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Importância da incorporação de informações fenotípicas de animais não genotipados em estudos de associação genômica ampla

Processo: 14/09603-2
Linha de fomento:Bolsas no Exterior - Estágio de Pesquisa - Mestrado
Vigência (Início): 01 de agosto de 2014
Vigência (Término): 31 de outubro de 2014
Área do conhecimento:Ciências Agrárias - Zootecnia - Genética e Melhoramento dos Animais Domésticos
Pesquisador responsável:Roberto Carvalheiro
Beneficiário:Thaise Pinto de Melo
Supervisor no Exterior: Flavio S. Schenkel
Instituição-sede: Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias (FCAV). Universidade Estadual Paulista (UNESP). Campus de Jaboticabal. Jaboticabal , SP, Brasil
Local de pesquisa : University of Guelph, Canadá  
Vinculado à bolsa:13/17396-4 - Associação genômica ampla de características reprodutivas em bovinos da raça Nelore, incluindo informação fenotípica de animais não genotipados, BP.MS
Assunto(s):Bovinos   Estudo de associação genômica ampla

Resumo

Objetiva-se aplicar o método weighted single step GBLUP (WssGBLUP) a um estudo de simulação de uma característica reprodutiva em fêmeas bovinas, com estrutura populacional e genotípica próxima daquela observada nos dados reais utilizados no projeto original intitulado "Associação genômica ampla de características reprodutivas em bovinos da raça Nelore, incluindo informação fenotípica de animais não genotipados". Os resultados do estudo de simulação serão comparados com aqueles obtidos com os dados reais, a fim de oferecer mais subsídios para avaliar o poder do WssGBLUP em identificar regiões genômicas de interesse, e avaliar o efeito da inclusão da informação fenotípica de animais não genotipados na detecção destas regiões. O processo de simulação produzirá uma população histórica com 2020 gerações, uma população de expansão com seis gerações, e uma população de seleção com 15 gerações. As 45.000 fêmeas das ultimas 15 gerações de seleção terão seus fenótipos utilizados nas análises genômicas. Apenas 2.000 fêmeas selecionadas aleatoriamente das três ultimas gerações da população de seleção terão os genótipos disponíveis para os estudos de associação genômica. O método WssGBLUP será aplicado utilizando ou ignorando a informação fenotípica dos animais não genotipados. Os resultados deste projeto somados aqueles obtidos no projeto original fornecerão informações para melhor avaliar o método WssGBLUP no contexto de estudos GWA. Além disso, teremos maiores subsídios para concluir, para os dados analisados, se é vantajoso em termos de detecção de QTLs, incluir a informação fenotípica de animais não genotipados. (AU)

Publicações científicas
(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)
DE MELO, THAISE PINTO; FERREIRA DE CAMARGO, GREGORIO MIGUEL; DE ALBUQUERQUE, LUCIA GALVAO; CARVALHEIRO, ROBERTO. Genome-wide association study provides strong evidence of genes affecting the reproductive performance of Nellore beef cows. PLoS One, v. 12, n. 5 MAY 31 2017. Citações Web of Science: 10.
MELO, THAISE P.; TAKADA, LUCIANA; BALDI, FERNANDO; OLIVEIRA, HENRIQUE N.; DIAS, MARINA M.; NEVES, HAROLDO H. R.; SCHENKEL, FLAVIO S.; ALBUQUERQUE, LUCIA G.; CARVALHEIRO, ROBERTO. Assessing the value of phenotypic information from non-genotyped animals for QTL mapping of complex traits in real and simulated populations. BMC GENETICS, v. 17, JUN 21 2016. Citações Web of Science: 5.

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