nova geração para o mapeamento fino de regiões cromossômicas que afetam o perímetro escrotal de touros Nelore

• Processo: 14/01095-8
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Doutorado
• Data de Início da vigência: 01 de maio de 2014
• Data de Término da vigência: 20 de dezembro de 2017
• Área de conhecimento: Ciências Agrárias - Medicina Veterinária - Reprodução Animal
• Pesquisador responsável: José Fernando Garcia
• Beneficiário: Yuri Tani Utsunomiya
• Instituição Sede: Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias (FCAV). Universidade Estadual Paulista (UNESP). Campus de Jaboticabal. Jaboticabal , SP, Brasil
• Bolsa(s) vinculada(s): 16/07531-0 - Comparação de métodos para mapeamento de ancestralidade e heterose em populações de bovinos derivadas de cruzamentos, BE.EP.DR
• Assunto(s): Fertilidade Sequenciamento de nova geração Genômica Bos taurus indicus
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: Bos indicus | fertilidade | Ngs | Tamanho testicular | Genômica

Resumo

O desempenho reprodutivo de touros possui um grande impacto na indústria da carne bovina, afetando intervalos entre gerações, a taxa de mudança genética anual, e a quantidade de produtos que podem ser enviados ao mercado. O perímetro escrotal (PE) é a característica reprodutiva mais mensurada em gado de corte, e é utilizada como um dos principais critérios de seleção para a melhoria da precocidade e fertilidade dos rebanhos. A caracterização de regiões genômicas que afetam o PE pode contribuir para a identificação de marcadores diagnósticos de desempenho reprodutivo e desvendar mecanismos moleculares envolvidos na biologia reprodutiva dos bovinos. Recentemente, o candidato conduziu um mapeamento genômico amplo de segmentos cromossômicos que explicam diferenças no PE de 861 touros da raça Nelore (Bos indicus), utilizando dados de mais de 777.000 marcadores do tipo polimorfismo de sítio único (single nucleotide polymorphism - SNP). Loci que se destacam do restante do genoma foram identificados nos cromossomos 4, 6, 7, 10, 14, 18 e 21. Estas regiões foram previamente associadas a características reprodutivas e de peso corporal em bovinos. O sinal detectado no cromossomo 14 replica o locus de característica quantitativa (quantitative trait locus - QTL) envolvendo o gene PLAG1, o qual apresenta efeitos pleiotrópicos na fertilidade de touros e na estatura de diversas espécies, incluindo humanos. Novos genes candidatos foram propostos para PE a partir deste estudo, os quais afetam crescimento e tamanho testicular em outros modelos animais. O presente projeto visa o refinamento destes loci através de sequenciamento de nova geração (next generation sequencing - NGS), com o objetivo de investigar o potencial de causalidade de SNPs, variações no número de cópias, inserções e deleções encontrados nestas regiões.

Publicações científicas

(15)

(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)

UTSUNOMIYA, YURI TANI; MILANESI, MARCO; HARTH UTSUNOMIYA, ADAM TAITI; PINTOR TORRECILHA, RAFAELA BEATRIZ; KIM, EUI-SOO; COSTA, MARCIO SILVA; AGUIAR, TAMIRIS SAYURI; SCHROEDER, STEVEN; DO CARMO, ADRIANA SANTANA; CARVALHEIRO, ROBERTO; et al. A PLAG1 mutation contributed to stature recovery in modern cattle. SCIENTIFIC REPORTS, v. 7, DEC 7 2017. (10/52030-2, 16/07531-0, 14/01095-8)

UTSUNOMIYA, YURI T.; MILANESI, MARCO; UTSUNOMIYA, ADAM T. H.; AJMONE-MARSAN, PAOLO; GARCIA, JOSE F.. GHap: an R package for genome-wide haplotyping. Bioinformatics, v. 32, n. 18, p. 2861-2862, SEP 15 2016. (14/01095-8)

