Investigação da associação de variações genéticas na suscetibilidade à doença periodontal crônica por meio de OpenArray®

• Processo: 14/13295-1
• Modalidade de apoio: Bolsas no Brasil - Doutorado
• Data de Início da vigência: 01 de dezembro de 2014
• Data de Término da vigência: 31 de março de 2018
• Área de conhecimento: Ciências da Saúde - Odontologia - Periodontia
• Acordo de Cooperação: Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)
• Pesquisador responsável: Raquel Mantuaneli Scarel Caminaga
• Beneficiário: Rafael Nepomuceno Oliveira
• Instituição Sede: Faculdade de Odontologia (FOAr). Universidade Estadual Paulista (UNESP). Campus de Araraquara. Araraquara , SP, Brasil
• Bolsa(s) vinculada(s): 16/18313-3 - Investigação da susceptibilidade de variações genéticas a Periodontite Crônica por OpenArray®: Bioestatística, Bioinformática e Análise Funcional, BE.EP.DR
• Assunto(s): Polimorfismo genético Periodontite crônica
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: periodontite crônica | Polimorfismo genético | Genética

Resumo

Estudos relatam que polimorfismos em genes, como por exemplo, os que codificam citocinas, podem afetar a suscetibilidade à DP. Para otimizar a análise de vários nucleotídeos de base única (SNPs), atualmente têm sido empregadas tecnologias de alto desempenho, como microarrays. Apesar de existirem vários estudos enfocando a associação de polimorfismos genéticos com a DP, mais estudos ainda se fazem necessários, pois ainda não foram identificados polimorfismos que possam ser considerados marcadores genéticos da DP na população Brasileira, além do fato que muitos outros genes com funções biológicas importantes (não apenas do sistema imune) foram pouco ou nunca estudados. O objetivo deste estudo é investigar SNPs em genes candidatos numa população Brasileira composta de indivíduos com Doença Periodontal Crônica comparados a indivíduos saudáveis, buscando identificar SNPs que possam influenciar a suscetibilidade à DP crônica. De acordo com o cálculo amostral, após exame periodontal completo e detalhado, um total de, no mínimo, 722 pacientes serão selecionados e divididos em dois grupos de acordo com os critérios definidos pela CDC/AAP (Centers for Disease Control and Prevention / American Academy of Periodontology): (i) Grupo A (n=361): pacientes com periodontitie severa ou periodontite moderada; Grupo B (n=361): pacientes com periodontite leve e pacientes saudáveis. Será solicitado a cada indivíduo que realize um bochecho com solução de glicose para que seja feita a extração do DNA. Para a seleção dos SNPs foi utilizado o programa HAPLOVIEW a partir de dados do banco do International HapMap Project. Serão investigados 81 SNPs distribuídos entre genes com Meta-análise realizada para DP, genes candidatos a partir de prévios estudos GWAS (Genome-Wide Association Study) ou de Bioinformática, e genes relacionados à resposta Th17 e processo oxidativo. Cada SNP será investigado por meio de reações de PCR (Polimerase Chain Reaction) em Tempo Real, utilizando o sistema de genotipagem TaqMan® OpenArrayTM (Applied Biosystems). O processamento dos dados provenientes das genotipagens e o cálculo das frequências alélicas (Minimum Allele Frequency - MAF) dos SNPs serão realizados, assim como o equilíbrio de Hardy-Weinberg e o grau de desequilíbrio de ligação entre os SNPs. A análise de regressão logística múltipla será realizada buscando-se ajustar os resultados às variáveis como idade, gênero e tabagismo, utilizando o ambiente R. Os resultados estatísticos serão corrigidos para múltiplos testes utilizando a correção de Bonferroni. Espera-se com este trabalho ter validação (ou não) na nossa população de polimorfismos previamente já associados à DP, além de resultados inéditos relacionados a polimorfismos nunca investigados na nossa população. Pelo detalhado exame clínico, e após robusta análise estatística, os SNPs poderão ser associados (ou não) à suscetibilidade e/ou severidade da DP. Esses resultados poderão efetivamente contribuir para a obtenção de marcadores genéticos para a DP na nossa população. (AU)

Publicações científicas

(9)

(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)

NEPOMUCENO, RAFAEL; PIGOSSI, SUZANE C.; FINOTI, LIVIA S.; ORRICO, SILVANA R. P.; CIRELLI, JONI A.; BARROS, SILVANA P.; OFFENBACHER, STEVEN; SCAREL-CAMINAGA, RAQUEL M.. Serum lipid levels in patients with periodontal disease: A meta-analysis and meta-regression. JOURNAL OF CLINICAL PERIODONTOLOGY, v. 44, n. 12, p. 1192-1207, DEC 2017. (16/18313-3, 14/13295-1)

DA SILVA, BARBARA ROQUE; CIRELLI, THAMIRIS; NEPOMUCENO, RAFAEL; THEODORO, LETICIA HELENA; ORRICO, SILVANA R. P.; CIRELLI, JONI A.; BARROS, SILVANA P.; SCAREL-CAMINAGA, RAQUEL M.. Functional haplotype in the Interleukin8 (CXCL8) gene is associated with type 2 Diabetes Mellitus and Periodontitis in Brazilian population. DIABETES & METABOLIC SYNDROME-CLINICAL RESEARCH & REVIEWS, v. 14, n. 6, p. 1665-1672, NOV-DEC 2020. (14/13295-1, 16/03753-8, 16/18313-3, 16/25418-6, 18/26367-1, 16/08070-6)

