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Sequenciamento em larga escala dos genomas do HIV na forma de RNA livre e DNA integrado: comparação entre os subtipos gerados, mutações relacionadas a resistência de drogas e o uso de co-receptores

Processo: 14/24596-2
Linha de fomento:Bolsas no Brasil - Doutorado
Vigência (Início): 01 de março de 2015
Vigência (Término): 28 de fevereiro de 2018
Área do conhecimento:Ciências Biológicas - Imunologia
Convênio/Acordo: Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)
Pesquisador responsável:Sabri Saeed Mohamed Ahmed Al-Sanabani
Beneficiário:Rodrigo Pessoa de Farias
Instituição-sede: Instituto de Medicina Tropical de São Paulo (IMT). Universidade de São Paulo (USP). São Paulo , SP, Brasil
Assunto(s):HIV-1   Mutação   Virologia   Análise de sequência de DNA

Resumo

O vírus HIV é conhecido por apresentar uma enorme variação genética. Mesmo em um único indivíduo, a infecção pode ser causada por um grande número de variantes altamente relacionadas, mas geneticamente diferentes. Embora a maior parte das variações genéticas seja derivada de mutações introduzidas pelo erro propenso à transcriptase reversa, a recombinação viral contribui significativamente para a evolução genética. Na prática clínica, os genótipos e o tropismo são características virais comumente definidas a partir do RNA no plasma com representação da população viral através do método convencional de sequenciamento (Sanger), mas este ensaio não é capaz de detectar as variantes minoritárias. O sequenciamento em larga escala (SLE) detecta clones individuais, sendo assim muito mais sensível. Detectar mutações que conferem a resistência ao tratamento do HIV (MRTs) e encontrar o tipo de co-receptor utilizado pelo vírus em sequências provirais (sequências integradas ao DNA do hospedeiro) pode ser mais fácil e menos dispendioso do que no vírus de RNA encontrado no plasma, mas a sua relevância clínica ainda não está tão clara. Assim, os resultados de estudos comparativos entre o plasma e a população viral nas células mononucleares do sangue periférico (PBMC) são necessários, para assim selecionar a troca de amostra e obter resultados confiáveis. Em nosso último estudo, conseguimos gerar 270 genomas provirais de HIV-1 com comprimento quase completo (NFLG) utilizando o sequenciamento de larga escala. Neste projeto atual que tem como objetivo explorar ainda mais os nossos dados de sequenciamento (SLE) do HIV-1, a população viral plasmática (n=70) será comparada a população encontrada no PBMC em termos de diversidade genética, mutações de resistência e uso de co-receptor. Para este fim, o RNA viral será extraído e convertido em DNA de cadeia dupla. Consequentemente, o dsDNA será diretamente fragmentado, molecularmente marcado, reunido (pool) e sequenciado, utilizando o protocolo da Illumina (informações detalhadas dos resultados do projeto piloto estão inseridas no projeto). O resultado deste estudo será importante para assim melhorar o nosso entendimento sobre a evolução do HIV-1 dentro dos hospedeiros e resolver se as variantes virais no PBMC e plasma diferem drasticamente e quais são as implicações destas variantes em predizer os resultados do tratamento e uso de co-receptor. (AU)

Publicações científicas (6)
(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)
PESSOA, R.; PATRIOTA, J. V.; DE SOUZA, M. DL; ABD EL WAHED, A.; SANABANI, S. S. Detection of Zika virus in Brazilian patients during the first five days of infection - urine versus plasma. EUROSURVEILLANCE, v. 21, n. 30, p. 2-5, JUL 28 2016. Citações Web of Science: 5.
PESSOA, RODRIGO; LOUREIRO, PAULA; LOPES, MARIA ESTHER; CARNEIRO-PROIETTI, ANNA B. F.; SABINO, ESTER C.; BUSCH, MICHAEL P.; SANABANI, SABRI S. Ultra-Deep Sequencing of HIV-1 near Full-Length and Partial Proviral Genomes Reveals High Genetic Diversity among Brazilian Blood Donors. PLoS One, v. 11, n. 3 MAR 31 2016. Citações Web of Science: 13.
PESSOA, RODRIGO; PATRIOTA, JOAO VERAS; DE SOUZA, MARIA DE LOURDES; FELIX, ALVINA CLARA; MAMEDE, NUBIA; SANABANI, SABRI S. Investigation Into an Outbreak of Dengue-like Illness in Pernambuco, Brazil, Revealed a Cocirculation of Zika, Chikungunya, and Dengue Virus Type 1. MEDICINE, v. 95, n. 12 MAR 2016. Citações Web of Science: 51.
PESSOA, RODRIGO; SABINO, ESTER C.; SANABANI, SABRI S. Frequency of coreceptor tropism in PBMC samples from HIV-1 recently infected blood donors by massively parallel sequencing: the REDS II study. VIROLOGY JOURNAL, v. 12, MAY 14 2015. Citações Web of Science: 2.

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