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Efeito dos diferentes critérios de controle de qualidade dos genótipos em estudos de associação genômica ampla

Processo: 14/14431-6
Linha de fomento:Bolsas no Exterior - Estágio de Pesquisa - Mestrado
Vigência (Início): 01 de outubro de 2014
Vigência (Término): 31 de março de 2015
Área do conhecimento:Ciências Agrárias - Zootecnia - Genética e Melhoramento dos Animais Domésticos
Pesquisador responsável:Lucia Galvão de Albuquerque
Beneficiário:Tiago Bresolin
Supervisor no Exterior: Guilherme J. M. Rosa
Instituição-sede: Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias (FCAV). Universidade Estadual Paulista (UNESP). Campus de Jaboticabal. Jaboticabal , SP, Brasil
Local de pesquisa : University of Wisconsin-Madison (UW-Madison), Estados Unidos  
Vinculado à bolsa:13/26264-4 - Efeito da utilização de diferentes critérios de controle de qualidade dos genótipos em estudos de associação e seleção genômica ampla, BP.MS

Resumo

A partir do sequenciamento do genoma bovino, um grande número de ferramentas genômicas tornou-se disponível devido ao rápido avanço da tecnologia de marcadores de DNA. Com isso, foi proposta uma variação da seleção assistida por marcadores, chamada de seleção genômica, que utiliza informações de marcadores de polimorfismos de base única (SNPs) distribuídos por todo o genoma. Assim, chips de alta densidade foram desenvolvidos, onde os genótipos são lidos a partir da intensidade de sinal dos "spots". Porém, muitos fatores podem afetar a leitura dos genótipos e erros podem ocorrer na genotipagem de alguns SNPs e amostras, podendo levar a sub ou superestimação dos efeitos dos SNPs. No entanto, é possível remover esses erros de genotipagem utilizando alguns critérios de exclusão durante o controle de qualidade. Contudo, ainda existem divergências para os valores de limiares de exclusão atribuídos para cada um desses critérios e se existe ou não efeitos desses diferentes valores atribuídos sobre as análises de associação genômica ampla. Objetiva-se com este projeto avaliar o efeito dos diferentes critérios de controle de qualidade dos genótipos, em estudos de associação genômica ampla, em bovinos da raça Nelore, buscando definir critérios de edição adequados. Para isso serão utilizadas informações fenotípicas, genotípicas e de pedigree provenientes de fazendas que integram os programas de melhoramento genético da DeltaGen, Nelore Qualitas e CRV Paint. Os animais foram genotipados com o painel Illumina Bovine HD, que contem aproximadamente 777.000 SNPs. Serão aplicados diferentes níveis de exclusão de SNP ou amostras para os diversos critérios. As análises de associação genômica ampla serão realizadas utilizando-se modelo não linear sob abordagem Bayesiana (BAYES CÀ). Ao final espera-se definir critérios de edição adequados para os genótipos. (AU)