Análise das relações filogenéticas e padrões de diversificação de Trichomycteridae (Teleostei, Siluriformes) utilizando sequências de DNA

• Processo: 14/06853-8
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Doutorado
• Vigência (Início): 01 de julho de 2014
• Vigência (Término): 31 de março de 2018
• Área do conhecimento: Ciências Biológicas - Genética - Genética Animal
• Acordo de Cooperação: Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)
• Pesquisador responsável: Claudio de Oliveira
• Beneficiário: Luz Eneida Ochoa Orrego
• Instituição Sede: Instituto de Biociências (IBB). Universidade Estadual Paulista (UNESP). Campus de Botucatu. Botucatu , SP, Brasil
• Bolsa(s) vinculada(s): 15/13382-4 - Relações filogenéticas de Trichomycteridae inferidas de elementos ultraconservados (UCEs): uma perspectiva filogenômica da evolução de bagres lápis, BE.EP.DR
• Assunto(s): Biodiversidade Filogenia Genômica Siluriformes Evolução animal
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: Biodiversidade | Diversificação | Evolução | Filogenética | Genômica | siluriformes | Sistemática de peixes

Resumo

Trichomycteridae é uma das famílias com maior número de espécies dentro da superfamília Loricarioidea, e seus membros são amplamente distribuídos pelas drenagens neotropicais da América do Sul e Central, habitando os mais variados ecossistemas e com diferentes estratégias de vida, dentre elas o parasitismo. As relações filogenéticas entre os membros desse grupo, e dele com outras famílias têm sido objeto de vários estudos. As hipóteses de relacionamento propostas na literatura são suportadas principalmente por caracteres morfológicos, e não há hipóteses de relacionamento incluindo uma porcentagem significativa de espécies de Trichomycteridae, usando caracteres moleculares, assim como, usando uma grande quantidade de genes. Além disso, os principais estudos desenvolvidos até o momento focam na subfamília Trichomycterinae, e as relações dos membros das demais subfamílias permanecem pouco estudadas. O presente estudo se insere em um amplo projeto que está sendo desenvolvido no Laboratório de Biologia e Genética de Peixes (LBP) e tem por objetivo principal o estudo da diversificação e os processos evolutivos responsáveis pela grande diversidade de espécies da superfamília Loricarioidea. Neste projeto, pretende-se testar as hipóteses de monofilia da família Trichomycteridae, assim como de suas subfamílias, e estudar o padrão de relacionamento entre os membros desses grupos. Para isso pretendemos utilizar uma grande quantidade de espécies, representando todos os gêneros de Trichomycteridae, e usaremos os métodos tradicionais de análises filogenéticas moleculares, com o sequenciamento de genes mitocondriais e nucleares que já estão sendo utilizados para estudos de padrão de relacionamento dentro de Siluriformes. Pretende-se também realizar uma análise adicional com metodologias de sequenciamento de segunda geração de UCE (Ultra Conserved Elements) que será desenvolvida em parcerias internacionais. Com base nas filogenias obtidas, pretende-se identificar padrões de diversificação e origem do grupo, procurando assim contribuir no entendimento dos processos macroevolutivos que modelaram a diversidade de peixes neotropicais como um todo. (AU)

Publicações científicas

(13)

(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)

OCHOA, LUZ ENEIDA; PEREIRA, LUIZ HENRIQUE G.; COSTA-SILVA, GUILHERME JOSE; ROXO, FABIO F.; BATISTA, JACQUELINE S.; FORMIGA, KYARA; FORESTI, FAUSTO; OLIVEIRA, CLAUDIO. Genetic structure and historical diversification of catfish Brachyplatystoma platynemum (Siluriformes: Pimelodidae) in the Amazon basin with implications for its conservation. ECOLOGY AND EVOLUTION, v. 5, n. 10, p. 2005-2020, MAY 2015. (14/06853-8, 14/05051-5)

ROXO, FABIO F.; OCHOA, LUZ E.; SABAJ, MARK H.; LUJAN, NATHAN K.; COVAIN, RAPHAEL; SILVA, GABRIEL S. C.; MELO, BRUNO F.; ALBERT, JAMES S.; CHANG, JONATHAN; FORESTI, FAUSTO; et al. Phylogenomic reappraisal of the Neotropical catfish family Loricariidae (Teleostei: Siluriformes) using ultraconserved elements. Molecular Phylogenetics and Evolution, v. 135, p. 148-165, JUN 2019. (12/01622-2, 14/06853-8, 14/26508-3, 16/11313-8, 15/00691-9, 14/05051-5)

MELO, BRUNO F.; SIDLAUSKAS, BRIAN L.; NEAR, THOMAS J.; ROXO, FABIO F.; GHEZELAYAGH, AVA; OCHOA, LUZ E.; STIASSNY, MELANIE L. J.; ARROYAVE, JAIRO; CHANG, JONATHAN; FAIRCLOTH, BRANT C.; et al. ccelerated Diversification Explains the Exceptional Species Richness of Tropical Characoid Fishe. Systematic Biology, v. 71, n. 1, p. 78-92, JAN 2022. (14/06853-8, 14/05051-5, 18/24040-5, 15/00691-9, 16/11313-8, 18/23883-9, 14/26508-3)

MELO, BRUNO F.; SIDLAUSKAS, BRIAN L.; NEAR, THOMAS J.; ROXO, FABIO F.; GHEZELAYAGH, AVA; OCHOA, LUZ E.; STIASSNY, MELANIE L. J.; ARROYAVE, JAIRO; CHANG, JONATHAN; FAIRCLOTH, BRANT C.; et al. ccelerated Diversification Explains the Exceptional Species Richness of Tropical Characoid Fishe. Systematic Biology, v. 71, n. 1, p. 78-92, DEC 16 2021. (14/05051-5, 16/11313-8, 15/00691-9, 18/24040-5, 18/23883-9, 14/26508-3, 14/06853-8)

