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Análise computacional do papel das variações exônicas na progressão e gênese do câncer de mama

Processo: 14/03681-1
Linha de fomento:Bolsas no Brasil - Pós-Doutorado
Vigência (Início): 01 de junho de 2014
Vigência (Término): 31 de maio de 2015
Área do conhecimento:Ciências Biológicas - Genética - Genética Humana e Médica
Pesquisador responsável:Dirce Maria Carraro
Beneficiário:Rodrigo Fernandes Ramalho
Instituição-sede: A C Camargo Cancer Center. Fundação Antonio Prudente (FAP). São Paulo , SP, Brasil
Vinculado ao auxílio:13/23277-8 - Aspectos moleculares envolvidos no risco, desenvolvimento e progressão do carcinoma ductal de mama: busca de novos genes de susceptibilidade e investigação da progressão do carcinoma in situ e do papel da mutação em BRCA1 no tumor triplo negativo, AP.TEM
Assunto(s):Carcinoma ductal de mama   Biologia computacional   Sequenciamento de nova geração   Epigênese genética   Exoma   Expressão gênica

Resumo

Compreender os mecanismos moleculares envolvidos na gênese e progressão tumoral envolve a análise de alterações somáticas que ocorrem no DNA. Certamente, o desenvolvimento de novas estratégias de diagnóstico e de terapia para o câncer será beneficiado pela descoberta de genes e de vias moleculares alteradas. Nesse sentido, as novas tecnologias de sequenciamento trouxeram a possibilidade de se identificar, em alta resolução, diversos tipos de alterações genômicas, como por exemplo mutações de ponto, inserções e deleções (indels) e variações no números de copias gênicas. Porém, devido à imensa quantidade de dados gerados, a etapa de análise se tornou um grande desafio computacional e estatístico. Além disso, identificar as alterações causais, em meio a milhares de outras encontradas no genoma tumoral, representa um grande desafio biológico. No presente projeto propomos a análise computacional de sequências do exomas tumorais, geradas através de sequenciamento massivo paralelo, para a identificação de alterações somáticas relevantes para a progressão e viabilização do câncer de mama. Do ponto de vista biológico, os objetivos visam a) compreender a relevância de alterações genômicas na progressão do câncer de mama ductal, b) compreender a relevância de alterações epigenéticas na viabilização dos tumores de mama mais agressivos. Além disso, propomos o desenvolvimento de scripts para integrar as vantagens de diversos programas voltados à análise de sequências NGS. (AU)