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Utilização de sequenciamento de nova geração para o mapeamento fino de regiões cromossômicas que afetam o perímetro escrotal de touros Nelore

Processo: 14/01095-8
Linha de fomento:Bolsas no Brasil - Doutorado
Vigência (Início): 01 de maio de 2014
Vigência (Término): 20 de dezembro de 2017
Área do conhecimento:Ciências Agrárias - Medicina Veterinária - Reprodução Animal
Pesquisador responsável:José Fernando Garcia
Beneficiário:Yuri Tani Utsunomiya
Instituição-sede: Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias (FCAV). Universidade Estadual Paulista (UNESP). Campus de Jaboticabal. Jaboticabal , SP, Brasil
Bolsa(s) vinculada(s):16/07531-0 - Comparação de métodos para mapeamento de ancestralidade e heterose em populações de bovinos derivadas de cruzamentos, BE.EP.DR
Assunto(s):Fertilidade   Sequenciamento de nova geração   Genômica   Bos taurus indicus

Resumo

O desempenho reprodutivo de touros possui um grande impacto na indústria da carne bovina, afetando intervalos entre gerações, a taxa de mudança genética anual, e a quantidade de produtos que podem ser enviados ao mercado. O perímetro escrotal (PE) é a característica reprodutiva mais mensurada em gado de corte, e é utilizada como um dos principais critérios de seleção para a melhoria da precocidade e fertilidade dos rebanhos. A caracterização de regiões genômicas que afetam o PE pode contribuir para a identificação de marcadores diagnósticos de desempenho reprodutivo e desvendar mecanismos moleculares envolvidos na biologia reprodutiva dos bovinos. Recentemente, o candidato conduziu um mapeamento genômico amplo de segmentos cromossômicos que explicam diferenças no PE de 861 touros da raça Nelore (Bos indicus), utilizando dados de mais de 777.000 marcadores do tipo polimorfismo de sítio único (single nucleotide polymorphism - SNP). Loci que se destacam do restante do genoma foram identificados nos cromossomos 4, 6, 7, 10, 14, 18 e 21. Estas regiões foram previamente associadas a características reprodutivas e de peso corporal em bovinos. O sinal detectado no cromossomo 14 replica o locus de característica quantitativa (quantitative trait locus - QTL) envolvendo o gene PLAG1, o qual apresenta efeitos pleiotrópicos na fertilidade de touros e na estatura de diversas espécies, incluindo humanos. Novos genes candidatos foram propostos para PE a partir deste estudo, os quais afetam crescimento e tamanho testicular em outros modelos animais. O presente projeto visa o refinamento destes loci através de sequenciamento de nova geração (next generation sequencing - NGS), com o objetivo de investigar o potencial de causalidade de SNPs, variações no número de cópias, inserções e deleções encontrados nestas regiões.