PEREIRA, ANIRENE G. T.; UTSUNOMIYA, YURI T.; MILANESI, MARCO; TORRECILHA, RAFAELA B. P.; CARMO, ADRIANA S.; NEVES, HAROLDO H. R.; CARVALHEIRO, ROBERTO; AJMONE-MARSAN, PAOLO; SONSTEGARD, TAD S.; SOLKNER, JOHANN; et al. Pleiotropic Genes Affecting Carcass Traits in Bos indicus (Nellore) Cattle Are Modulators of Growth. PLoS One, v. 11, n. 7, JUL 13 2016. (13/02552-0, 14/01095-8)

AGUIAR, TAMIRIS SAYURI; PINTOR TORRECILHA, RAFAELA BEATRIZ; MILANESI, MARCO; HARTH UTSUNOMIYA, ADAM TAITI; TRIGO, BEATRIZ BATISTA; TIJJANI, ABDULFATAI; MUSA, HASSAN HUSSEIN; LOPES, FLAVIA LOMBARDI; AJMONE-MARSAN, PAOLO; CARVALHEIRO, ROBERTO; et al. Association of Copy Number Variation at Intron 3 of HMGA2 With Navel Length in Bos indicus. FRONTIERS IN GENETICS, v. 9, DEC 7 2018. (14/01095-8, 16/07531-0, 16/05787-7, 10/52030-2, 17/08373-1)

BATISTA, LUIS F. S.; UTSUNOMIYA, YURI T.; SILVA, THAIS B. F.; DIAS, RAISSA A.; TOMOKANE, THAISE Y.; PACHECO, ACACIO D.; DA MATTA, VANIA L. R.; SILVEIRA, FERNANDO T.; MARCONDES, MARY; NUNES, CARIS M.; et al. Genome-Wide Association Study of Cell-Mediated Response in Dogs Naturally Infected by Leishmania infantum. Infection and Immunity, v. 84, n. 12, p. 3629-3637, DEC 2016. (12/50285-9, 12/05847-9, 14/01095-8)

UTSUNOMIYA, YURI T.; RIBEIRO, ERICA S.; QUINTAL, AMANDA P. N.; SANGALLI, JULIANO R.; GAZOLA, VALQUIRIA R.; PAULA, HENRIQUE B.; TRINCONI, CRISTIANA M.; LIMA, VALERIA M. F.; PERRI, SILVIA H. V.; TAYLOR, JEREMY F.; et al. Genome-Wide Scan for Visceral Leishmaniasis in Mixed-Breed Dogs Identifies Candidate Genes Involved in T Helper Cells and Macrophage Signaling. PLoS One, v. 10, n. 9, SEP 8 2015. (14/01095-8)

HARTATI, HARTATI; UTSUNOMIYA, YURI TANI; SONSTEGARD, TAD STEWART; GARCIA, JOSE FERNANDO; JAKARIA, JAKARIA; MULADNO, MULADNO. Evidence of Bos javanicus x Bos indicus hybridization and major QTLs for birth weight in Indonesian Peranakan Ongole cattle. BMC GENETICS, v. 16, JUL 4 2015. (14/01095-8)

BATISTA, LUIS F. S.; TORRECILHA, RAFAELA B. P.; SILVA, RAFAELA B.; UTSUNOMIYA, YURI T.; SILVA, THAIS B. F.; TOMOKANE, THAISE Y.; PACHECO, ACACIO D.; BOSCO, ANELISE M.; PAULAN, SILVANA C.; ROSSI, CLAUDIO N.; et al. Chromosomal segments may explain the antibody response cooperation for canine leishmaniasis pathogenesis. Veterinary Parasitology, v. 288, DEC 2020. (12/05847-9, 14/01095-8, 12/50285-9)

KHAYATZADEH, N.; MESZAROS, G.; UTSUNOMIYA, Y. T.; SCHMITZ-HSU, F.; SEEFRIED, F.; SCHNYDER, U.; FERENCAKOVIC, M.; GARCIA, J. F.; CURIK, I; SOELKNER, J.. Genome-wide mapping of the dominance effects based on breed ancestry for semen traits in admixed Swiss Fleckvieh bulls. JOURNAL OF DAIRY SCIENCE, v. 102, n. 12, p. 11217-11224, DEC 2019. (16/07531-0, 14/01095-8)