ROXO, FABIO F.; SILVA, GABRIEL S. C.; OCHOA, LUZ E.; OLIVEIRA, CLAUDIO. Description of a new genus and three new species of Otothyrinae (Siluriformes, Loricariidae). ZOOKEYS, n. 534, p. 103-134, 2015. (12/01622-2, 14/06853-8, 14/05051-5)

SILVA, GABRIEL S. C.; ROXO, FABIO F.; OCHOA, LUZ E.; OLIVEIRA, CLAUDIO. Description of a new catfish genus (Siluriformes, Loricariidae) from the Tocantins River basin in central Brazil, with comments on the historical zoogeography of the new taxon. ZOOKEYS, n. 598, p. 129-157, 2016. (12/01622-2, 15/00691-9, 14/06853-8, 14/05051-5)

MELO, BRUNO F.; OCHOA, LUZ E.; VARI, RICHARD P.; OLIVEIRA, CLAUDIO. Cryptic species in the Neotropical fish genus Curimatopsis (Teleostei, Characiformes). ZOOLOGICA SCRIPTA, v. 45, n. 6, p. 650-658, NOV 2016. (14/06853-8, 10/17009-2, 13/16436-2, 11/50282-7, 11/08374-1)

OCHOA, LUZ E.; DATOVO, ALESSIO; DONASCIMIENTO, CARLOS; ROXO, FABIO F.; SABAJ, MARK H.; CHANG, JONATHAN; MELO, BRUNO F.; SILVA, GABRIEL S. C.; FORESTI, FAUSTO; ALFARO, MICHAEL; et al. Phylogenomic analysis of trichomycterid catfishes (Teleostei: Siluriformes) inferred from ultraconserved elements. SCIENTIFIC REPORTS, v. 10, n. 1, FEB 14 2020. (15/13382-4, 14/06853-8, 14/26508-3, 16/11313-8, 15/00691-9, 16/19075-9, 14/05051-5)

LUZ E. OCHOA; BRUNO F. MELO; JORGE E. GARCÍA-MELO; JAVIER A. MALDONADO-OCAMPO; CAMILA S. SOUZA; JUAN G. ALBORNOZ-GARZÓN; CRISTHIAN C. CONDE-SALDAÑA; FRANCISCO VILLA-NAVARRO; ARMANDO ORTEGA-LARA; CLAUDIO OLIVEIRA. Species delimitation reveals an underestimated diversity of Andean catfishes of the family Astroblepidae (Teleostei: Siluriformes). Neotropical Ichthyology, v. 18, n. 4, 2020-12-04. (14/06853-8, 16/19075-9, 18/23883-9, 17/06551-0, 18/09767-6, 16/11313-8, 14/26508-3)

MATEUSSI, NADAYCA T. B.; MELO, BRUNO F.; OTA, RAFAELA P.; ROXO, FABIO F.; OCHOA, LUZ E.; FORESTI, FAUSTO; OLIVEIRA, CLAUDIO. Phylogenomics of the Neotropical fish family Serrasalmidae with a novel intrafamilial classification (Teleostei: Characiformes). Molecular Phylogenetics and Evolution, v. 153, DEC 2020. (15/00691-9, 14/06853-8, 18/23883-9, 18/24040-5, 16/11313-8, 16/09204-6, 18/20610-1, 14/05051-5, 14/26508-3)

FAIRCLOTH, BRANT C.; ALDA, FERNANDO; HOEKZEMA, KENDRA; BURNS, MICHAEL D.; OLIVEIRA, CLAUDIO; ALBERT, JAMES S.; MELO, BRUNO F.; OCHOA, LUZ E.; ROXO, FABIO F.; CHAKRABARTY, PROSANTA; et al. A Target Enrichment Bait Set for Studying Relationships among Ostariophysan Fishes. Copeia, v. 108, n. 1, p. 47-60, MAR 2020. (16/11313-8, 14/26508-3, 14/06853-8, 14/05051-5)

OCHOA, LUZ E.; ROXO, FABIO F.; DONASCIMIENTO, CARLOS; SABAJ, MARK H.; DATOVO, ALESSI; ALFARO, MICHAEL; OLIVEIRA, CLAUDIO. Multilocus analysis of the catfish family Trichomycteridae (Teleostei: Ostariophysi: Siluriformes) supporting a monophyletic Trichomycterinae. Molecular Phylogenetics and Evolution, v. 115, p. 71-81, OCT 2017. (15/13382-4, 14/06853-8, 14/26508-3, 15/00691-9, 10/17009-2, 14/05051-5)

OCHOA, LUZ E.; SILVA, GABRIEL S. C.; COSTA E SILVA, GUILHERME J.; OLIVEIRA, CLAUDIO; DATOVO, ALESSIO. New species of Trichomycterus (Siluriformes: Trichomycteridae) lacking pelvic fins from Paranapanema basin, southeastern Brazil. Zootaxa, v. 4319, n. 3, p. 550-560, SEP 13 2017. (15/13382-4, 14/06853-8)

Publicações acadêmicas

(Referências obtidas automaticamente das Instituições de Ensino e Pesquisa do Estado de São Paulo)

ORREGO, Luz Eneida Ochoa. Análise das relações filogenéticas e padrões de diversificação de Trichomycteridae (Teleostei, Siluriformes) utilizando sequências de DNA. 2018. Tese de Doutorado - Universidade Estadual Paulista (Unesp). Instituto de Biociências. Botucatu Botucatu.