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Montagem e análises comparativas de genomas dos fungos fitopatógenos Moniliophthora (Agaricales, Basidiomycota) obtidos por sequenciamento de larga escala, usando métodos computacionais de alta performance

Processo: 14/09638-0
Linha de fomento:Bolsas no Brasil - Pós-Doutorado
Vigência (Início): 01 de agosto de 2014
Vigência (Término): 31 de maio de 2016
Área do conhecimento:Ciências Biológicas - Genética - Genética Molecular e de Microorganismos
Pesquisador responsável:Gonçalo Amarante Guimarães Pereira
Beneficiário:Juliana José
Instituição-sede: Instituto de Biologia (IB). Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP). Campinas , SP, Brasil
Vinculado ao auxílio:13/08293-7 - CECC - Centro de Engenharia e Ciências Computacionais, AP.CEPID
Assunto(s):Cacau   Biologia computacional   Evolução molecular

Resumo

Moniliophthora perniciosa e M. roreri estão entre as poucas espécies da ordem Agaricales que evoluíram a fitopatogenicidade como forma de vida. As duas espécies são patógenas do cacaueiro (Theobroma cacao L.), responsáveis por duas graves doenças: a vassoura de bruxa e a monilíase. A quase ausência de fitopatógenos entre os grupos proximamente relacionados, o tempo relativamente pequeno de divergência e a alta variabilidade encontrada dentro de M. perniciosa, faz desse grupo um bom modelo para o estudo das modificações genômicas associadas à evolução da fitopatogenia e, futuramente, para o desenvolvimento de estratégias de controle das patogenias. Para o entendimento completo das regiões genômicas dessas espécies que se relacionam ao desenvolvimento da fitopatogenicidade, a análise genômica englobando uma perspectiva evolutiva é indispensável. Em um projeto anterior essa análise foi iniciada com a busca de famílias gênicas com expansão ou retração significativa nas espécies de Moniliophthora, quando comparadas à grupos filogeneticamente relacionados. Neste projeto propomos uma análise mais detalhada desses mecanismos genômicos, adicionando aos dados prévios a montagem de genomas de isolados dos biótipos C e S de M. perniciosa obtidos com sequenciamento em larga escala e analisando comparativamente as taxas de evolução de genes codantes dentro e entre espécies dos fungos desse grupo. Essas análises computacionais serão realizadas tanto para uma busca em escala genômica por genes e regiões com altas taxas de evolução, quanto para a análise comparativa mais refinada dos genes destacados nas buscas genômicas e dos que compõe as famílias já destacadas nos resultados anteriores.

Matéria(s) publicada(s) na Agência FAPESP sobre a bolsa:
Software localiza genes de interesse na cana-de-açúcar 
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ChileBIO (Chile): Desarrollan software para reconstruir genomas complejos como el de la caña de azúcar (06/Jun/2019)
Fundacion Antama (Espanha): Desarrollan software para reconstruir genomas complejos como el de la caña de azúcar (03/Jun/2019)
Phorum - Gmoforum.agrobiology.eu (República Tcheca): Software Locates Sugarcane Genes Of Interest (31/Mai/2019)
European Seed (Reino Unido) online: Software Locates Sugarcane Genes Of Interest (27/Mai/2019)
Hatri - High Agricultural Technology Research Institute For Mekong Delta (Vietnã): Software locates sugarcane genes of interest (27/Mai/2019)
Institute Of Agricultural Science For Southern Vietnam - Vien Khoa Hoc Ky Thuat Nong Nghiep Mien Nam (Vietnã): Software Locates Sugarcane Genes Of Interest (26/Mai/2019)
LabNetwork: Software localiza genes de interesse na cana-de-açúcar (23/Mai/2019)
Rural Pecuária: Software localiza genes de interesse na cana-de-açúcar (22/Mai/2019)
International Service for the Acquisition of Agri-biotech Applications (Filipinas): Software Locates Sugarcane Genes of Interest (22/Mai/2019)
Diário do Poder: Software localiza genes de interesse na cana-de-açúcar (22/Mai/2019)
Biocana: Software localiza genes de interesse na cana-de-açúcar (22/Mai/2019)
Canal – Jornal da Bioenergia online: Software localiza genes de interesse na cana-de-açúcar (22/Mai/2019)
O Estado (MS) online: Software localiza genes de interesse na cana-de (21/Mai/2019)
Portal Canaonline: Software localiza genes de interesse na cana-de (21/Mai/2019)
Brasilagro: Software localiza genes de interesse na cana-de (21/Mai/2019)
Portal Neo Mondo: Software localiza genes de interesse na cana-de-açúcar (21/Mai/2019)
Canal da Cana: Software localiza genes de interesse na cana-de (21/Mai/2019)
UDOP - União dos Produtores de Bioenergia: Software localiza genes de interesse na cana-de (21/Mai/2019)
Revista RPANews: Software localiza genes de interesse na cana-de-açúcar (21/Mai/2019)
Blog do Lúcio Sorge: Software localiza genes de interesse na cana-de (21/Mai/2019)
Planeta Universitário: Software localiza genes de interesse na cana-de-açúcar (21/Mai/2019)
CeiseBr - Centro Nacional das Indústrias do Setor Sucroenergético e Biocombustíveis: Software localiza genes de interesse na cana-de-açúcar (21/Mai/2019)
Revista Cultivar Máquinas online: Software localiza genes de interesse na cana-de (21/Mai/2019)
O Estado (MS) online: Software localiza genes de interesse na cana-de-açúcar (21/Mai/2019)
Portal CanaMix : Software localiza genes de interesse na cana-de-açúcar (20/Mai/2019)
UNICAMP - Universidade Estadual de Campinas: Software localiza genes de interesse na cana-de-açúcar (20/Mai/2019)
AgroNews (China): Software locates sugarcane genes of interest (17/Mai/2019)
Seed World (EUA): Software Locates Sugarcane Genes of Interest (16/Mai/2019)
Enggtalks (Índia): Software locates sugarcane genes of interest (15/Mai/2019)
Brightsurf: Software locates sugarcane genes of interest (15/Mai/2019)
Phys.Org (Reino Unido): Software locates sugarcane genes of interest (15/Mai/2019)
7thSpace: Software locates sugarcane genes of interest (15/Mai/2019)
Pharma Jobs: Software locates sugarcane genes of interest (15/Mai/2019)
Bioengineer (Reino Unido): Software locates sugarcane genes of interest (15/Mai/2019)
Scienstack: Software Locates Sugarcane Genes of Interest (15/Mai/2019)

Publicações científicas
(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)
NASCIMENTO, LEANDRO COSTA; YANAGUI, KARINA; JOSE, JULIANA; CAMARGO, EDUARDO L. O.; GRASSI, MARIA CAROLINA B.; CUNHA, CAMILA P.; BRESSIANI, JOSE PRIME ANTONIO; CARVALHO, GUILHERME M. A.; CARVALHO, CARLOS ROBERTO; PRADO, PAULA F.; MIECZKOWSKI, PIOTR; PEREIRA, GONCALO A. G.; CARAZZOLLE, MARCELO F. Unraveling the complex genome of Saccharum spontaneum using Polyploid Gene Assembler. DNA Research, v. 26, n. 3, p. 205-216, JUN 2019. Citações Web of Science: 1.

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