CIRELLI, THAMIRIS; NEPOMUCENO, RAFAEL; ORRICO, SILVANA R. P.; ROSSA, JR., CARLOS; CIRELLI, JONI A.; NORTH, KARI E.; GRAFF, MARIAELISA; BARROS, SILVANA P.; SCAREL-CAMINAGA, RAQUEL M.. Validation in a Brazilian population of gene markers of periodontitis previously investigated by GWAS and bioinformatic studies. Journal of Periodontology, v. 92, n. 5, p. 689-703, MAY 2021. (16/03753-8, 16/18313-3, 14/13295-1)

CIRELLI, THAMIRIS; NEPOMUCENO, RAFAEL; RIOS, ANA CLAUDIA S.; ORRICO, SILVANA R. P.; CIRELLI, JONI A.; THEODORO, LETICIA H.; BARROS, SILVANA P.; SCAREL-CAMINAGA, RAQUEL M.. Genetic polymorphisms in theInterleukins IL1B, IL4,andIL6are associated with concomitant periodontitis and type 2 diabetes mellitus in Brazilian patients. JOURNAL OF PERIODONTAL RESEARCH, v. 55, n. 6, p. 13-pg., 2020-07-09. (16/08070-6, 14/13295-1, 16/03753-8, 16/18313-3)

RIMACHI HIDALGO, MARCO A.; CIRELLI, THAMIRIS; DA SILVA, BARBARA ROQUE; NICCHIO, INGRA GAGNO; NEPOMUCENO, RAFAEL; ORRICO, SILVANA R. P.; CIRELLI, JONI A.; THEODORO, LETICIA HELENA; BARROS, SILVANA P.; SCAREL-CAMINAGA, RAQUEL M.. Polymorphisms and haplotypes in the Interleukin 17 Alfa gene: potential effect of smoking habits in the association with periodontitis and type 2 diabetes mellitus. MOLECULAR BIOLOGY REPORTS, v. 48, n. 2, FEB 2021. (18/26367-1, 16/03753-8, 16/08070-6, 16/18313-3, 14/13295-1)

SILVA, ARLES NAISA AMARAL; NICCHIO, INGRA GAGNO; DA SILVA, BARBARA ROQUE; MARTELLI, MAURICIO GANDINI GIANI; HIDALGO, MARCO A. RIMACHI; NEPOMUCENO, RAFAEL; THEODORO, LETICIA H.; CIRELLI, JONI A.; ORRICO, SILVANA R. P.; CIRELLI, THAMIRIS; et al. Polymorphisms in risk genes of type 2 diabetes mellitus could be also markers of susceptibility to periodontitis. ARCHIVES OF ORAL BIOLOGY, v. 143, p. 12-pg., 2022-09-01. (16/18313-3, 16/08070-6, 14/13295-1)

CIRELLI, THAMIRIS; NICCHIO, INGRA G.; BUSSANELI, DIEGO G.; SILVA, BARBARA R.; NEPOMUCENO, RAFAEL; ORRICO, SILVANA R. P.; CIRELLI, JONI A.; THEODORO, LETICIA H.; BARROS, SILVANA P.; SCAREL-CAMINAGA, RAQUEL M.. Evidence Linking PPARG Genetic Variants with Periodontitis and Type 2 Diabetes Mellitus in a Brazilian Population. INTERNATIONAL JOURNAL OF MOLECULAR SCIENCES, v. 24, n. 7, p. 17-pg., 2023-04-01. (16/08070-6, 16/03753-8, 14/13295-1, 16/18313-3, 18/26367-1)

CIRELLI, THAMIRIS; NEPOMUCENO, RAFAEL; RIOS, ANA CLAUDIA S.; ORRICO, SILVANA R. P.; CIRELLI, JONI A.; THEODORO, LETICIA H.; BARROS, SILVANA P.; SCAREL-CAMINAGA, RAQUEL M.. Genetic polymorphisms in theInterleukins IL1B, IL4,andIL6are associated with concomitant periodontitis and type 2 diabetes mellitus in Brazilian patients. JOURNAL OF PERIODONTAL RESEARCH, v. 55, n. 6, JUL 2020. (14/13295-1, 16/18313-3, 16/03753-8, 16/08070-6)

CIRELLI, THAMIRIS; NEPOMUCENO, RAFAEL; GOVEIA, JESSICA MARINA; ORRICO, SILVANA R. P.; CIRELLI, JONI A.; THEODORO, LETICIA HELENA; BARROS, SILVANA P.; SCAREL-CAMINAGA, RAQUEL M.. Association of type 2 diabetes mellitus and periodontal disease susceptibility with genome-wide association-identified risk variants in a Southeastern Brazilian population. CLINICAL ORAL INVESTIGATIONS, v. 25, n. 6, JAN 2021. (18/26367-1, 14/13295-1, 16/18313-3, 16/08070-6, 16/03753-8)

Publicações acadêmicas

(Referências obtidas automaticamente das Instituições de Ensino e Pesquisa do Estado de São Paulo)

OLIVEIRA, Rafael Nepomuceno. Investigação de polimorfismos genéticos e metabolismo lipídico com doença periodontal crônica: metanálise e estudo caso-controle. 2018. Tese de Doutorado - Universidade Estadual Paulista (Unesp). Faculdade de Odontologia. Araraquara Araraquara.