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Desenvolvimento de infraestrutura e ferramentas integradas ao projeto SUCEST-FUN, para montagem e anotação do genoma da cana-de-açúcar

Processo: 14/17877-5
Linha de fomento:Bolsas no Brasil - Programa Capacitação - Treinamento Técnico
Vigência (Início): 01 de setembro de 2014
Vigência (Término): 31 de outubro de 2015
Área do conhecimento:Ciências Biológicas - Bioquímica - Biologia Molecular
Convênio/Acordo: FAPEMIG
Pesquisador responsável:Glaucia Mendes Souza
Beneficiário:Marcos Labriola
Instituição-sede: Instituto de Química (IQ). Universidade de São Paulo (USP). São Paulo , SP, Brasil
Vinculado ao auxílio:08/52146-0 - Sugarcane signaling and regulatory networks, AP.BIOEN.TEM
Assunto(s):Cana-de-açúcar   Genomas   Transcriptoma   Biologia computacional   Análise de sequência de DNA

Resumo

O projeto temático tem como objetivo principal os estudos da Biologia Sistêmica em cana-de-açúcar e a identificação de redes regulatórias. O sequenciamento e estudo do genoma da cana-de-açúcar são essenciais para tal entendimento. Devido à grande complexidade do genoma da cana, com centenas de cópias cromossômicas, é importante o desenvolvimento de metodologias e ferramentas para a anotação do genoma da cana-de-açúcar com identificação de genes, de regiões promotoras e predição de motivos regulatórios. Utilizando ferramentas adequadas será possível comparar o genoma de cana-de-açúcar com de outras gramíneas como arroz, sorgo e milho. Com o genoma da cana serão possíveis estudos de variação alélica, identificação de genes parálogos e ortólogos entre outras gramíneas, e suporte para experimentos como ChIP-Seq, associando fatores de transcrição e genes, além da identificação de microsatélites. O sequenciamento do genoma da cana está sendo realizado nas plataformas 454 da Roche, HiSeq da Illumina e mais recentemente Moleculo, além de termos dados de RNA-Seq Ion Torrent PGM. O grande volume de dados, somado ao alto grau de complexidade do genoma, exige o desenvolvimento de metodologias e ferramentas para produzir e sempre atualizar montagens de qualidade, realizar a anotação do genoma da cana e tudo deve estar agregado em uma plataforma de análises compostas por bancos de dados, interfaces web e ferramentas de prospecção dos dados. (AU)