Publicações científicas (13)
(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)
AGUIAR, TAMIRIS SAYURI; PINTOR TORRECILHA, RAFAELA BEATRIZ; MILANESI, MARCO; HARTH UTSUNOMIYA, ADAM TAITI; TRIGO, BEATRIZ BATISTA; TIJJANI, ABDULFATAI; MUSA, HASSAN HUSSEIN; LOPES, FLAVIA LOMBARDI; AJMONE-MARSAN, PAOLO; CARVALHEIRO, ROBERTO; DE REZENDE NEVES, HAROLDO HENRIQUE; DO CARMO, ADRIANA SANTANA; HANOTTE, OLIVIER; SONSTEGARD, TAD STEWART; GARCIA, JOSE FERNANDO; UTSUNOMIYA, YURI TANI. Association of Copy Number Variation at Intron 3 of HMGA2 With Navel Length in Bos indicus. FRONTIERS IN GENETICS, v. 9, DEC 7 2018. Citações Web of Science: 1.
BATISTA, LUIS F. S.; UTSUNOMIYA, YURI T.; SILVA, THAIS B. F.; CARNEIRO, MARIANA M.; PAIVA, JOYR S. F.; SILVA, RAFAELA B.; TOMOKANE, THAISE Y.; ROSSI, CLAUDIO N.; PACHECO, ACACIO D.; TORRECILHA, RAFAELA B. P.; SILVEIRA, FERNANDO T.; MARCONDES, MARY; NUNES, CARIS M.; LAURENTI, MARCIA D. Canine leishmaniasis: Genome-wide analysis and antibody response to Lutzomyia longipalpis saliva. PLoS One, v. 13, n. 5 MAY 9 2018. Citações Web of Science: 0.
PORTO-NETO, LAERCIO R.; BICKHART, DEREK M.; LANDAETA-HERNANDEZ, ANTONIO J.; UTSUNOMIYA, YURI T.; PAGAN, MELVIN; JIMENEZ, ESBAL; HANSEN, PETER J.; DIKMEN, SERDAL; SCHROEDER, STEVEN G.; KIM, EUI-SOO; SUN, JIAJIE; CRESPO, EDWARD; AMATI, NORMAN; COLE, JOHN B.; NULL, DANIEL J.; GARCIA, JOSE F.; REVERTER, ANTONIO; BARENDSE, WILLIAM; SONSTEGARD, TAD S. Convergent Evolution of Slick Coat in Cattle through Truncation Mutations in the Prolactin Receptor. FRONTIERS IN GENETICS, v. 9, FEB 23 2018. Citações Web of Science: 8.
KHAYATZADEH, N.; MESZAROS, G.; UTSUNOMIYA, Y. T.; SCHMITZ-HSU, F.; SEEFRIED, F.; SCHNYDER, U.; FERENCAKOVIC, M.; GARCIA, J. F.; CURIK, I.; SOELKNER, J. Effects of breed proportion and components of heterosis for semen traits in a composite cattle breed. JOURNAL OF ANIMAL BREEDING AND GENETICS, v. 135, n. 1, p. 45-53, FEB 2018. Citações Web of Science: 0.
UTSUNOMIYA, YURI TANI; MILANESI, MARCO; HARTH UTSUNOMIYA, ADAM TAITI; PINTOR TORRECILHA, RAFAELA BEATRIZ; KIM, EUI-SOO; COSTA, MARCIO SILVA; AGUIAR, TAMIRIS SAYURI; SCHROEDER, STEVEN; DO CARMO, ADRIANA SANTANA; CARVALHEIRO, ROBERTO; REZENDE NEVES, HAROLDO HENRIQUE; MOROZINI PADULA, ROMULO CLAUDIO; SUSSAI, THAYLA SOUZA; ZAVAREZ, LUDMILLA BALBO; CIPRIANO, RAFAEL SILVA; THEODORO CAMINHAS, MARIA MARGARETH; HAMBRECHT, GEORGE; COLLI, LICIA; EUFEMI, ELISA; AJMONE-MARSAN, PAOLO; CESANA, DENEB; SANNAZARO, MARCO; BUORA, MAURIZIO; MORGANTE, MICHELE; LIU, GEORGE; BICKHART, DEREK; VAN TASSELL, CURTIS PAUL; SOLKNER, JOHANN; SONSTEGARD, TAD STEWART; GARCIA, JOSE FERNANDO. A PLAG1 mutation contributed to stature recovery in modern cattle. SCIENTIFIC REPORTS, v. 7, DEC 7 2017. Citações Web of Science: 9.
BATISTA, LUIS F. S.; UTSUNOMIYA, YURI T.; SILVA, THAIS B. F.; DIAS, RAISSA A.; TOMOKANE, THAISE Y.; PACHECO, ACACIO D.; DA MATTA, VANIA L. R.; SILVEIRA, FERNANDO T.; MARCONDES, MARY; NUNES, CARIS M.; LAURENTI, MARCIA D. Genome-Wide Association Study of Cell-Mediated Response in Dogs Naturally Infected by Leishmania infantum. Infection and Immunity, v. 84, n. 12, p. 3629-3637, DEC 2016. Citações Web of Science: 2.
