Detecção de espécies de anuros em riachos de Mata Atlântica por meio de DNA ambiental

• Processo: 14/06795-8
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Mestrado
• Data de Início da vigência: 01 de novembro de 2014
• Data de Término da vigência: 29 de fevereiro de 2016
• Área de conhecimento: Ciências Biológicas - Ecologia - Ecologia Aplicada
• Acordo de Cooperação: Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)
• Pesquisador responsável: Marcio Roberto Costa Martins
• Beneficiário: Thais Sasso Lopes
• Instituição Sede: Instituto de Biociências (IB). Universidade de São Paulo (USP). São Paulo , SP, Brasil
• Vinculado ao auxílio: 13/50741-7 - Diversidade e conservação dos anfíbios brasileiros, AP.BTA.TEM
• Assunto(s): Anfíbios Inventários de fauna Anura Leptodactylidae Mata Atlântica DNA Sequenciamento de nova geração
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: abundância | Conservação | detecção molecular | levantamento de fauna | Ecologia de Anfíbios

Resumo

DNA ambiental (environmental DNA, eDNA) é o termo designado a fragmentos de material genômico nuclear ou mitocondrial presente diluído no ambiente. A detecção de DNA de macro-organismos em amostras de água tem se mostrado uma eficiente metodologia para documentar a presença de espécies nativas ou exóticas em ambientes aquáticos, especialmente espécies com baixas densidades. O recente avanço de ferramentas de sequenciamento de nova geração (Next-Generation Sequencers, NGS) juntamente com o desenvolvimento de marcadores moleculares capazes de se ligar a trechos de DNA degradado impulsionaram o uso de eDNA em diferentes abordagens ecológicas, como levantamento de fauna, estudo de dieta e conservação. O isolamento de eDNA de vertebrados aquáticos foi recentemente testado com sucesso em ambientes como lagos, lagoas e reservatórios de água. Porém, a detectabilidade de eDNA em sistemas lóticos como riachos, onde o fluxo da corrente é capaz de afastar o material genônimo do seu ponto de origem, ainda foi pouco investigado. Nosso objetivo será testar a eficiência desta nova metodologia em levantamento de fauna em quatro riachos em uma área de domínio de Mata Atlântica, Brasil. Uma porção do gene mitocondrial Citocromo b (Cytochrome-b, Cyt-b) de anfíbios será verificada por meio de Reação em Cadeia de Polimerase Quantitativo (qPCR) em amostras de água. Três espécies de anfíbios anuros serão analisadas (Cycloramphus boraceiensis, Hylodes phyllodes e H. asper). Além disso, embora o eDNA possibilite uma nova intervenção no monitoramento de organismos, capaz de identificar espécies por esforço amostral maior do que métodos tradicionais, estudos adicionais são necessários para compreender o efeito que diversos fatores podem ter na validação dessa técnica. Portanto, será também investigado se a quantidade de eDNA amostrado reflete as abundâncias das espécies em campo e se a detecção de eDNA varia ao longo de diferentes estações. A abundância de cada espécie será registrada por meio de encontro visual em cada riacho. As coletas ocorrerão nas estações secas e chuvosas (julho e agosto de 2014, janeiro e fevereiro de 2015, respectivamente). Dessa forma, pretendemos contribuir para o aprimoramento desta nova técnica, crucial para a garantir sua confiabilidade e expandir sua aplicação a um maior número de espécies e ambientes. (AU)

Publicações científicas

(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)

SASSO, THAIS; LOPES, CARLA M.; VALENTINI, ALICE; DEJEAN, TONY; ZARNUDIO, KELLY R.; HADDAD, CELIO F. B.; MARTINS, MARCIO. Environmental DNA characterization of amphibian communities in the Brazilian Atlantic forest: Potential application for conservation of a rich and threatened fauna. Biological Conservation, v. 215, p. 225-232, NOV 2017. (06/58011-4, 10/50146-3, 16/14054-3, 13/50741-7, 14/06795-8)

Publicações acadêmicas

(Referências obtidas automaticamente das Instituições de Ensino e Pesquisa do Estado de São Paulo)

LOPES, Thais Sasso. Padrões espaciais e temporais de ocorrência de anuros em riachos de Mata Atlântica e sua detecção por meio de DNA ambiental. 2016. Dissertação de Mestrado - Universidade de São Paulo (USP). Instituto de Biociências (IBIOC/SB) São Paulo.