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Detecção de espécies de anuros em riachos de Mata Atlântica por meio de DNA ambiental

Processo: 14/06795-8
Linha de fomento:Bolsas no Brasil - Mestrado
Vigência (Início): 01 de novembro de 2014
Vigência (Término): 29 de fevereiro de 2016
Área do conhecimento:Ciências Biológicas - Ecologia - Ecologia Aplicada
Convênio/Acordo: Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)
Pesquisador responsável:Marcio Roberto Costa Martins
Beneficiário:Thais Sasso Lopes
Instituição-sede: Instituto de Biociências (IB). Universidade de São Paulo (USP). São Paulo , SP, Brasil
Vinculado ao auxílio:13/50741-7 - Diversidade e conservação dos anfíbios brasileiros, AP.BTA.TEM
Assunto(s):Anfíbios   Inventários de fauna   Anura   Leptodactylidae   Mata Atlântica   DNA   Sequenciamento de nova geração

Resumo

DNA ambiental (environmental DNA, eDNA) é o termo designado a fragmentos de material genômico nuclear ou mitocondrial presente diluído no ambiente. A detecção de DNA de macro-organismos em amostras de água tem se mostrado uma eficiente metodologia para documentar a presença de espécies nativas ou exóticas em ambientes aquáticos, especialmente espécies com baixas densidades. O recente avanço de ferramentas de sequenciamento de nova geração (Next-Generation Sequencers, NGS) juntamente com o desenvolvimento de marcadores moleculares capazes de se ligar a trechos de DNA degradado impulsionaram o uso de eDNA em diferentes abordagens ecológicas, como levantamento de fauna, estudo de dieta e conservação. O isolamento de eDNA de vertebrados aquáticos foi recentemente testado com sucesso em ambientes como lagos, lagoas e reservatórios de água. Porém, a detectabilidade de eDNA em sistemas lóticos como riachos, onde o fluxo da corrente é capaz de afastar o material genônimo do seu ponto de origem, ainda foi pouco investigado. Nosso objetivo será testar a eficiência desta nova metodologia em levantamento de fauna em quatro riachos em uma área de domínio de Mata Atlântica, Brasil. Uma porção do gene mitocondrial Citocromo b (Cytochrome-b, Cyt-b) de anfíbios será verificada por meio de Reação em Cadeia de Polimerase Quantitativo (qPCR) em amostras de água. Três espécies de anfíbios anuros serão analisadas (Cycloramphus boraceiensis, Hylodes phyllodes e H. asper). Além disso, embora o eDNA possibilite uma nova intervenção no monitoramento de organismos, capaz de identificar espécies por esforço amostral maior do que métodos tradicionais, estudos adicionais são necessários para compreender o efeito que diversos fatores podem ter na validação dessa técnica. Portanto, será também investigado se a quantidade de eDNA amostrado reflete as abundâncias das espécies em campo e se a detecção de eDNA varia ao longo de diferentes estações. A abundância de cada espécie será registrada por meio de encontro visual em cada riacho. As coletas ocorrerão nas estações secas e chuvosas (julho e agosto de 2014, janeiro e fevereiro de 2015, respectivamente). Dessa forma, pretendemos contribuir para o aprimoramento desta nova técnica, crucial para a garantir sua confiabilidade e expandir sua aplicação a um maior número de espécies e ambientes. (AU)

Publicações científicas
(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)
SASSO, THAIS; LOPES, CARLA M.; VALENTINI, ALICE; DEJEAN, TONY; ZARNUDIO, KELLY R.; HADDAD, CELIO F. B.; MARTINS, MARCIO. Environmental DNA characterization of amphibian communities in the Brazilian Atlantic forest: Potential application for conservation of a rich and threatened fauna. Biological Conservation, v. 215, p. 225-232, NOV 2017. Citações Web of Science: 2.
Publicações acadêmicas
(Referências obtidas automaticamente das Instituições de Ensino e Pesquisa do Estado de São Paulo)
LOPES, Thais Sasso. Padrões espaciais e temporais de ocorrência de anuros em riachos de Mata Atlântica e sua detecção por meio de DNA ambiental. 2016. Dissertação de Mestrado - Universidade de São Paulo (USP). Instituto de Biociências São Paulo.

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