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Metagenômica viral em plasma de doadores de sangue em dois bancos de sangue brasileiro

Processo: 14/05211-2
Linha de fomento:Bolsas no Exterior - Estágio de Pesquisa - Doutorado Direto
Vigência (Início): 01 de setembro de 2014
Vigência (Término): 31 de agosto de 2015
Área do conhecimento:Ciências da Saúde - Medicina - Clínica Médica
Pesquisador responsável:Ester Cerdeira Sabino
Beneficiário:Antonio Charlys da Costa
Supervisor no Exterior: Eric Delwart
Instituição-sede: Instituto de Medicina Tropical de São Paulo (IMT). Universidade de São Paulo (USP). São Paulo , SP, Brasil
Local de pesquisa : Blood Systems Research Institute (BSRI), Estados Unidos  
Vinculado à bolsa:12/03417-7 - Caracterização do vírus da dengue pela análise do genoma completo viral em amostras de doadores e receptores de sangue nos estados de Pernambuco e Rio de Janeiro, BP.DD
Assunto(s):Doenças transmissíveis   Doadores de sangue   Metagenômica

Resumo

A busca de patógenos em doadores de sangue pode contribuir significativamente para melhorar a qualidade de hemoderivados, bem como sua segurança. Atualmente os bancos de sangue, realizam triagem sorológica apenas para sete agentes (Hepatites, HTLV, HIV, Chagas e sífilis); porém é muito provável a existência de diversos outros agentes conhecidos ou ainda não identificados, estejam presentes em amostras de doadores. O objetivo principal deste estudo é verificar a possível existência de patógenos conhecidos ou desconhecidos, presentes em amostras de doadores de sangue brasileiros. A metodologia mais aplicada, para busca de novos agentes é a metagenômica, através do sequenciamento de próxima geração, sendo possível gerar milhões de sequências a partir de uma única amostra. Na literatura são descritas inúmeras técnicas metagenômicas para detecção de patógenos, porém estas técnicas, possuem variações, dependendo do tipo de material a ser analisado, do grupo de pesquisa e microrganismos a serem pesquisados. O grupo do Dr. Eric Delwart é um dos pioneiros em análises metagenômicas em amostras de animais, publicando inúmeros trabalhos descrevendo novos vírus e revisões relacionadas. Semelhante ao sequenciamento, a filogenia molecular foi outra área que também passou por grandes revoluções, até pouco tempo sua aplicação era utilizada basicamente para caracterização molecular ou história evolutiva. Porém nos últimos anos, são muito comuns em artigos de analises filogenéticas, estimativas de taxas de infecção, geografia da epidemia, traços evolutivos locais, diversidade intra-hospedeiro e uma infinidade de outras aplicações. O treinamento nestas técnicas será de crucial importância no estudo atual do aluno, bem como de grande importância para o nosso grupo de pesquisa após o seu retorno. (AU)

Publicações científicas (4)
(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)
PHAN, TUNG G.; DRENO, BRIGITTE; DA COSTA, ANTONIO CHARLYS; LI, LINLIN; ORLANDI, PATRICIA; DENG, XUTAO; KAPUSINSZKY, BEATRIX; SIQUEIRA, JULIANA; KNOL, ANNE-CHANTAL; HALARY, FRANCK; DANTAL, JACQUES; ALEXANDER, KATHLEEN A.; PESAVENTO, PATRICIA A.; DELWART, ERIC. A new protoparvovirus in human fecal samples and cutaneous T cell lymphomas (mycosis fungoides). VIROLOGY, v. 496, p. 299-305, SEP 2016. Citações Web of Science: 13.
PHAN, TUNG GIA; DA COSTA, ANTONIO CHARLYS; DEL VALLE MENDOZA, JUANA; BUCARDO-RIVERA, FILEMON; NORDGREN, JOHAN; O'RYAN, MIGUEL; DENG, XUTAO; DELWART, ERIC. The fecal virome of South and Central American children with diarrhea includes small circular DNA viral genomes of unknown origin. ARCHIVES OF VIROLOGY, v. 161, n. 4, p. 959-966, APR 2016. Citações Web of Science: 15.
PHAN, TUNG GIA; DA COSTA, ANTONIO CHARLYS; ZHANG, WEN; POTHIER, PIERRE; AMBERT-BALAY, KATIA; DENG, XUTAO; DELWART, ERIC. A new gyrovirus in human feces. VIRUS GENES, v. 51, n. 1, p. 132-135, AUG 2015. Citações Web of Science: 6.
NG, TERRY FEI FAN; ZHANG, WEN; SACHSENROEDER, JANA; KONDOV, NIKOLA O.; DA COSTA, ANTONIO CHARLYS; VEGA, EVERARDO; HOLTZ, LORI R.; WU, GUANG; WANG, DAVID; STINE, COLIN O.; ANTONIO, MARTIN; MULVANEY, USHA S.; MUENCH, MARCUS O.; DENG, XUTAO; AMBERT-BALAY, KATIA; POTHIER, PIERRE; VINJE, JAN; DELWART, ERIC. A diverse group of small circular ssDNA viral genomes in human and non-human primate stools. VIRUS EVOLUTION, v. 1, n. 1 MAR 2015. Citações Web of Science: 25.

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