Phage Orthologous clusters: um banco de dados de informações de fagos
- Auxílios pontuais (curta duração)
| Processo: | 14/16450-8 |
| Linha de fomento: | Bolsas no Brasil - Mestrado |
| Vigência (Início): | 01 de março de 2015 |
| Vigência (Término): | 30 de setembro de 2016 |
| Área do conhecimento: | Interdisciplinar |
| Convênio/Acordo: | Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) |
| Pesquisador responsável: | João Carlos Setubal |
| Beneficiário: | Deyvid Emanuel Amgarten |
| Instituição-sede: | Instituto de Química (IQ). Universidade de São Paulo (USP). São Paulo , SP, Brasil |
| Vinculado ao auxílio: | 11/50870-6 - Estudos da diversidade microbiana no Parque Zoológico do Estado de São Paulo, AP.BTA.TEM |
| Bolsa(s) vinculada(s): | 15/14334-3 - Phage Orthologous clusters: um banco de dados de informações de fagos, BE.EP.MS |
| Assunto(s): | Bacteriófagos Compostagem Metagenômica Parques estaduais São Paulo |
Resumo Estudos metagenômicos têm caracterizado a estrutura e diversidade de comunidades microbianas em amostras ambientais. Os dados gerados trazem luz a organismos não-cultiváveis e têm ajudado a entender quem são os organismos participantes em processos complexos e inacessíveis até então. O projeto temático no qual esta proposta está inserida (processo 2011/50870-6) tem por objetivo caracterizar a diversidade de amostras ambientais de diferentes comunidades do Parque Zoológico do estado de SP, entre elas a comunidade associada ao processo de compostagem. Diversas análises foram realizadas no sentido de definir a diversidade de organismos celulares em dados metagenômicos da compostagem, porém a diversidade viral permanece intocada. Tendo em vista as perspectivas no campo da metagenômica viral, os resultados promissores produzidos por diferentes grupos e resultados preliminares gerados pela nossa equipe, este projeto tem por objetivo a caracterização da diversidade de bacteriófagos associada à comunidade microbiana ao longo do processo de compostagem. Para tal, realizaremos um data mining exaustivo dos dados metagenômicos gerados. Além disso, iremos analisar fagos isolados da compostagem através do co-cultivo com Pseudomonas aeruginosa e outras espécies. Resultados preliminares do sequenciamento destes fagos indicam uma grande quantidade de sequências desconhecidas. Ambas as abordagens gerarão dados que serão anotados e armazenados em um banco de dados. Esperamos, assim, obter genomas parciais e/ou completos de novos fagos associados à comunidade termofílica do processo de compostagem. (AU) | |