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Montagem e análises comparativas de genomas dos fungos fitopatógenos Moniliophthora (Agaricales, Basidiomycota) obtidos por sequenciamento de larga escala, usando métodos computacionais de alta performance

Processo: 14/09638-0
Modalidade de apoio:Bolsas no Brasil - Pós-Doutorado
Vigência (Início): 01 de agosto de 2014
Vigência (Término): 31 de maio de 2016
Área do conhecimento:Ciências Biológicas - Genética - Genética Molecular e de Microorganismos
Pesquisador responsável:Gonçalo Amarante Guimarães Pereira
Beneficiário:Juliana José
Instituição Sede: Instituto de Biologia (IB). Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP). Campinas , SP, Brasil
Vinculado ao auxílio:13/08293-7 - CECC - Centro de Engenharia e Ciências Computacionais, AP.CEPID
Assunto(s):Cacau   Biologia computacional   Evolução molecular
Palavra(s)-Chave do Pesquisador:Cacau | evolução molecular | Fitopatógeno | Fungo | genômica comparada | Bioinformática

Resumo

Moniliophthora perniciosa e M. roreri estão entre as poucas espécies da ordem Agaricales que evoluíram a fitopatogenicidade como forma de vida. As duas espécies são patógenas do cacaueiro (Theobroma cacao L.), responsáveis por duas graves doenças: a vassoura de bruxa e a monilíase. A quase ausência de fitopatógenos entre os grupos proximamente relacionados, o tempo relativamente pequeno de divergência e a alta variabilidade encontrada dentro de M. perniciosa, faz desse grupo um bom modelo para o estudo das modificações genômicas associadas à evolução da fitopatogenia e, futuramente, para o desenvolvimento de estratégias de controle das patogenias. Para o entendimento completo das regiões genômicas dessas espécies que se relacionam ao desenvolvimento da fitopatogenicidade, a análise genômica englobando uma perspectiva evolutiva é indispensável. Em um projeto anterior essa análise foi iniciada com a busca de famílias gênicas com expansão ou retração significativa nas espécies de Moniliophthora, quando comparadas à grupos filogeneticamente relacionados. Neste projeto propomos uma análise mais detalhada desses mecanismos genômicos, adicionando aos dados prévios a montagem de genomas de isolados dos biótipos C e S de M. perniciosa obtidos com sequenciamento em larga escala e analisando comparativamente as taxas de evolução de genes codantes dentro e entre espécies dos fungos desse grupo. Essas análises computacionais serão realizadas tanto para uma busca em escala genômica por genes e regiões com altas taxas de evolução, quanto para a análise comparativa mais refinada dos genes destacados nas buscas genômicas e dos que compõe as famílias já destacadas nos resultados anteriores.

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Publicações científicas
(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)
NASCIMENTO, LEANDRO COSTA; YANAGUI, KARINA; JOSE, JULIANA; CAMARGO, EDUARDO L. O.; GRASSI, MARIA CAROLINA B.; CUNHA, CAMILA P.; BRESSIANI, JOSE PRIME ANTONIO; CARVALHO, GUILHERME M. A.; CARVALHO, CARLOS ROBERTO; PRADO, PAULA F.; et al. Unraveling the complex genome of Saccharum spontaneum using Polyploid Gene Assembler. DNA Research, v. 26, n. 3, p. 205-216, . (13/08293-7, 14/09638-0, 12/05890-1)

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