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Análise do transcriptoma de cana-de-açúcar e de alterações metabólicas ao longo do ciclo de maturação da planta

Processo: 14/07828-7
Linha de fomento:Bolsas no Brasil - Mestrado
Vigência (Início): 01 de setembro de 2014
Vigência (Término): 30 de abril de 2016
Área do conhecimento:Ciências Biológicas - Genética - Genética Vegetal
Convênio/Acordo: Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)
Pesquisador responsável:Glaucia Mendes Souza
Beneficiário:Davi Toshio Inada
Instituição-sede: Instituto de Química (IQ). Universidade de São Paulo (USP). São Paulo , SP, Brasil
Assunto(s):Cana-de-açúcar   Maturação vegetal   Genoma Cana-de-Açúcar - SucEST   Biologia de sistemas   Metaboloma   Transcriptoma   Biologia computacional

Resumo

A cana-de-açúcar possui uma significativa contribuição no contexto da economia brasileira sendo utilizada como fonte alternativa de combustível e para a produção de açúcar, e apresenta grande potencial para superar os desafios relacionados aos combustíveis fósseis. Estudos moleculares foram conduzidos com a cana-de-açúcar até o presente momento; como o sequenciamento de EST's (Etiquetas de Sequencias Expressas) pelo projeto SUCEST. Estudos de expressão gênica e do metaboloma da cana também foram conduzidos no intuito de melhor compreender o processo de acúmulo da sacarose em variadas condições de ambiente. Visando o interesse no melhoramento genético para a produção de novas cultivares, muitos mecanismos ainda necessitam de um maior entendimento. O presente projeto tem como objetivos principais: (I) analisar conjuntamente os dados de transcriptômica e metabolômica obtidos a partir de amostras de cana de uma variedade comercial ao longo de alguns pontos do amadurecimento no ciclo de produção utilizando a plataforma LC-MS; (II) implementar ferramentas de bioinformática para identificação dos metabólitos; (III) implementar ou desenvolver ferramentas de bioinformática para análise de vias alteradas em diferentes tecidos e pontos experimentais e (IV) implementar ou desenvolver ferramentas de bioinformática para a integração dos dados de transcriptoma e metaboloma. Espera-se que uma análise integrada de genes identificados no sequenciamento do genoma da cana, com seus dados de expressão em diversos tecidos da planta e com níveis de metabólitos associados às respectivas vias metabólicas possa auxiliar na definição dos principais alvos ou redes de genes a serem manipulados para o melhoramento da planta, aumento de produtividade e teor de sacarose. (AU)