Busca avançada
Ano de início
Entree

Análise da diversidade de bacteriófagos associada à comunidade microbiana durante o processo de compostagem

Processo: 14/16450-8
Linha de fomento:Bolsas no Brasil - Mestrado
Vigência (Início): 01 de março de 2015
Vigência (Término): 30 de setembro de 2016
Área do conhecimento:Interdisciplinar
Convênio/Acordo: Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)
Pesquisador responsável:João Carlos Setubal
Beneficiário:Deyvid Emanuel Amgarten
Instituição-sede: Instituto de Química (IQ). Universidade de São Paulo (USP). São Paulo , SP, Brasil
Vinculado ao auxílio:11/50870-6 - Estudos da diversidade microbiana no Parque Zoológico do Estado de São Paulo, AP.BTA.TEM
Bolsa(s) vinculada(s):15/14334-3 - Phage Orthologous clusters: um banco de dados de informações de fagos, BE.EP.MS
Assunto(s):Bacteriófagos   Compostagem   Metagenômica   Parques estaduais   São Paulo

Resumo

Estudos metagenômicos têm caracterizado a estrutura e diversidade de comunidades microbianas em amostras ambientais. Os dados gerados trazem luz a organismos não-cultiváveis e têm ajudado a entender quem são os organismos participantes em processos complexos e inacessíveis até então. O projeto temático no qual esta proposta está inserida (processo 2011/50870-6) tem por objetivo caracterizar a diversidade de amostras ambientais de diferentes comunidades do Parque Zoológico do estado de SP, entre elas a comunidade associada ao processo de compostagem. Diversas análises foram realizadas no sentido de definir a diversidade de organismos celulares em dados metagenômicos da compostagem, porém a diversidade viral permanece intocada. Tendo em vista as perspectivas no campo da metagenômica viral, os resultados promissores produzidos por diferentes grupos e resultados preliminares gerados pela nossa equipe, este projeto tem por objetivo a caracterização da diversidade de bacteriófagos associada à comunidade microbiana ao longo do processo de compostagem. Para tal, realizaremos um data mining exaustivo dos dados metagenômicos gerados. Além disso, iremos analisar fagos isolados da compostagem através do co-cultivo com Pseudomonas aeruginosa e outras espécies. Resultados preliminares do sequenciamento destes fagos indicam uma grande quantidade de sequências desconhecidas. Ambas as abordagens gerarão dados que serão anotados e armazenados em um banco de dados. Esperamos, assim, obter genomas parciais e/ou completos de novos fagos associados à comunidade termofílica do processo de compostagem. (AU)

Publicações científicas
(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)
AMGARTEN, DEYVID; BRAGA, LUCAS P. P.; DA SILVA, ALINE M.; SETUBAL, JOAO C. MARVEL, a Tool for Prediction of Bacteriophage Sequences in Metagenomic Bins. FRONTIERS IN GENETICS, v. 9, AUG 7 2018. Citações Web of Science: 11.
AMGARTEN, DEYVID; MARTINS, LAYLA FARAGE; LOMBARDI, KAREN CRISTINA; ANTUNES, LUCIANA PRINCIPAL; SILVA DE SOUZA, ANA PAULA; NICASTRO, GIANLUCCA GONCALVES; KITAJIMA, ELLIOTT WATANABE; QUAGGIO, RONALDO BENTO; UPTON, CHRIS; SETUBAL, JOAO CARLOS; DA SILVA, ALINE MARIA. Three novel Pseudomonas phages isolated from composting provide insights into the evolution and diversity of tailed phages. BMC Genomics, v. 18, MAY 4 2017. Citações Web of Science: 6.

Por favor, reporte erros na lista de publicações científicas escrevendo para: cdi@fapesp.br.