Cálculos de energia livre para medidas computacionais da entalpia e entropia em interações proteína-ligante

• Processo: 15/01709-9
• Modalidade de apoio: Bolsas no Exterior - Estágio de Pesquisa - Mestrado
• Data de Início da vigência: 01 de julho de 2015
• Data de Término da vigência: 31 de outubro de 2015
• Área de conhecimento: Ciências Biológicas - Biofísica - Biofísica Molecular
• Pesquisador responsável: Alessandro Silva Nascimento
• Beneficiário: João Victor de Souza Cunha
• Supervisor: Michael K. Gilson
• Instituição Sede: Instituto de Física de São Carlos (IFSC). Universidade de São Paulo (USP). São Carlos , SP, Brasil
• Instituição Anfitriã: University of California, San Diego (UC San Diego), Estados Unidos
• Vinculado à bolsa: 14/01751-2 - Aplicação de Monte Carlo em um algoritmo de docking para a geração de ensembles e cálculos de energia livre, BP.MS
• Assunto(s): Entropia (termodinâmica) Método de Monte Carlo
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: Energia Livre | Entalpia | Entropia | Monte Carlo | Termodinamica Estatistica | Interação Biomolecular

Resumo

As interações nao covalentes em ligações proteina-ligante são fatores chave em grande numero de fenômenos biomoleculares como reconhecimento molecular, comunicação celular e atividade enzimática. Assim, um entendimento profundo do reconhecimento a níveis atômicos e em meios quantitativos é crucial. Em meio das grandezas envolvidas no processo de reconhecimento, a energia livre de interação, tanto quanto suas componentes entálpicas e entrópicas se destacam como fatores de relevancia e como termos de grande dificuldade de obtenção. Nesse projeto, nosso objetivo é usar o software em desenvolvimento no nosso grupo para estimar a energia livre de ligação, em conjunto com a entalpia e com a entropia do sistema usando estatística termodinâmica e simulações de Monte-Carlo. Nós esperamos aprofundar o atual conhecimento em ligações biomoleculares e entregar uma ferramenta útil no design de novos fármacos alcançando um grande raio de aplicações biotecnológicas. (AU)

Publicações científicas

(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)

DE SOUZA, JOAO VICTOR; NOGUEIRA, VICTOR H. R.; NASCIMENTO, ALESSANDRO S.. Ligand binding free energy evaluation by Monte Carlo Recursion. COMPUTATIONAL BIOLOGY AND CHEMISTRY, v. 103, p. 12-pg., 2023-02-20. (17/18173-0, 20/03983-9, 14/06565-2, 10/15376-8, 14/01751-2, 15/01709-9, 15/26722-8)