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Análise global das mudanças no transcriptoma da cana-de-açúcar em resposta à seca

Processo: 15/01764-0
Modalidade de apoio:Bolsas no Exterior - Estágio de Pesquisa - Doutorado
Vigência (Início): 01 de junho de 2015
Vigência (Término): 31 de maio de 2016
Área do conhecimento:Ciências Biológicas - Genética - Genética Vegetal
Pesquisador responsável:Glaucia Mendes Souza
Beneficiário:Danielle Izilda Rodrigues da Silva
Supervisor: Erich Grotewold
Instituição Sede: Instituto de Química (IQ). Universidade de São Paulo (USP). São Paulo , SP, Brasil
Local de pesquisa: Ohio State University, Columbus, Estados Unidos  
Vinculado à bolsa:13/13659-0 - Identificação de redes de genes e genoma ativo de cana-de-açúcar associados à seca, BP.DR
Assunto(s):Cana-de-açúcar   Secas   Transcriptoma   Expressão gênica   Regulação da expressão gênica
Palavra(s)-Chave do Pesquisador:ChIP-seq | drought | RNA Polymerase II | sugarcane | Biologia Molecular de Plantas

Resumo

A cana-de-açúcar é uma cultura economicamente importante no Brasil, e para atingir a atual demanda em açúcar e etanol o Brasil deve expandir a área plantada. No entanto, áreas de plantio adequadas são cada vez mais escassas, o que leva à necessidade de utilizar ambientes adversos, submetendo, dessa forma, as plantas às severas condições abióticas. Consequentemente, é essencial desenvolver plantas que apresentem maior tolerância a estresses, em especial a seca. O projeto SUCEST, combinado com o sequenciamento do genoma da cana-de-açúcar, começou a sedimentar o caminho para os futuros estudos biotecnológicos. Agora é necessário elucidar a relação existente entre expressão e regulação gênica e características agronômicas de interesse com o objetivo de melhorar a tolerância à seca por meio de técnicas moleculares. A técnica de ChIP-Seq tem sido aplicada no estudo de interações in vivo entre DNA e proteínas e fornece uma ferramenta poderosa para elucidar a arquitetura de redes transcricionais. Apesar disso, poucos dados relacionados à sua aplicação em cana-de-açúcar estão publicamente disponíveis. A ausência do genoma completamente sequenciado da cana torna a sua aplicação ainda mais desafiadora. No entanto, em colaboração com vários grupos, o primeiro rascunho do genoma da cana está sendo obtido e será usado para as análises de ChIP-Seq. O estudo dos locais do genoma que são alvos da RNA Polimerase II (RNPII) é importante uma vez que permite a identificação de promotores ativos expressos sob diferentes condições e constitui uma abordagem interessante para estudar a regulação transcricional de genes relacionados à seca. O objetivo desse projeto é definir um conjunto de sequencias genômicas ligadas à RNPII, entender seu mecanismo de ligação e identificar promotores e genes que são ativados sob as condições de seca. A longo prazo, este projeto objetiva gerar ferramentas que irão permitir à comunidade científica associar motivos regulatórios com características como a seca. (AU)

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Publicações científicas
(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)
DINIZ, AUGUSTO LIMA; RODRIGUES DA SILVA, DANIELLE IZILDA; LEMBKE, CAROLINA GIMILIANI; LAMAS COSTA, MAXIMILLER DAL-BIANCO; TEN-CATEN, FELIPE; LI, FORREST; VILELA, ROMEL DUARTE; MENOSSI, MARCELO; WARE, DOREEN; ENDRES, LAURICIO; et al. Amino Acid and Carbohydrate Metabolism Are Coordinated to Maintain Energetic Balance during Drought in Sugarcane. INTERNATIONAL JOURNAL OF MOLECULAR SCIENCES, v. 21, n. 23, . (13/13659-0, 15/01764-0, 17/02270-6, 17/02842-0, 14/50921-8, 19/15852-9)

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