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Montagem genômica do ciclídeo Astatotilapia latifasciata com foco em genômica populacional de polimorfimo de cromossomo b

Processo: 14/17683-6
Linha de fomento:Bolsas no Brasil - Mestrado
Vigência (Início): 01 de março de 2015
Vigência (Término): 30 de junho de 2017
Área do conhecimento:Ciências Biológicas - Genética - Genética Animal
Pesquisador responsável:César Martins
Beneficiário:Maryam Jehangir
Instituição-sede: Instituto de Biociências (IBB). Universidade Estadual Paulista (UNESP). Campus de Botucatu. Botucatu , SP, Brasil
Assunto(s):Citogenética   Genômica   Genomas   Cromossomos B   Astatotilapia latifasciata

Resumo

Cromossomos B em A. latifasciata tem sido estudado com foco em citogenética. As tecnologias de sequenciamento de próxima geração (NGS) podem ser utilizadas para análises genômicas em larga escala. Apesar do poder de sequenciamento do NGS, o curto tamanho das sequências geradas cria sérias limitações às muitas aplicações biológicas. O genoma do peixe ciclídeo A. latifasciata vem sendo explorados como modelo para investigar cromossomos B. A montagem do genoma de A. latifasciata não foi ainda realizado. O foco principal deste estudo será analisar e montar o genoma de A. latifasciata sem cromossomos B (0B) baseado em alta cobertura obtidas pelas plataformas Illumina e PacBio. Além disso, alta cobertura de dados será obtida para genomas de machos e fêmeas com 0B, 1B e 2B. Esta abordagem será útil para fornecer informações relacionadas ao polimorfismo de cromossomos B presentes em A. latifasciata. A montagem do genoma de A. latifasciata abre a perspectiva de avançar no entendimento da biologia do cromossomo B e também pode contribuir no conhecimento da estonteante história evolutiva dos ciclídeos Africanos. (AU)

Publicações científicas
(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)
JEHANGIR, MARYAM; AHMAD, SYED F.; CARDOSO, ADAUTO L.; RAMOS, ERICA; VALENTE, GUILHERME T.; MARTINS, CESAR. De novo genome assembly of the cichlid fish Astatotilapia latifasciata reveals a higher level of genomic polymorphism and genes related to B chromosomes. CHROMOSOMA, v. 128, n. 2, p. 81-96, JUN 2019. Citações Web of Science: 1.
Publicações acadêmicas
(Referências obtidas automaticamente das Instituições de Ensino e Pesquisa do Estado de São Paulo)
JEHANGIR, Maryam. Genome assembly of the cichlid fish Astatotilapia latifasciata with focus in population genomics of B chromosome polymorphism. 2017. Dissertação de Mestrado - Universidade Estadual Paulista "Júlio de Mesquita Filho" Instituto de Biociências (Campus de Botucatu)..

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