Análise do perfil de expressão por RNA-seq e identificação de genes envolvidos na resposta ao frio em seringueira

• Processo: 14/18755-0
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Pós-Doutorado
• Vigência (Início): 01 de novembro de 2014
• Situação: Interrompido
• Área do conhecimento: Ciências Biológicas - Genética - Genética Vegetal
• Acordo de Cooperação: Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)
• Pesquisador responsável: Anete Pereira de Souza
• Beneficiário: Camila Campos Mantello
• Instituição Sede: Centro de Biologia Molecular e Engenharia Genética (CBMEG). Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP). Campinas , SP, Brasil
• Assunto(s): Transcriptoma Marcador molecular Hevea Seringueira
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: Hevea brasiliensis | marcadores moleculares | Snp | Ssr | tolerância ao frio | Transcriptoma | Gônômica Vegetal e Melhoramento de Plantas

Resumo

A borracha natural é utilizada para fabricação de mais de 40.000 produtos tendo papel fundamental na indústria de pneus. Dentre todas as espécies que produzem látex, a seringueira [Hevea brasiliensis (Willd. ex Adr. de Juss.) Muell-Arg.], planta nativa da região Amazônica, é a maior fonte de borracha natural do mundo. Apesar de a seringueira ser uma planta nativa da região Amazônica onde as condições são ótimas para seu crescimento e produtividade, nesta região ocorre o fungo Microcyclus ulei causador do SALB (South American leaf bligth) ou mal-das-folhas, principal doença que acomete a heveicultura no Brasil. Dessa forma, o plantio da seringueira se expandiu para áreas de escape que apresentam novas condições de estresse como vento e temperaturas mais baixas e por este motivo, o melhoramento genético vem buscando clones adaptados a estas regiões. Como o ciclo de melhoramento genético da seringueira, que vai do cruzamento para obtenção das progênies recombinantes até a recomendação final, demora aproximadamente 30 anos para se concretizar, torna-se fundamental o desenvolvimento de novas técnicas de avaliação precoce, que possibilitem diminuir e otimizar as avaliações para esta cultura. Técnicas como o sequenciamento de RNA mensageiro (RNAm) em plataformas de sequenciamento de nova geração (RNA-seq) se tornaram uma ferramenta importante, auxiliando a busca de genes responsáveis por caracteres agronômicos de interesse. O RNA-seq permite obter o perfil do transcriptoma, além de ser ponto de partida para a identificação de transcritos novos e/ou raros e é uma ferramenta poderosa para estudos de expressão gênica. Até o momento, estão disponíveis transcriptomas descritivos de seringueira obtidos por RNA-seq, para tecidos como folha, látex e painel, porém nenhum destes trabalhos teve como objetivo estudar o perfil de expressão gênica sob condições de estresse importantes para os programas de melhoramento. Dessa forma, o presente trabalho tem como objetivo traçar o perfil de expressão gênica em resposta ao frio e identificar genes envolvidos na tolerância a este estresse, bem como identificar marcadores microssatélites (SSRs- Simple Sequence Repeats) e Single Nucleotide Polymorphisms (SNPs) relacionados aos genes de interesse. (AU)

Publicações científicas

(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)

CONSON, ANDRE R. O.; TANIGUTI, CRISTIANE H.; AMADEU, RODRIGO R.; ANDREOTTI, ISABELA A. A.; DE SOUZA, LIVIA M.; DOS SANTOS, LUCIANO H. B.; ROSA, JOAO R. B. F.; MANTELLO, CAMILA C.; DA SILVA, CARLA C.; SCALOPPI JUNIOR, ERIVALDO JOSE; et al. High-Resolution Genetic Map and QTL Analysis of Growth-Related Traits of Hevea brasiliensis Cultivated Under Suboptimal Temperature and Humidity Conditions. FRONTIERS IN PLANT SCIENCE, v. 9, AUG 24 2018. (07/50392-1, 15/24346-9, 12/50491-8, 11/50188-0, 09/52975-0, 14/11807-5, 12/05473-1, 17/07908-9, 14/18755-0)

DE SOUZA, LIVIA M.; DOS SANTOS, LUCIANO H. B.; ROSA, JOAO R. B. F.; DA SILVA, CARLA C.; MANTELLO, CAMILA C.; CONSON, ANDRE R. O.; SCALOPPI, JR., ERIVALDO J.; FIALHO, JOSEFINO DE F.; DE MORAES, MARIO LUIZ T.; GONCALVES, PAULO DE S.; et al. Linkage Disequilibrium and Population Structure in Wild and Cultivated Populations of Rubber Tree (Hevea brasiliensis). FRONTIERS IN PLANT SCIENCE, v. 9, JUL 3 2018. (12/50491-8, 11/50188-0, 14/11807-5, 17/07908-9, 09/52975-0, 14/18755-0, 12/05473-1, 07/50392-1)

MANTELLO, CAMILA CAMPOS; BOATWRIGHT, LUCAS; DA SILVA, CARLA CRISTINA; SCALOPPI, ERIVALDO JOSE; GONCALVES, PAULO DE SOUZA; BARBAZUK, W. BRAD; DE SOUZA, ANETE PEREIRA. Deep expression analysis reveals distinct cold-response strategies in rubber tree (Hevea brasiliensis). BMC Genomics, v. 20, JUN 4 2019. (07/50392-1, 14/18755-0, 15/24346-9, 12/50491-8)