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Busca de moldes estruturais para a engenharia de funções catalíticas

Processo: 14/03768-0
Linha de fomento:Bolsas no Brasil - Mestrado
Vigência (Início): 01 de junho de 2014
Vigência (Término): 30 de abril de 2016
Área do conhecimento:Ciências Biológicas - Biofísica - Biofísica Molecular
Convênio/Acordo: Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)
Pesquisador responsável:Alessandro Silva Nascimento
Beneficiário:Erick Giancarlo Suclupe Farro
Instituição-sede: Instituto de Física de São Carlos (IFSC). Universidade de São Paulo (USP). São Carlos , SP, Brasil
Assunto(s):Engenharia de proteínas   Enzimas   Glicosídeo hidrolases

Resumo

A existência de uma relação entre a estrutura e a função de proteínas é bem conhecida. Sabe-se que as proteínas evoluíram para desenvolver uma estrutura estável e ótima para o exercício do seu papel funcional. No entanto, qual é a mínima informação necessária para a inserção de uma função proteica? Algumas abordagens já foram avaliadas neste contexto. Uma delas emprega o conceito de motivos espaciais esparsos para a definição de um papel funcional em enzimas, onde as coordenadas atômicas de alguns poucos aminoácidos são empregadas para a inferência de uma função. Neste projeto avaliaremos se a inserção de motivos espaciais esparsos de um sítio ativo razoavelmente simples é capaz de inserir elementos funcionais. Para esta finalidade, buscaremos inserir os motivos espaciais do sítio ativo de uma enzima polissacarídeo mono-oxigenase (previamente denominada hidrolase glicosídica 61 ou GH61) contendo duas histidinas e uma tirosina coordenando um átomo de cobre, em proteínas que contenham uma disposição ótima para esta inserção. A busca será realizada através de um critério geométrico usando o programa SMatch desenvolvido no grupo. A avaliação do ganho funcional será feita em duas etapas: a capacidade de interação com o cobre e a atividade mono-oxigenase. (AU)

Publicações científicas
(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)
FARRO, ERICK GIANCARLO S.; LEITE, ANA ELISA T.; SILVA, ISABELA A.; FILGUEIRAS, JEFFERSON G.; DE AZEVEDO, EDUARDO R.; POLIKARPOV, IGOR; NASCIMENTO, ALESSANDRO S. GH43 endo-arabinanase from Bacillus licheniformis: Structure, activity and unexpected synergistic effect on cellulose enzymatic hydrolysis. International Journal of Biological Macromolecules, v. 117, p. 7-16, OCT 1 2018. Citações Web of Science: 1.
Publicações acadêmicas
(Referências obtidas automaticamente das Instituições de Ensino e Pesquisa do Estado de São Paulo)
FARRO, Erick Giancarlo Suclupe. Caracterização estrutural e bioquímica das arabinanases de Bacillus licheniformis. 2016. Dissertação de Mestrado - Universidade de São Paulo (USP). Instituto de Física de São Carlos São Carlos.

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