TORRECILHA, R. B. P.; UTSUNOMIYA, Y. T.; BOSCO, A. M.; ALMEIDA, B. F.; PEREIRA, P. P.; NARCISO, L. G.; PEREIRA, D. C. M.; BAPTISTIOLLI, L.; CALVO-BADO, L.; COURTENAY, O.; NUNES, C. M.; CIARLINI, P. C. Correlations between peripheral parasite load and common clinical and laboratory alterations in dogs with visceral leishmaniasis. PREVENTIVE VETERINARY MEDICINE, v. 132, p. 83-87, SEP 15 2016. Citações Web of Science: 5.
UTSUNOMIYA, YURI T.; MILANESI, MARCO; UTSUNOMIYA, ADAM T. H.; AJMONE-MARSAN, PAOLO; GARCIA, JOSE F. GHap: an R package for genome-wide haplotyping. Bioinformatics, v. 32, n. 18, p. 2861-2862, SEP 15 2016. Citações Web of Science: 7.
UTSUNOMIYA, ADAM T. H.; SANTOS, DANIEL J. A.; BOISON, SOLOMON A.; UTSUNOMIYA, YURI T.; MILANESI, MARCO; BICKHART, DEREK M.; AJMONE-MARSAN, PAOLO; SOELKNER, JOHANN; GARCIA, JOSE F.; DA FONSECA, RICARDO; DA SILVA, MARCOS V. G. B. Revealing misassembled segments in the bovine reference genome by high resolution linkage disequilibrium scan. BMC Genomics, v. 17, SEP 5 2016. Citações Web of Science: 12.
PEREIRA, ANIRENE G. T.; UTSUNOMIYA, YURI T.; MILANESI, MARCO; TORRECILHA, RAFAELA B. P.; CARMO, ADRIANA S.; NEVES, HAROLDO H. R.; CARVALHEIRO, ROBERTO; AJMONE-MARSAN, PAOLO; SONSTEGARD, TAD S.; SOLKNER, JOHANN; CONTRERAS-CASTILLO, CARMEN J.; GARCIA, JOSE F. Pleiotropic Genes Affecting Carcass Traits in Bos indicus (Nellore) Cattle Are Modulators of Growth. PLoS One, v. 11, n. 7 JUL 13 2016. Citações Web of Science: 5.
UTSUNOMIYA, YURI T.; RIBEIRO, ERICA S.; QUINTAL, AMANDA P. N.; SANGALLI, JULIANO R.; GAZOLA, VALQUIRIA R.; PAULA, HENRIQUE B.; TRINCONI, CRISTIANA M.; LIMA, VALERIA M. F.; PERRI, SILVIA H. V.; TAYLOR, JEREMY F.; SCHNABEL, ROBERT D.; SONSTEGARD, TAD S.; GARCIA, JOSE F.; NUNES, CARIS M. Genome-Wide Scan for Visceral Leishmaniasis in Mixed-Breed Dogs Identifies Candidate Genes Involved in T Helper Cells and Macrophage Signaling. PLoS One, v. 10, n. 9 SEP 8 2015. Citações Web of Science: 13.
HARTATI, HARTATI; UTSUNOMIYA, YURI TANI; SONSTEGARD, TAD STEWART; GARCIA, JOSE FERNANDO; JAKARIA, JAKARIA; MULADNO, MULADNO. Evidence of Bos javanicus x Bos indicus hybridization and major QTLs for birth weight in Indonesian Peranakan Ongole cattle. BMC GENETICS, v. 16, JUL 4 2015. Citações Web of Science: 5.
O'BRIEN, ANA M. PEREZ; HOELER, DANIELA; BOISON, SOLOMON A.; MILANESI, MARCO; BOMBA, LORENZO; UTSUNOMIYA, YURI T.; CARVALHEIRO, ROBERTO; NEVES, HAROLDO H. R.; DA SILVA, MARCOS V. B.; VANTASSELL, CURTIS P.; SONSTEGARD, TAD S.; MESZAROS, GABOR; AJMONE-MARSAN, PAOLO; GARCIA, FERNANDO; SOELKNER, JOHANN. Low levels of taurine introgression in the current Brazilian Nelore and Gir indicine cattle populations. GENETICS SELECTION EVOLUTION, v. 47, APR 17 2015. Citações Web of Science: 13.
Publicações acadêmicas
(Referências obtidas automaticamente das Instituições de Ensino e Pesquisa do Estado de São Paulo)
UTSUNOMIYA, Yuri Tani. Sobre a origem e dispersão da mutação do gene PLAG1 em bovinos. 2017. Tese de Doutorado - Universidade Estadual Paulista "Júlio de Mesquita Filho" Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias..

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