KHAYATZADEH, N.; MESZAROS, G.; UTSUNOMIYA, Y. T.; SCHMITZ-HSU, F.; SEEFRIED, F.; SCHNYDER, U.; FERENCAKOVIC, M.; GARCIA, J. F.; CURIK, I.; SOELKNER, J.. Effects of breed proportion and components of heterosis for semen traits in a composite cattle breed. JOURNAL OF ANIMAL BREEDING AND GENETICS, v. 135, n. 1, p. 45-53, FEB 2018. (16/07531-0, 14/01095-8)

PORTO-NETO, LAERCIO R.; BICKHART, DEREK M.; LANDAETA-HERNANDEZ, ANTONIO J.; UTSUNOMIYA, YURI T.; PAGAN, MELVIN; JIMENEZ, ESBAL; HANSEN, PETER J.; DIKMEN, SERDAL; SCHROEDER, STEVEN G.; KIM, EUI-SOO; et al. Convergent Evolution of Slick Coat in Cattle through Truncation Mutations in the Prolactin Receptor. FRONTIERS IN GENETICS, v. 9, FEB 23 2018. (14/01095-8)

TORRECILHA, R. B. P.; UTSUNOMIYA, Y. T.; BOSCO, A. M.; ALMEIDA, B. F.; PEREIRA, P. P.; NARCISO, L. G.; PEREIRA, D. C. M.; BAPTISTIOLLI, L.; CALVO-BADO, L.; COURTENAY, O.; et al. Correlations between peripheral parasite load and common clinical and laboratory alterations in dogs with visceral leishmaniasis. PREVENTIVE VETERINARY MEDICINE, v. 132, p. 83-87, SEP 15 2016. (14/01095-8)

O'BRIEN, ANA M. PEREZ; HOELER, DANIELA; BOISON, SOLOMON A.; MILANESI, MARCO; BOMBA, LORENZO; UTSUNOMIYA, YURI T.; CARVALHEIRO, ROBERTO; NEVES, HAROLDO H. R.; DA SILVA, MARCOS V. B.; VANTASSELL, CURTIS P.; et al. Low levels of taurine introgression in the current Brazilian Nelore and Gir indicine cattle populations. GENETICS SELECTION EVOLUTION, v. 47, APR 17 2015. (10/52030-2, 14/01095-8)

BATISTA, LUIS F. S.; UTSUNOMIYA, YURI T.; SILVA, THAIS B. F.; CARNEIRO, MARIANA M.; PAIVA, JOYR S. F.; SILVA, RAFAELA B.; TOMOKANE, THAISE Y.; ROSSI, CLAUDIO N.; PACHECO, ACACIO D.; TORRECILHA, RAFAELA B. P.; et al. Canine leishmaniasis: Genome-wide analysis and antibody response to Lutzomyia longipalpis saliva. PLoS One, v. 13, n. 5, MAY 9 2018. (12/05847-9, 14/01095-8, 12/50285-9)

UTSUNOMIYA, ADAM T. H.; SANTOS, DANIEL J. A.; BOISON, SOLOMON A.; UTSUNOMIYA, YURI T.; MILANESI, MARCO; BICKHART, DEREK M.; AJMONE-MARSAN, PAOLO; SOELKNER, JOHANN; GARCIA, JOSE F.; DA FONSECA, RICARDO; et al. Revealing misassembled segments in the bovine reference genome by high resolution linkage disequilibrium scan. BMC Genomics, v. 17, SEP 5 2016. (10/52030-2, 14/01095-8)

Publicações acadêmicas

(Referências obtidas automaticamente das Instituições de Ensino e Pesquisa do Estado de São Paulo)

UTSUNOMIYA, Yuri Tani. Sobre a origem e dispersão da mutação do gene PLAG1 em bovinos. 2017. Tese de Doutorado - Universidade Estadual Paulista (Unesp). Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias. Jaboticabal Jaboticabal.